2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

피고가 2002. 6. 1.에 원고에 대하여 한 2001년 제2기 부가가치세 2,613,656,780원, 2002년 제1기 부가가치세 1,366,113,850원의 각 부과처분과 2002년 제1기 부가가치세 4,268,739,620원의 환급신청 거부처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 다음의 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결과 같으므로 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하는 부분

가. 피고의 주장 요지

원고는 허위의 구매확인서를 통해 영세율이 적용된 가격으로 지금을 공급받고는 이를 국내에 유통시키는 국내지금거래의 실정을 원고와 동일 사업장에 미리 설립하여 운영하던 맥쿼리선물 주식회사를 통해 이 사건 거래 전에 파악하고 있었던 점, 이 사건 거래에 관한 일부 구매확인서의 경우 근거서류 및 그 번호와 유효기일 및 선적기일 등의 기재사항이 누락되어 있으며, 일부 구매확인서 등은 1차 구매확인서의 근거서유로 발행된 2차 구매화인서에 부과한 점, 2002년 2월, 3월, 5월, 11월 네 차례에 걸쳐 과납이나 수출을 이유로 관세 환급신청을 하여 총 103,020,990원을 환급받았음에도 해당 매수인에게 과납관세 환급분을 반영한 수정분할증명세를 교부하지 아니하였고, 매수인들에게 분할증명서를 발급하고도 자신이 수출자의 지위에서 관세를 환급받은 것은 매수인들이 금지금을 구매하여 수출이 아닌 국내유통에 제공하려는 의도롤 가진 거래임을 미리 알고 있었던 것으로 보아야 하는 검 등의 사정을 종합하여 보면, 적어도 원고는 매수인들이 허위의 구매확인서에 의하여 금지금을 공급받아 조세를 포탈하려는 의도를 잘 알면서도 이를 묵인한 것이므로 이 사건 거래들은 영세율 적용대상에서 제외되어야 한다.

나. 판단

부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호는 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율을 적용하고, 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화인 경우에도 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용한다고 규정하고 있다.

한편, 이 경우 고급된 지금이 실제로 수출되었는지의 여부는 지금 공급자에 대한 영세율의 적용 여부에 영향을 미칠 수 없고, 구매확인서의 발급과정에 수출근거서류가 없거나 허위의 수출계약서를 토대로 발급된 것, 유효기일 또는 선적기일이 기재되지 않은 것 혹은 유효기일 후 발급된 것 등과 같은 하자가 있다는 점만으로 외국환은행의 장이 발행한 구매확인서가 당연 무효가 된다고는 볼 수 없으며, 재화의 공급자가 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 발급과정의 하잔만을 이유로 곧바로 그 구매확인서에 의하여 이루어진 재화의 공급을 부가가치세법상의 영세율 적용대상에서 제외할 수는 없고, 이러한 특별한 사정은 조세부과처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임을 부담하는 피고가 입증하여야 한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두13735 판결, 대법원 2004. 8. 30. 선고 2002두9100 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 원고가 이 사건 거래를 하면서 지금의 매수인들로부터 받은 구매확인서 등이 허위의 수출계약서 등을 기초로 한 것으로 발급 절차에 하자가 있었던 것은 제1심 판결에서 설시하는 바와 같으나, 제1심 판결이 인정한 사실관계와 아래 적시한 증거에 의해 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ○구매확인서는 통상 물품의 공급 전에 발급되므로 구매(공급)일의 기재 없이 발급되는 경우가 많고, 그 기재사항인 근거서류 및 번호, 에이치에스번호, 품명 및 규격, 수량, 유효기일, 선적기일 등이 누락되어 있더라도 정당한 승인권자에 의하여 발급된 구매확인서인 이상 그 효력이 있다고 보아야 하는 점, ○특히 2002. 4. 12. 재정경제부령 제258호로 구 부가가치세법 시행규칙이 개정되어 구매확인서상 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호, 유효기일, 선적기일 등의 기재사항이 필요적인 것으로 바뀌었는데, 이 사건 거래는 그 시행 이전의 것들이라서 구매확인서의 기재사항이 누락되어 있다는 이유만으로 구매확인서의 발급에 중대한 하자가 있다고 하기는 어려운 점, ○원고는 이 사건 거래에 있어서 향후 지금의 최종수출자가 관세를 환급받는데 필요한 서류인 분할증명서를 매번 발급한 점, ○피고는 이 사건 거래가 계속 중이던 2002. 2. 19. 원고에게 2001년 제2기 부가가치세 매입세액 1,888,601,791원을 환급해 주기도 하였던 점, ○과납관세의 환급에 따른 수정분할증명서가 발급되지 아니하여도 최종수출자가 자신이 수수한 분할증명서에 상응하는 금액의 관세보다 적은 금액을 환급받았다면 그 손해는 직전의 매도인뿐만 아니라 최초의 수입업자로부터도 보전받을 수 있으므로 굳이 수정분할증명서를 요구할 필요가 적다 할 것이고, 당초에 발급한 분할증명서는 금지금이 여러 단계를 거치면서 재차 분할될 수도 있어 수정분할증명서 발급을 통해 환급부분을 순차적으로 일일이 정산한다는 것은 사실상 기대하기 어려운 점, ○금지금 수출에 따른 관세환급은 원고가 2002. 3. 26. 수입한 금지금 400kg 중 재고분을 수출한 다음 해당관세를 환급신청한 것으로 보이고(갑 제5호증, 제11호증의 1 내지 15의 각 기재), 달리 원고가 이를 국내에서 매도하도고 당초부터 그 매수인이 관세를 환급받을 의사가 없다는 정을 알고 수출을 가장하여 관세를 환급받은 것으로 인정할만한 증거가 없는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 피고가 주장하는 사정만으로는 매수인들이 중대한 하자가 있는 구매확인서를 이용하여 조세를 포탈하려는 의도를 원고가 알고도 이를 묵인한 것으로 단정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.