1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고(방사선 및 방사성동위원소 이용 진흥법에 따라 설립된 법인이다)는 아래 표와 같이 물품(이하 통틀어 ‘이 사건 수입물품’이라 하고, 그 중 일부를 칭할 때에는 순번에 따라 ‘이 사건 1물품’ 등으로 한다)을 수입함에 있어 인천공항세관장에게 관세법 제90조 제1항 제2호가 정한 학술 연구용품에 대한 관세 감면율 80%를 적용하여 수입신고를 하였고, 인천공항세관장은 위 기준에 따라 감면승인 후 위 신고를 수리하였다.

순번 수입일자 수입물품 수입신고번호 1 2011. 8. 16. CARBONSYSTHESIS MODULE 41464-11-402938U호 2 2011. 9. 6. RADIOACTIVE ISOTOPES 41124-11-100586U호 3 2011. 11. 11. INSTRUMENTS AND APPARATUS FOR MEASIRING OR DEFECTI 41124-11-100741U호

나. 그런데 인천공항세관장은 2013. 7. 15. 이 사건 수입물품에 대한 감면율 적용에 잘못이 있는 것으로 보아, 관세청장에게 적용되어야 할 감면율에 대하여 질의하였고, 관세청장은 2013. 7. 23. 인천공항세관장에게 “한국원자력의학원은 관세법 제90조 제1항 제2호의 ‘공공 의료기관’에 해당하므로, 이 사건 수입물품에 대해서는 같은 법 시행규칙 제37조 제5항 단서에 따라 감면율을 50%로 적용하여야 한다”라고 회신하였다.

다. 피고는 2013. 9. 26. 위와 같은 관세청장의 회신에 따라 이 사건 수입물품에 대한 감면율을 50%로 적용하여 관세법 제38조의3 제4항에 따라 아래와 같이 세액을 경정고지하였다

(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 관련 물품 경정고지 세액 세목 이 사건 1물품 9,957,370원 관세 4,237,180원 부가가치세 5,720,190원 이 사건 2물품 133,200원 부가가치세 이 사건 3물품 1,997,110원 부가가치세

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 11. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,...