서면법규과-1179(2013.10.29.)

부가

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하‘공통매입세액’이라 함)은 「부가가치세법」제40조에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등에 따라 계산하는 것임

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하‘공통매입세액’이라 함)은 「부가가치세법」제40조에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등에 따라 계산하는 것임다만, 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 있어서의 공통매입세액 안분계산은 같은 법 시행령 제81조 제4항 각호의 순(다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용)에 따라 계산하는 것임

부가가치세법제40조【공통매입세액의안분】

1. 사실관계

○공무원연금공단(이하 “공단”)은 사업자 단위 과세 사업자임

○전국에 본부(주사업장)와 8개 지부(종사업장)가 있으며

-지부 중 5개 지부는 공단 소유의 건물에 입주해 있고, 나머지 3개지부는 임차하여 사용하고 있음

- 공단에종사하는 직원은 520여명으로배치되어공단의 사업(과세사업 및 비과세사업)에 혼재하여종사함

○ 공단의 사업에는 공무원연금법에 따른 연금사업, 재해보상사업 등 공단의 고유목적사업인 비과세사업(특별회계로 처리)이 있으며 비과세사업 부문은 행정업무로 수입금액은 추정하기 곤란하나 조단위의공무원연금 급여, 기여금, 부담금 수입이 있음

○ 공무원연금기금을 운영하면서 수익사업으로 분류되는 공무원후생복지사업(과세사업)이 있음

-공무원후생복지사업에는 부동산임대업과 스포츠시설운영업, 주택(국민주택초과 포함)분양 및 임대, 상가 분양 및 임대, 기타 골프장, 리조트, 음식ㆍ숙박ㆍ소매업, 토지의 임대사업이 있음

-본부(주사업장)와 5개 지부는 공단 소유의 건물을 소유하면서 건물내연금사업 등과 관련된 비과세사업과 사무실임대와 스포츠시설 운영등의 과세사업이 발생되고 있음

○공단은 본부와 5개 지부의 공단 소유 6개 건물에 대해 엘리베이터수리비 등 공통매입세액이 발생되어 안분계산하고 있음

-위 안분계산은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본부에서 이를 합산하여부가가치세를 신고하고 있음

-공통매입세액 안분계산 방법으로는 매입가액비율, 면적비율, 실지귀속 등 지부별로 각기 달리하여 계산하고 있음

-매입가액비율에 따라 안분계산하는 경우 임대아파트 운영 사업을포함하여 계산하는 경우와 포함하지 않는 경우가 있으며

- 면적비율에 따라 안분계산하는 경우 임대 및 스포츠시설운영부문을 과세사업부문면적으로 구분하고 각 지부 사무실 사용면적을비과세사업부분면적으로 구분하여 안분하고 있음

○ 한편 공단의 각 지부가 소속된 지방자치단체에서는 공단 건물에 대해 아래 표의 비과세사업면적과 과세사업면적을 기준으로 구분하여 재산세를 산출하고 있음

2. 질의내용

○ 승강기 유지비 등 공통매입세액 안분방법

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 총공급가액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만,건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된매입가액의 비율

2.총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된예정공급가액의 비율

3.총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 부가가치세 집행기준 17-61-6

3. 해당 건축물에서 운영하는 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실, 관리사무실 등)에 관련된 매입세액이 있는 경우 불공제되는 매입세액의 계산은 전체 사업에서 발생된 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한다.