서면인터넷방문상담2팀-2155(2006.10.25)

법인

1994년도에 법인본사를 수도권 외의 지역으로 이전하여 구 「조세감면규제법」 제44조 제1항 제1호 규정에 의하여 특별부가세 감면받은 내국법인이 본사 이전 후 수도권에 본사 업무를 수행하는 사무소를 설치하는 경우 감면세액을 추징함

1994년도에 법인본사를 수도권 외의 지역으로 이전하여 구 「조세감면규제법」 제44조 제1항 제1호 규정에 의하여 특별부가세 감면받은 내국법인이 본사 이전 후 수도권에 본사 업무를 수행하는 같은법시행규칙(1994년 시행 당시)제24조 에서 정하는 기준 이상인 사무소를 설치하는 경우 감면세액을 추징하는 것임

(구) 조세감면규제법 제44조 【법인본사의 지방이전에 대한 특별부가세의 감면】

1. 질의내용 요약

○사실관계

- 선박검사를 주업으로 하는 법인으로 1994년도에 법인본사를 수도권 외의 지역으로 이전하여 구 조세감면규제법 제44조 제1항 제1호 규정에 의하여 특별부가세 감면받음

- 수도권에 본사 업무를 수행하는 사무소를 설치하고자함

○ 질의요지

1994년도에 법인본사를 수도권 외의 지역으로 이전하여 구 「조세감면규제법」 제44조 제1항 제1호 규정에 의하여 특별부가세 감면받은 내국법인이 본사 이전 후 수도권에 본사 업무를 수행하는 사무소를 설치하는 경우 감면세액을 추징하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ (구)조세감면규제법제44조 【법인본사의 지방이전에 대한 특별부가세의 감면】

① 수도권안에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이 본점 또는 주사무소를 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 당해 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각호의 방법에 따라 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다. (1997. 12. 13 개정)

1. 수도권내의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물 양도가액(이하 이 조에서 “수도권내의 본사 양도가액”이라 한다)으로 수도권외의 본점 또는 주사무소의 기계장치를 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법 (1997. 12. 13 개정)

2. 수도권내의 본사 양도가액으로 수도권외의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세이연을 하는 방법 (1997. 12. 13 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. (1997. 12. 13 단서삭제)

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소를 지방으로 이전하지 아니한 때

2. 수도권 안에 대통령령이 정하는 기준이상의 사무소를 둔 때

3. 수도권안의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 처분한 대금을 대통령령이 정하는 용도외에 사용한 때

○ (구) 조세감면규제법 시행령 제42조 【법인본사의 지방이전에 대한 특별부가세의 감면 등】

⑥ 법 제44조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준”이라 함은 수도권안에서 당해 법인의 업무를 수행하기 위하여 필요한 인원등을 참작하여 재정경제부령이 정하는 기준을 말한다. (1998. 5. 16 직제개정)

○조세감면규제법 시행규칙제24조 【수도권안 사무소의 기준】

영 제42조 제6항 및 영 제44조 제4항에서 “재정경제부령이 정하는 기준”이라 함은 다음 각호의 1의 것을 말한다. (1998. 8. 8 직제개정)

1. 수도권외로 이전한 후에 수도권안의 사무소에 근무하는 사무직종업원수의 경우 수도권외로 이전하기 전에 근무하던 사무직종업원수（이전일부터 소급하여 2년간 매월말일 현재 근무한 평균종업원수를 말한다)의 100분의 25

2. 수도권외로 이전한 후의 수도권안의 사무소의 면적의 경우 다음 산식에 의하여 계산한 면적

150제곱미터＋（수도권외로 이전한 후의 수도권안의 사무소에 근무하는 사무직종업원수×10제곱미터）

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 【분류/일자】법인46012-195, 1995.01.20

제조업을 영위하는 내국법인이 5년이상 가동한 공장 등을 이전하기 위하여 1993. 12. 31 이전에 양도한 경우 그 특별부가세의 감면 및 추징 등에 관한 것은 조세감면규제법(1993. 12. 31 법률 제4666호) 부칙 제16조 제1항의 규정에 의거 종전 조세감면규제법 제67조의 13의 규정에 의하는 것이며, 조세감면규제법(1993. 12. 31 법률 제4666호)부칙 제16조 제2항 제1호, 제2호 및 제6호에 해당하는 토지 등을 1994. 1. 1 이후 양도하는 경우 그 특별부가세의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 조세감면규제법 제42조, 제42조의 2 및 제67조의 13의 규정에 의하는 것임.

또한 토지 등의 양도에 대하여 조세감면규제법에 의한 특별부가세 감면규정이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용하는 것임.