관세청-심사-2019-15 | 리걸엔진

1) 처분청은 지분매매대금의 영수나 지급에 대한 자료 확인 등을 통해 청구법인이 ○○○社에 대한 지분을 실질적으로 ○○○社에게 이전하지 않았는지 확인하라는 재조사 결정에도 불구하고 실질적 지분 이전행위에 대한 조사없이 재조사를 종결하였으므로 쟁점처분은 재조사결정에 위배되어 위법․부당합니다. 가) 처분청은 2012. 8. 17. 지분 이전 및 2017. 12. 27. 지분 취득과 관련하여 청구법인이 제출한 대금의 영수나 지급관련 자료ㆍ소명이 신빙성이 없다고 단정하고 나아가 청구법인이 처분청에 2019. 1. 25. 제출한 국내 원양어업체들(6개 업체)의 ○○○ 합작법인에 대한 지분 보유 관련 자료 역시 이미 다른 세관에서 조사하여 무혐의로 결론 내린 상황에서 신빙성이 없다고 예단하여 실질적 지분 이전행위에 대한 조사 없이 원처분을 유지하였습니다. 나) 처분청은 재조사 과정에서 국내 원양어업체들로부터 입수한 등기부 등본을 근거로 국내 원양어업체들이 받은 관세감면은 문제가 없다고 판단하였으나 해당 등기부 등본은 출처가 불분명하거나 발급일자가 누락되어 있는 등 거짓 자료일 가능성이 농후함에도 이를 제대로 재조사하지 않았으므로 쟁점처분은 위법ㆍ부당합니다. 2) 경정고지 당시(2018. 3. 19. ～ 2019. 2. 22.) ｢관세법｣상 경정의 근거조항은 ｢관세법｣ 제38조의3 제6항임에도 처분청은 경정청구의 근거조항인 ｢관세법｣ 제38조의3 제4항에 따라 세액경정통지를 하였으므로 쟁점처분은 취소되어야 합니다. 3) 합작수산물의 관세감면 요건인 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항의 ‘총지분의 49퍼센트 이상을 확보한 경우’는 실질적으로 총지분 49퍼센트 이상을 확보한 경우를 의미하므로 해외합작법인의 운영을 실질적으로 지배하는지를 기준으로 판단해야 합니다. 가) 대법원은 정부가 원양어업체들에게 해외현지법인을 설립하도록 유도한 것은 해외현지법인의 설립 또는 해외현지법인과의 합작 조업 그 자체가 목적이었던 것은 아니고 원양어업체들로 하여금 ○○○ 등 해외해역에서 유휴 선박으로 조업을 계속할 수 있도록 하기 위한 불가피한 절차 또는 방편의 일환으로 이루어진 것이며 관세면제 여부는 수산물의 채집․포획․수출의 명의자가 누구인지 불문하고 원양어업체들이 자신의 책임과 계산 아래 현지 법인에 투입한 선박, 어구 등을 이용해서 수산물을 실질적으로 채집․포획한 것으로 볼 수 있는지 여부에 따라 결정된다고 보는 것이 ｢관세법｣ 제93조 제6호 면세규정의 입법취지와 제정연혁 및 그 문언에 부합한다고 판시한 바 있습니다(대법원 2014. 7. 10. 선고 2014두5668판결). 나) 또한, 합작수산물에 대한 감면요건을 규정한 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항의 개정 연혁을 살펴 보면, ｢관세법 시행규칙｣(1996. 1. 1. 시행, 총리령 제533호) 제20조 제13항 제2호에 “선박․어구 등 생산수단을 투입하여 총지분의 20퍼센트 이상을 확보한 경우”라고 신설한 후 이후 6차례 개정이 있었으나, 총지분의 퍼센트 수치만 변경되고 내용상의 실질적 변경은 없어 선박․어구의 투입 등을 고려한 총지분임을 명확하게 알 수 있습니다. 다) 한편, ｢원양산업발전법 시행령｣ 제2조 제2호 단서는 “대한민국 국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권이 49퍼센트 이상인 경우”로 규정하고 있고, 해양수산부의 지분확인 수단도 합작 상황에 따라 여러 차례 변경된 바 있으며 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항의 제․개정취지를 보면 해외합작사업의 취지가 우리나라 원양 유휴 선박의 활용과 어획물 확보 등 국가적 목적 하에 추진된 점을 고려할 때 ‘총지분의 49퍼센트 이상’을 주식회사 또는 유한회사의 주식 또는 자본금의 보유비율이 49퍼센트 이상인 경우로 한정하여 해석하는 것은 타당하지 않으며, 대법원도 소득의 귀속은 형식적인 명의 등에 의할 것이 아니라 실질적 활동에 의하여 생기는 귀속 관계에 의하여 결정되어야 한다는 실질과세 원칙의 취지와 주주 명부상의 명의가 아니라 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지를 기준으로 하여 판단하여야 한다고 판시한 점(대법원 2016. 3. 10. 선고 2011두26046 판결)을 고려할 때, ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항의 ‘총지분의 49퍼센트 이상을 보유한 경우’는 해외합작법인의 운영을 실질적으로 지배하였는지를 기준으로 판단하여야 합니다. 라) 그리고, 청구법인이 2012. 8. 17. ○○○社에게 ○○○社의 지분을 매각한 것은 ○○○ 연방정부(반독점청ㆍ수산청ㆍ국세청)가 전 방위적으로 합작법인에 대한 외국인 지분(외국인 지분 보유 시 쿼터 몰수 및 합작법인 청산조치 등)을 단속ㆍ통제하는 상황에서 합작법인에 대한 ○○○ 연방정부 당국의 지분 실사, 세무조사, 쿼터 배정관련 문제 등을 해결하기 위해 실질적인 지분 변동이 전혀 없음에도 불구하고 명목상 가공 거래를 한 것에 불과하며, 2017. 12. 27. ○○○社로부터 ○○○社의 지분 49퍼센트를 재취득한 것 역시 지분매매대금을 ○○○社에게 지불할 의무가 없는 명목상 가공 거래에 불과합니다. 마) 또한, 지분 보유비율에 따른 수익금 배분에 다툼이 있어 2004년부터는 합작 파트너사인 ○○○社에게 할당된 쿼터료를 지급하고 청구법인은 쟁점물품에 대한 소유권을 취득하였으며, 합작사인 ○○○社가 ○○○에서 쿼터 배당, 어획물 수출통관을 담당하되 그 외의 실질적 경영 활동에 속하는 일체의 업무(선박에 대한 소유권 보유, 선장 및 어로장 등 선원에 대한 고용, 선박 운항 및 조업활동 관리, 어획물 소유 및 판매에 따른 손익의 부담 등)는 형식적인 지분 변화와 무관하게 현재까지 청구법인이 수행하여 실질적으로 합작사인 ○○○社를 지배․운영해 왔습니다. 4) 합작수산물 관세감면 추천서에 관하여는 ｢관세법｣ 제93조 제6호의 위임에 따라 해양수산부장관이 ｢합작 및 공동 수산물 관세감면 추천 요령｣을 고시로 정하여 운영하고 있음에도 불구하고, 지분 확인 방법 및 감면추천서의 신청과 발급 등에 관한 구체적인 절차가 전혀 규정되어 있지 않은 ｢관세법｣ 제93조 제6호 및 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항을 근거로 감면추천서의 유효성을 배제하는 것은 위법․부당합니다. 처분청은 할당관세 추천서와 관련된 대법원 판례(대법원 2017. 9. 21. 선고 2016두34417 판결)를 인용하면서 감면 여부에 대한 종국적인 확정은 세관장이 결정한다고 주장하나, 한도수량 등의 수입물량에 대한 확인권자가 세관장인 할당관세와 달리 합작수산물 관세감면은 ｢관세법｣ 제93조 제6호에서 “해양수산부장관이 기획재정부장관과 협의하여 추천하는 것”으로 규정하고 있으므로 감면추천서의 유효성 등에 대한 판단은 세관장이 아닌 해양수산부장관의 소관입니다. 5) 쟁점처분은 감면추천서의 유효성과 관련된 사항으로서 해외현지법인의 등기부 등본만으로 감면추천서의 유효성을 판단할 사항이 아님에도 처분청은 실질적 지분 이전행위에 대한 재조사없이 청구법인이 부정한 방법으로 관세감면을 받았다고 보아, ｢관세법｣(2013. 8. 13. 법률 제12027호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 관세법”이라 합니다) 제21조 제1항 제1호의 5년의 제척기간과 ｢관세법｣ 제42조 제2항의 40% 가산세를 적용하였으므로 위법․부당합니다.

처분청주장

1) 청구법인은 2012. 8. 17. 지분 이전과 관련하여 지분대금의 영수조차 없었다고 주장하나, 지분매매대금 ○○○달러를 지분 매수인인 ○○○社로부터 영수한 사실이 재조사 결과 확인되므로 쟁점처분은 재조사결정에 위배되지 않아 적법․타당합니다. 2012. 9. 1. 청구법인 담당자(○○○ 상무, ○○○ 팀장) 간에 주고받은 이메일(제목 : ○○○ 지분 사후 조치)에서 청구법인 ○○○ 상무와 ○○○社 대표 P. Kostin 간에 2012. 8. 17. 지분 이전과 관련된 매매대금을 송금하는 방법에 대해 협의한 사실 및 청구법인의 2012년도 총계정원장에 통역비 항목으로 기재된 금액에 대한 금융거래정보를 통해 2012. 9. 10. 청구법인이 지분매매대금인 미화 ○○○달러를 ○○○社로부터 영수하였고 이러한 사실을 숨기기 위해 통역비 항목으로 허위로 회계처리한 사실이 재조사 결과 확인되었습니다. 2) ｢관세법｣ 제17조에는 “관세는 수입신고 당시의 법령에 따라 부과한다”고 규정하고 있고 쟁점물품의 수입신고 시기는 2013년부터 2015년까지이므로 경정고지 당시 시행중인 ｢관세법｣이 아닌 수입신고 당시 시행 중인 ｢관세법｣을 적용하면 경정의 근거조항은 ｢관세법｣ 제38조의3 제4항이므로 세액경정통지에 어떠한 하자도 없습니다. 3) ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항에서 ‘지분’이라는 단어와 ‘49퍼센트’라는 주주권의 크기 또는 비율까지 고려하면 법문상 회사법상 주주권을 의미하는 것이 명백하며 청구법인은 주주권 전부를 2012. 8. 17. ○○○社에게 양도하여 총 지분 49퍼센트를 확보하기 못했기 때문에 감면요건을 충족하지 못합니다. 가) 청구법인이 인용한 대법원 판례(대법원 2014. 7. 10. 선고 2014두5668 판결)는 ‘합작법인의 지분 49퍼센트 이상 확보 요건’이 아니라 ‘합작법인의 직접 수출요건’으로 이 사건과 쟁점이 달라 그 판시내용을 근거로 쟁점물품이 감면요건을 충족한다고 주장하는 것은 타당하지 않고, 외국 정부로부터 쿼터 확보라는 합작수산물 관세감면제도의 취지를 고려한다 하더라도 그 취지가 외국기업이 일정 지분 이상 취득 시 ○○○ 정부의 승인을 받도록 규정한 ○○○ ｢전략산업 외국인 투자 절차법｣까지 위반하면서 쿼터를 확보해 오라는 의미는 아니며, ｢한․러 어업협정｣ 역시 제1조에서 “당사국의 법령을 위반하여 당사국의 관할 수역에서 자국 또는 외국선박에 의하여 이루어지는 어업활동”을 불법으로 규정하고 있습니다. 나) 한편, ｢원양산업발전법 시행령｣ 제2조 제2호 단서의 ‘납입한 자본금’은 주주권의 크기를 정하는 기준이 되며, ‘보유한 의결권’ 역시 회사법상 주주권의 내용이므로 ｢원양산업발전법 시행령｣ 역시 회사법상 주주권을 가질 것으로 전제하고 있다고 보아야 하므로 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항에서 ‘지분’은 법문상 회사법상 사원권 또는 주주권을 의미하며, 쟁점물품은 기본세율(8%)보다 높은 조정관세(25%)가 적용되는 물품으로, 대법원은 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하므로 허용되어서는 안되며 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세자에게 있다고 판시한 바 있는데(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결), 이러한 감면요건 엄격해석 원칙 등을 고려하면 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항의 지분에 실질적 또는 사실상 지분이 포함될 여지는 없습니다. 다) 그리고, 청구법인은 ○○○社 지분 50%를 실질적으로 양도한 사실이 없다고 하거나 서류상 지분 양도는 형식적인 행위였다고 주장하나, 청구법인과 ○○○社 간의 지분양도계약은 무효로 볼 수 있는 사유가 없고 매매대금 ○○○달러를 영수한 사실까지 확인된 이상 청구법인의 주장은 타당하지 않으며, 가사 청구법인의 주장을 선해하여 청구법인이 ○○○社에게 ○○○社 지분의 50%를 명의신탁하였다고 보더라도 감면요건 엄격해석 등의 원칙을 고려할 때 지분을 명의신탁한 경우까지 감면요건을 충족한다고 볼 수는 없습니다. 라) 또한, 청구법인이 ○○○社를 실질적으로 지배․운영해 왔다고 주장하면서 제시한 근거들(선박 소유권 보유, 선박 운항 및 조업관리 등)은 명의신탁을 했다는 주장의 근거는 될 수 있을지 몰라도 청구법인이 ○○○社에 대하여 사원권 또는 주주권을 가지고 있었다는 주장의 근거는 되지 않습니다. 4) 추천은 수입신고를 하면서 관세를 신고․납부하거나 관세부과처분을 받게 될 때 할당관세를 적용받을 수 있을지에 관하여 1차적으로 심사․확인한 것에 불과하고, 그 할당관세 적용에 관한 종국적인 결정은 세관장 등에 의해서 관세경정부과처분의 형태로 이루어지는 것이므로 추천기관의 추천은 할당관세의 적용을 확정하거나 세관장 등 결정을 구속하는 효력이 있는 처분에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 판시한 대법원 판례(대법원 2017. 9. 21. 선고 2016두34417 판결)를 고려 할 때, 종국적인 관세감면 적용의 확정은 사후에 세관장이 결정하는 것이며 청구법인은 총지분의 49퍼센트 이상을 보유하지 않은 채 부정한 방법으로 감면 추천을 신청하여 관세감면을 받았으므로 쟁점처분은 적법․타당합니다.

쟁점사항

① 쟁점처분이 재조사결정에 위배되는지 여부 ② 경정고지의 근거법령이 잘못 기재된 쟁점처분의 위법ㆍ부당 여부 ③ 쟁점물품에 대한 ｢관세법｣ 제93조 제6호에 따른 감면적용 배제의 적법․타당 여부 ④ 청구법인의 감면신청 행위가 구「관세법」제21조 제1항 제1호의 “부정한 방법” 또는「관세법」제42조 제2항의 “부당한 방법”에 해당하는지 여부

심리 및 판단

[쟁점물품설명] [사실관계및판단] 1) 청구 이유서 및 처분청 의견서 등 이 사건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실을 확인할 수 있습니다. 가) 1991년경 한국과 ○○○의 국교정상화가 이루어져 한-러 어업협정이 체결된 이후 2001년경까지, 국내 원양어업체는 ○○○ 수역에서 정부쿼터와 민간쿼터를 확보하여 자국 선박(북양트롤선 등)으로 연간 최대 20만 톤의 명태를 잡아 국내 수요에 충당했습니다. 그러던 중 ○○○ 당국은 어업자원 및 자국어업인 보호를 이유로 외국에 대한 정부 쿼터량(조업가능량)을 감축하여 조업규제를 강화하고, 특히2001년경부터 민간쿼터의 경우 국제입찰제도로 변경, 2002년경부터는 자국민 우선 입찰배정으로 전환하여 우리나라에 배정되는 명태쿼터는 점차 감소하게 되었습니다. 나) 이에 따라 원양어업계는 어획할당량 부족을 이유로 정부에 명태어선 감척을 요구했는데, 예산 사정으로 원양어업계의 요구를 모두 수용할 수 없었던 정부는 원양산업발전법에 따라 국내 업체가 ○○○인과 합작한 해외현지법인을 설립하여 원양어업 신고를 하고 해외현지법인에 출자한 자국 어선을 이용하여 생산하는 수산물을 국내에 반입하는 경우 관세 감면 혜택을 주는 방식으로 합작어업 경영을 유도했습니다. 다) 청구법인은 2002. 12. 11.경 합작원양어업을 위해 ○○○인 ○○○과 각각 50%의 지분을 투입하여 ○○○ 현지법인인 유한책임회사 ○○○社를 설립하였는데, ○○○社의 자본금액은 총 ○○○루블로, 원고와 ○○○이 각 ○○○루블을 출자했습니다. 라) 청구법인은 2003. 2. 19. 해양수산부에 아래 <표 1>과 같은 내용의 투자금 ○○○달러에 대한 ○○○은행장 명의의 해외직접투자신고(수리)서를 첨부하여 해외자원개발사업계획신고를 했고, 아래 신고는 그대로 수리되었습니다.해외직접투자내용투자국명○○○투자방법외화증권 취득투자업종수산업, 무역업 및 기타 부대사업주요제품수산물 및 수산가공품투자금액USD○○○자금조달자기자금투자목적자원개발, 원자재확보 등투자비율50퍼센트현지법인명(영문)○○○ CO., LTD (자본금 : USD○○○)<표 1> 해외직접투자신고(수리)서 내용 마) 청구법인은 2003. 4. 9. 청구법인 소유의 선박 ○○○호(이후 ○○○호로 선명 변경)를 ○○○社에 ○○○달러에 매매하는 형식을 취하여 ○○○ 소유 선박으로 등록하였으나, ○○○社와 사이에 위 ○○○달러는 오직 공식적인 상호 정산 목적으로만 사용하고 합작기간 동안 ○○○호에 대한 실질적인 소유권은 청구법인이 보유하기로 하였고, 청구법인은 그 무렵부터 현재까지 ○○○호의 피보험자로서 보험료 전액을 지급하여 왔습니다. 바) 청구법인은 ○○○社 설립 이후부터 현재까지 ○○○호를 통해 연간 ○○○ ～ ○○○톤 가량의 명태를 조업해 왔는데, ○○○호의 어로장 및 선원을 고용하고 조업 과정에서 발생한 비용을 모두 부담하였으며, 채포된 어획물은 청구법인의 권한과 통제하에 국내로 반입하였고, 합작파트너사에 대하여는 서류상 지분과 관계없이 ○○○社가 ○○○ 당국으로부터 배정받은 조업 쿼터에 상응하는 쿼터 대가만을 지급하여 왔습니다. 사) 청구법인은 2012. 8. 8. 합작파트너사인 ○○○社와 사이에 청구법인의 ○○○社 지분 50%를 2012. 8. 17.자 ○○○ 연방 중앙은행 환율로 환산한 금액인 ○○○달러에 양도한다는 내용의 지분매매계약서를 작성하였고, 2017. 12. 27. ○○○社의 지분 49%를 재취득하면서 매입대금 ○○○달러를 1년 내에 지급하는 조건으로 해당 지분에 대한 저당권 및 질권을 설정하고 그 대금을 지급하지 않을 경우 지분 이전이 무효가 된다는 내용의 지분매매계약서를 작성하였습니다. 아) ○○○社의 설립시부터 현재까지의 법인등기부상 지분변동내역은 아래 <표 2>와 같습니다. <표 2> ○○○社 지분변동 내역일자지분소유자 名지분금액○○○(주)(舊○○○(주)) 지분현황2002.12.15○○○50%○○○지분 50%보유 ○○○50%○○○2004.01.06○○○50%○○○○○○50%○○○2006.04.05○○○50%○○○○○○50%○○○2006.09.01○○○50%○○○○○○50%○○○2007.08.10○○○50%○○○○○○45%○○○○○○5%○○○2008.04.22○○○100%○○○지분 없음2008.12.05○○○100%○○○2009.05.25○○○100%○○○2011.06.21○○○50%○○○지분 50%보유○○○50%○○○일자지분소유자 名지분금액○○○(주)(舊○○○(주)) 지분현황2012.08.17○○○100%○○○지분 없음2015.02.10○○○100%○○○2017.12.19○○○100%○○○2017.12.27○○○49%○○○지분 49%보유○○○51%○○○* (출처) http://www.org-info.com/company/111570/show/founders_history 자) 청구법인은 합작법인 설립 후 ○○○ 당국의 어업허가서와 냉동명태 계약서 등 관련 서류를 구비하여 2015. 11. 21.경까지 냉동명태 등의 수입시마다 해양수산부에 관세감면 추천 신청을 하여, 해양수산부로부터 그 추천을 받아 관세를 감면받아 왔으며 2015. 11. 21.부터 2017년까지 물량에 대해서는 관세감면 신청 없이 조정관세율(22% ～30%)을 적용하여 수입통관했습니다. 차) 해양수산부 고시인 ｢합작 및 공동수산물 관세감면 추천 요령｣상 지분확인 수단은 기간별로 아래 <표 3>와 같습니다.기간지분확인수단 2008.07.03. ∼ 2012.01.08. 해외직접투자 인증서 2012.01.09. ∼ 2013.05.21. 외국환은행의 해외직접투자신고 확인서 2013.05.22. ∼ 2015.09.30. 해외직접투자 인증서 2015.10.01. ∼ 현재 해외현지법인의 법인등기사항 확인서<표 3> 기간별 합작수산물 관세감면 관련 지분확인 수단 카) 관세청은 2018. 12. 27. 쟁점처분과 관련된 2018. 5. 16. 및 2018. 9. 10. 심사청구와 2018. 5. 1. 과세전적부심사청구에 대해, “2012. 8. 17. 및 2017. 12. 27. 청구법인의 2차례에 걸친 지분 이전 및 취득과 관련된 대금의 영수나 지급 사실에 대한 객관적인 자료 및 청구법인의 쟁점물품 수입기간 동안 ｢관세법｣ 제93조 제6호의 관세감면을 받은 국내 원양어업체들의 ○○○ 합작법인에 대한 지분 보유 현황을 확인하여 청구법인과 유사한 사례가 있는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세가격과 세액을 결정한다.”는 내용의 재조사결정을 하였습니다. 타) 처분청은 2019. 2. 22. 아래 <표 4>와 같이 재조사 결과를 청구법인에게 통보하였습니다.<표 4> 재조사 결과(발췌)□ 재조사 내용 ◦ 2012. 8. 17.자 지분이전 시 지분매각대금 영수내역 - 2012. 9. 10. 청구법인의 ○○○은행 ○○○동지점 계좌(계좌번호 ○○○)로 입금된 ○○○불이 지분매각대금임이 확인됨 ◦ 2017. 12. 27.자 지분 재취득시 지분매입대금 지급내역 - 청구법인이 지분매도자인 ○○○사에게 계약일로부터 1년 내 지분매수대금을 지급하지 않을 경우 매매계약이 취소되는 조건으로 근저당 설정되어 있으며, - 최근 대금지불기한 관련 계약을 변경하여 여전히 지분매입대금을 지급하지 않은 상황으로 확인됨(지분 보유 등기사항의 변동 없음) ◦ 타 국내 원양업체들의 유사사례 확인 - 청구법인의 타 원양업체들의 합작사 지분 미보유 주장은 이미 ○○○세관 조사총괄과에서 조사를 진행하여 무혐의 종결 처분한 사안이며, - 지분 미보유 주장 기간 중 49% 이상의 지분을 보유한 등기부등본이 확인되는 등 청구법인이 제출한 자료는 출처가 불분명하며 부정확함 - 일부 업체의 경우, 지분변동으로 인한 지분요건 미충족시 감면수입을 중단하는 등 지분요건에 따라 적법하게 감면적용을 받은 것으로 확인됨□ 재조사 결과 ◦ 청구법인이 청구대상 수입신고 당시 관세법 규정에 의한 합작수산물 관세감면 요건(합작법인 총지분의 49% 이상을 보유)을 충족하지 못한 사실이 확인되므로, - 기 과세처분한 ○○○U호 외 36건의 세액경정 처분(관세 등 ○○○원)은 원처분을 유지하고, - 나머지 ○○○U호 외 114건의 감면을 취소하고 누락세액(관세 등 ○○○원)에 대하여 세액경정 처분을 하고자 함 파) 처분청은 2018. 6. 11. 청구법인 및 그 대표이사 등을 ｢관세법｣ 위반으로 부산지방검찰청에 고발하였고, 부산지방검찰청은 2018. 9. 20. 부산지방법원에 공소를 제기하였으나 형사 1심(부산지방법원 2020. 4. 24. 선고 2018고합421 판결)과 형사 2심(부산고등법원 2021. 1. 28. 선고 2020노236 판결)에서 모두 무죄 판결이 선고되었고 검사의 상고포기로 그 판결이 확정되었습니다. 2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴봅니다. 가) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 재조사결정의 취지와 달리 국내 원양어업체들에 대한 지분변동내역 및 청구법인이 실질적 지분을 이전하였는지에 대한 실질적 조사 없이 재조사를 종결하였으므로 쟁점처분은 재조사결정에 위배되어 위법ㆍ부당하다고 주장합니다. 그러나, ① 재조사 결과, 2012. 8. 17. 지분 이전과 관련하여 지분매각대금 ○○○달러를 통역비 항목으로 허위로 회계처리하여 ○○○社로부터 영수한 사실이 확인되고, 2017. 12. 27. 지분 취득과 관련하여 지급기한이 2018. 12. 20.까지이나 지불기한이 연장된 사실이 확인되었으며 ○○○社에게 ○○○루블을 지급하는 조건으로 현재까지 질권이 설정되어 있는 것으로 확인되는 점, ② 처분청이 2019. 1. 14., 2019. 1. 15. 및 2019. 2. 13. 방문조사 등을 통해 청구법인이 제출한 국내 원양어업체들의 지분변동내역을 조사ㆍ확인한 점 등을 종합해 볼 때, 재조사결정의 취지에 따라 지분매매대금의 영수나 지급내역 및 국내 원양어업체들의 지분변동관계를 재조사하였으므로 쟁점처분은 재조사결정에 위배되지 않는다고 판단됩니다. 나) 다음으로, 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 경정고지 당시(2018. 3. 19. ～ 2019. 2. 22.) ｢관세법｣상 경정의 근거조항은 ｢관세법｣ 제38조의3 제6항이므로 경정청구의 근거조항인 ｢관세법｣ 제38조의3 제4항에 따른 쟁점처분은 위법․부당하다고 주장합니다. 그러나, 세액경정통지서에 경정의 근거조항이 잘못 기재되었다고 하더라도 세액경정통지서에 기재된 문언 내용, 처분청이 청구법인에게 통지한 재조사 결과 공문에는 경정의 근거가 관세법 제38조의3 제6항로 기재되어 있는 점 등에 비추어 납세자가 경정의 근거조항이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 세액 및 세액의 산출근거는 문제가 없으므로 세액경정통지서에 경정의 근거조항이 잘못 기재되었다는 사정만으로 그에 관한 쟁점처분이 위법하다고 볼 수는 없습니다(같은 취지 : 대법원 2019. 7. 4. 선고 2017두38645 판결 참조). 다) 다음으로, 쟁점③에 대해 살피건대, ｢관세법｣ 제93조 제6호는 “해양수산부장관의 허가를 받은 자가 기획재정부령으로 정하는 요건에 적합하게 외국인과 합작하여 채집하거나 포획한 수산물 중 해양수산부장관이 기획재정부장관과 협의하여 추천한 것이 수입될 때에는 그 관세를 면제할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항은 “① ｢원양산업발전법｣ 제6조에 따라 해양수산부장관에게 외국인과 합작(총지분의 49퍼센트 이상을 확보한 경우를 말한다)하여 설립한 해외현지법인으로 원양어업을 하기 위하여 신고한 자가 ② ｢원양산업발전법｣ 제2조 제10호에 따른 해외수역에서 ③ 해양수산부장관이 기획재정부장관과 협의하여 고시한 선박․어구 등의 생산수산을 투입하여 수산동식물을 채집 또는 포획 ...(중략)...하고, ④ 직접 수출하는 경우”로 규정함으로써, 상기 요건을 모두 충족되는 경우에만 관세를 면제하는 것이며 이 중 지분요건과 관련하여서는 해외현지법인의 총지분의 49퍼센트 이상을 확보하여야 합니다. 한편 ｢원양산업발전법｣ 제2조 제2호는 “‘원양어업’이란 대한민국국민이 해외수역에서 단독 또는 외국인과 합작(대한민국국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권 등이 대통령령으로 정하는 기준 이상인 경우로 한정한다. 이하 같다)으로 수산동식물을 포획ㆍ채취하는 사업을 말한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제1항은 “원양어업을 하려는 자는 어선마다 해양수산부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항은 신고하여야 한다.”라고, 같은 조 제7항은 “외국인과 합작하여 설립한 해외현지법인으로 원양어업을 하려는 자는 해양수산부장관에게 신고하여야 한다. 그 신고한 사항을 변경하고자 할 때에는 변경신고를 하여야 한다.”라고 각각 규정하고 있으며, ｢원양산업발전법 시행령｣ 제2조 제2호는 “｢원양산업발전법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호에서 대한민국국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권 등이 대통령령으로 정하는 기준 이상인 경우란 대한민국 국민이 법 제6조 제1항에 따라 원양어업의 허가를 받은 후 법 제6조제7항에 따른 신고를 하는 자인 경우에는 외국인과 합작하여 설립된 외국법인에 대한 그 대한민국 국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권이 49퍼센트 이상인 경우로 한다.”라고 규정하고 있습니다. 위와 같은 규정들을 종합해 보면, ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항에 규정된 ‘지분’은 ｢원양산업발전법｣ 제2조, 같은 법 시행령 제2조에서 규정하고 있는 ‘대한민국 국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권’을 의미합니다. 처분청은 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항에서 ‘지분’이라는 단어와 ‘49퍼센트’라는 주주권의 크기 또는 비율까지 고려하면 법문상 회사법상 주주권을 의미하는 것이 명백하며 청구법인은 주주권 전부를 2012. 8. 17. ○○○社에게 양도하여 총 지분 49퍼센트를 확보하기 못했기 때문에 감면요건을 충족하지 못했다고 주장합니다. 먼저 해외 합작수산물 관세감면을 받기 위한 요건으로 ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항에서 정한 ‘총 지분의 49% 이상을 확보한 경우’의 의미에 관하여 보건대, ① ‘지분’이란 사전적으로는 ‘공유물이나 공유 재산 따위에서, 공유자 각자가 소유하는 몫 또는 그런 비율’을 뜻하는 점, ② ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항은 외국인과의 합작요건에 대해 ‘총 지분의 49% 이상을 확보한 경우’라고 규정하고 있을 뿐, ‘총 등기부상 지분의 49% 이상을 확보한 경우’라고 규정하고 있지 아니하므로, 위 규정은 법문만으로는 그 의미를 일의적으로 확정하기가 곤란한 경우에 해당하고 결국 위 규정의 의미는 위 규정의 입법취지, 관세법, 동법 시행규칙 등 관련 법령의 전체적인 내용과 체계 등을 조세감면규정의 해석에 관한 일반적인 법리에 비추어 파악할 수밖에 없는 점, ③ ｢관세법｣ 제93조 제6호는 “해양수산부장관의 허가를 받은 자가 기획재정부령으로 정하는 요건에 적합하게 외국인과 합작하여 채집하거나 포획한 수산물 중 해양수산부장관이 기획재정부장관과 협의하여 추천하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 면제할 수 있다.”라고 규정하고 있고, ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항은 “관세법 제93조 제6호에서 ‘기획재정부령으로 정하는 요건’이란 원양산업발전법 제6조에 따라 해양수산부장관에게 외국인과 합작(총 지분의 49% 이상을 확보한 경우를 말한다)하여 설립한 해외현지법인으로 원양어업을 하기 위하여 신고를 한 자가 해외수역에서 해양수산부장관이 기획재정부장관과 협의하여 고시한 선박·어구 등의 생산수단을 투입하여 수산동·식물을 채집 또는 포획하고 직접 수출하는 경우를 말한다.”라고 규정하고 있으며, ｢원양산업발전법｣ 제2조, 제6조, 같은 법 시행령 제2조 제2호는 “원양산업발전법에 따라 원양어업의 허가를 받은 후 원양산업발전법 제6조 제7항에 따른 신고도 마친 대한민국 국민이 외국인과 합작하여 설립한 외국법인에 대하여 그 대한민국 국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권이 49% 이상인 경우” 그 합작법인이 수산동·식물을 포획·채취하는 사업을 원양어업의 한 종류로 규정하고 있는 점, ④ 외국인과 합작하여 채포한 수산물에 대하여 관세를 면제하는 이유는 이를 우리나라 사업자가 채포한 물품으로서 내국물품으로 보기 때문으로 정부가 관세감면 등의 방법으로 원양어업체들로 하여금 해외현지법인을 설립하도록 유도한 것도 ○○○의 쿼터제로 인하여 우리나라의 국적선박으로는 ○○○ 등 해외해역에서 조업을 할 수 없었기 때문에 부득이 원양어업체들 소유의 선박을 ○○○ 등의 해외현지법인에 출자함으로써 ○○○ 해역에서 계속 조업할 수 있도록 하기 위한 절차적·방편적 필요에 따른 것이었고, 청구법인 등 원양어업체도 해외 현지법인과의 합작조업 그 자체가 목적이 아니었고 해외현지법인을 실질적으로 운영함으로써 ○○○ 해역에서 안정적으로 명태 등 수산물을 포획하는 것을 관건으로 했다고 판단되는바, 위와 같이 합작조업방식이 도입된 계기, 관세감면에 관한 규정들의 취지를 종합해 볼 때 이 사건 관세감면규정의 합작요건으로서의 ‘지분’을 반드시 ‘○○○ 등기부상 공시된 지분’으로 볼 만한 뚜렷한 이유를 찾을 수 없는 점, ⑤ 해양수산부 고시인 구 ｢합작 및 공동수산물 관세감면 추천 요령｣(2015. 3. 19. 해양수산부 고시 제2015-32호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘관세감면 추천요령’이라 합니다) 제6조는 지분의 확인에 대해 ‘해외합작요건 중 지분의 확인은 해외직접투자 인증서’에 의한다고 규정하고 있었는데, 위 규정이 2015. 3. 19. ‘해외합작요건 중 지분의 확인은 해외현지법인의 법인 등기사항 확인서’등에 의한다고 개정되었고, 특히 위 지분확인 규정은 “2015년 10월 1일부터 시행한다”는 부칙이 존재하므로, 위 고시의 개정 이전까지는 관세감면 신청 시 합작법인의 등기사항과 관련한 자료를 매년 제출할 필요가 없다가 위와 같은 개정 이후에야 비로소 등기 관련 서류를 제출할 의무가 국내 업체에게 부과된 점 등에 비추어 볼 때, 위 해양수산부 고시를 상위 법령과 결합하여 대외적인 구속력을 가지는 것으로 본다 하더라도 그 개정 이전에 있었던 신청에 대해서까지 합작법인의 등기부에 공시된 지분이 49% 이상일 것을 요건으로 하고 있다고 단정할 수 없는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, ｢관세법 시행규칙｣ 제43조 제6항에 규정된 ‘지분’은 등기부상 표시된 형식적 지분을 의미하는 것이 아니라 ｢원양산업발전법｣ 제2조, 같은 법 시행령 제2조에서 규정하고 있는 ‘대한민국 국민이 납입한 자본금 또는 보유한 의결권’, 즉 ‘실질적 지분’의 의미로 해석함이 타당하다고 판단됩니다. 다음으로 청구법인이 해외합작법인의 지분을 실질적으로 이전했는지 여부를 보건대, ① 이 사건 관세감면규정의 입법취지나 제정연혁이 ‘원양어업체들이 ○○○ 등의 민간쿼터제 도입으로 어획할당량을 확보하지 못하여 정부에 원양어선의 감척을 요구하였는데, 정부가 예산사정으로 원양어업체들의 요구를 받아들일 수 없었을 뿐만 아니라 국내의 원활한 수산물 수급을 위하여 원양어업체들이 해외현지법인을 설립하여 그 법인에 자신이 보유하고 있던 선박, 어구 등을 투자한 후 그 선박, 어구를 이용하여 수산물을 채집·포획·수입한 경우에는 종전에 국적선을 이용하여 채집·포획·반입한 수산물과 동일하게 취급하여 그 수산물에 관하여 관세를 면제하기로 한 것’에 있는 점(원양어업체들이 국적선을 이용하여 원양에서 수산물을 채집·포획하여 반입하는 경우 그 수산물은 국내 사업자가 채집·포획한 내국 물품에 해당하여 관세부과 대상이 아님), ② ○○○社는 청구법인 담당자에게 2012. 6. 28.자 이메일로는 ○○○ 수산청에서 외국인 투자비율이 25% 이상인 기업에 대해 조사 중이라는 사실을 알렸고, 2012. 7. 23.자 이메일로는 청구법인의 지분 반환은 문제없다는 점을 강조한 후 지분이전등기 관련 문서를 신속히 사할린으로 발송할 것을 요구하면서 이를 기밀로 해야 한다고 당부하였던 점, ③ 청구법인이 2012. 8. 17.경 ○○○社에게 ○○○社의 지분을 이전할 무렵 ○○○社와 사이에 합작사업의 종료나 실질적인 운영권한의 이전을 논의한 사정은 전혀 찾아볼 수 없는 점, ④ 청구법인은 등기부상 지분 이전 여부와 관계없이 계속 ○○○社가 배정받은 고유쿼터에 대한 수수료 및 세금을 확정하여 ○○○社에게 지급하고 ○○○社의 운영 관련 비용을 모두 부담하였던 점, ⑤ 청구법인은 ○○○社가 갖고 있는 중요한 생산수단인 선박에 대한 실질적인 소유권을 보유하면서 선박관리, 선박 및 어획물 보험가입, 선박·선원에 대한 지휘·감독권 행사, 선원에 대한 급여지급 등 ○○○社 운영 전반에 대해서 주도적으로 결정하고 그 이익을 정산해 왔던 점, ⑥ 단지 등기부상 형식적 지분 이전 결과만 두고 관세감면을 불허하는 것은 실질과세원칙의 법리에도 부합되지 않는 점, ⑦ 청구법인이 감면받은 기간 중 시행되던 관세감면 추천요령에 의하면 관할관청이 관세감면을 추천함에 있어 해외 합작법인의 지분 확보 여부는 ‘해외현지법인의 법인 등기사항 확인서’가 아니라 ‘해외직접투자인증서’에 의하여 판단하도록 되어 있었던 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 청구법인이 감면받은 기간 동안 등기부상으로는 보유하고 있던 ○○○社의 지분 전부를 이전하였으나 실질적으로는 계속하여 ○○○의 지분 50%를 유지하고 있었던 청구법인과 해외합작법인의 지분을 등기부상으로나 실질적으로나 전혀 이전함이 없이 계속 보유하고 있었던 원양어업체들을 관세감면에 있어 달리 취급하여야할 합리적 이유는 없다고 봄이 타당하므로, 쟁점처분은 위법ㆍ부당하다고 판단됩니다. 라) 마지막으로, 쟁점④에 대해 살피건대, 쟁점③이 위와 같이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 그 심리를 생략합니다.

결론

이 사건 심사청구는 심리 결과 청구 주장이 이유 있다고 인정되므로 관세법 제128조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정합니다.

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