가. 청구인은 2019.10.29. OOO 소재 OOO(아파트, 이하 “쟁점주택”이라고 한다)를 OOO원에 양도하고, 1세대 1주택 비과세 특례규정(고가주택)에 따라 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제(80%) 및 일반세율(기본 누진세율)을 적용하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 쟁점주택 양도 당시, 청구인 세대는 쟁점주택 외에 OOO 소재 단독주택(배우자 명의, “임대주택”이라 한다)과 OOO(아파트, 이하 “대체주택”이라 한다)를 보유하고 있었다.

다. 처분청은 OOO국세청 감사결과에 따라 청구인을 1세대 3주택자로 보고, OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율OOO을 적용하여 2020.10.16. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 퇴직 후 자녀들의 분가로 배우자와 둘만 남게 되었으며, 이에 주거 평수를 줄여 대출금도 상환하고 차액은 노후자금으로 사용할 목적으로 쟁점주택을 양도하고 대체주택을 취득하였다. 쟁점주택 양도 및 대체주택 취득 내역은 ＜표1＞ 기재와 같다.

＜표 1＞ 쟁점주택 양도 및 대체주택 취득 내역

(단위 : 백만원)

(2) 청구인은 위와 같이 같은 날 쟁점주택과 대체주택을 계약하였고, 쟁점주택의 중도금으로 대체주택의 중도금과 잔금을 지급하였다. 이후 청구인이 일반적인 거래와 다르게 쟁점주택의 잔금을 대체주택 취득일보다 2개월 늦게 받은 것은, 대체주택은 OOO 노후 아파트로서 내외벽 누수로 인한 침수 등으로 입주가 불가능한 상태였고, 이에 따라 노후주택을 보수한 후 입주하고자, 쟁점주택의 매수인과 협의하여 사실상의 잔금인 2차 중도금을 받고 잔금 OOO원은 대체주택 수리시까지 청구인이 쟁점주택에서 거주하는 조건의 전세보증금 명목으로 남겨둔 것이다. 따라서 쟁점주택의 사실상 잔금청산일은 2019.8.12.이고 대체주택의 잔금청산일은 2019.8.13.이므로 양도 당시 2주택을 보유한 것으로 보아야 한다.

(3) 3주택자에 해당한다고 하더라도, 청구인은 대체주택의 보수를 위해 불가피하게 일시적으로 3주택을 보유하였을 뿐, 실질적으로 3주택을 보유한 것이 아니고, 주택보유를 통해 가격상승을 기대하는 투기목적도 없으므로 쟁점주택은 실질적인 주택수에서 제외하여야 하고, 임대주택은 주택수에서 제외되므로 청구인이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례규정에 따라 양도소득세를 신고한 것은 정당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조는 양도 또는 취득시기에 대하여 규정하고 있는바, 부동산매매계약서 및 등기부등본에 의하면 쟁점주택의 잔금청산일과 소유권이전등기 접수일이 2019.10.29.로 확인되므로 쟁점주택의 양도일은 2019.10.29.이다. 청구인은 쟁점주택의 양도와 대체주택의 취득 경위 등을 언급하며 쟁점주택의 실질적인 양도일을 2019.8.12.로 보아야 한다고 주장하나, 양도시기는 법령에 규정한대로 판단하면 되는 것이지, 따로 취득경위 등을 파악하여 청구인에게 유리하게 해석하여 반영할 수는 없다.

(2) 청구인은 2차 중도금을 수령하는 시점에 쟁점주택에서 단기간(2개월) 전세로 사는 조건으로 소비대차가 이루어졌다는 취지로 주장하고 있으나, 대부분의 합리적인 사고를 가진 일반인이라면 그때에 소유권 이전을 요구하는 것이 부동산 거래의 관행이다. 전혀 알지도 못하는 타인과의 고액 부동산을 거래함에 있어서 매수인이 본인의 재산권이 침해될 수 있는 위험을 안고 위와 같이 거래를 했다는 사실은 부동산 거래 및 사회통념상 이해하기 어렵다. 또한 이런 중요한 사안을 매매계약서에 명시하지도 않은 채 전세계약이 성립되었다는 사실도 납득하기 어렵다

(3) 처분청은 「소득세법」 에 따라 쟁점주택의 양도시기를 판단하고, 이에 따라 청구인을 3주택자로 보고 양도소득세를 중과한 것이므로 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대체주택 취득과정에서 불가피하게 일시적으로 3주택을 보유하였으므로 3주택자로 양도소득세를 중과(장기보유특별공제 배제 및 중과세율 적용)한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

제89조【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

제155조【1세대 1주택의 특례】 ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】 ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 재건축으로 2007.5.23. 쟁점주택을 취득하여 거주하다가, 2019.8.13. 대체주택을 OOO원에 취득하고, 2019.10.29. 쟁점주택을 OOO원에 양도하였는바, 부동산 매매계약서와 등기부등본 등에 의하면 청구인은 2019.6.1. 쟁점주택과 대체주택에 대한 매매계약을 각각 체결하고, 그 잔금은 대체주택의 경우 2019.8.13., 쟁점주택의 경우 2019.10.29. 각각 청산한 것으로 나타난다.

(2) 한편 배우자 OOO은 2013.4.3. 단독주택을 취득하여 임대하다가, 2018.2.13. 관할관청에 임대사업자로 등록하였다.

(3) 처분청은 청구인(배우자 포함)이 조정대상지역에 있는 쟁점주택을 양도할 당시, 다음과 같이 3주택을 보유한 사실을 확인하고, 고가주택에 해당하는 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 100분의 20을 더한 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과하였다.

(4) 청구인은 대체주택의 보수를 위한 공사기간 만큼 쟁점주택에서 거주할 필요가 있어 쟁점주택의 잔금 지급일정을 조정하게 되었다면서 공사도급계약서 등을 증빙으로 제출하였으며, 동 자료에 의하면 청구인은 2019.7.15. OOO과 사이에 “대체주택의 내부수리공사를 2019.8.19. 착수하여 2019.10.19. 완료한다”는 내용의 공사도급계약을 체결하였고, 이에 따라 OOO은 2019.10.16. 공사를 완료하고, 청구인은 총OOO을 공사대금(자기앞수표)으로 지급한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 대체주택 취득과정에서 불가피하게 일시적으로 3주택(임대주택 포함)을 보유하였으므로 쟁점주택의 양도에 대해서는 1세대 1주택 비과세 특례규정(고가주택)에 따라 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제7항에 의하면 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 점, 1세대 3주택의 범위에 관하여 규정한 같은 법 시행령 제167조의3 제1항은 제1호에 해당하는 주택만을 주택수에서 제외하도록 규정하고 있으므로 쟁점주택 양도일(2019.10.29.) 현재 청구인은 3주택자에 해당하는 점, 현행 「소득세법」은 일시적 2주택자가 대체주택 취득일부터 3년 내에 종전 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택으로 비과세하도록 하고 있으나( 「소득세법 시행령」 제155조), 3주택자의 대체취득에 대해서는 중과세를 배제한다는 별도의 규정을 두고 있지 아니한 점, 「소득세법」상 1세대 1주택 비과세 특례규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 그 입법취지가 다르므로 별개로 적용되어야 할 것으로 보이는 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택자의 양도로 보고 고가주택에 해당하는 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.