가. 청구법인은 2010.4.5. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 OOO 토지 903.7㎡ 및 건물 1,491.48㎡(청구법인 OOO사무소에서 임대업을 영위하던 지하 1층 및 지상 4층의 건물이고, 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매가액 33억원에 양도하는 계약을 체결하여 쟁점부동산을 인도한 후 2010.6.22. 서울사무소의 폐업신고 및 2010.7.2. 사업양도신고서를 제출하였으며, 사업의 양도라 하여 건물분에 대한 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

나. OOO는 청구법인에게 쟁점부동산 중 건물에 대한 세금계산서의 발행을 요구하였다가, 2010.6.29. 처분청에 매입자발행세금계산서 관련 거래사실확인신청서를 제출하였다.

다. 처분청은 쟁점부동산의 양도를 재화의 공급으로 보아 매매대금 OOO원을 토지분 OOO원(공급대가) 및 건물분 OOO원(공급대가)으로 구분하여, 2010.11.8. 청구법인에게 2010년 제1기 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 포괄적 사업양도 여부는 ① 사업장별로 사업의 승계가 이루어졌는지, ② 그 사업에관한 모든 권리와 의무가 승계되었는지, ③ 경영 주체만 변경되고 사업(업종 추가, 업종변경 포함)을 그대로 유지하면서 사업양도자의 사업이 그대로 계속 운영되고 있는지를 기준으로 판단(대법원 2003.1.10. 선고 2002두8800 판결, 대법원 2006.4.28.선고 2004두8422 판결 등 참조)하여야 하므로 매매계약서에 포괄 사업양도라는 기재가 없더라도 그 실질이 포괄 사업양도라면 부가가치세 비과세 대상으로 보아야 한다.

따라서, 청구법인 OOO사무소의 사업 전부인 임대업을 OOO에게 승계하였고(사업장별 승계), 사업용 자산인 쟁점부동산을 비롯한 부대 시설 및 쟁점부동산에 대한 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였으며(사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계), 청구법인과 기존 임차인들 간의 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 OOO가 그대로 승계한 후 OOO가 임대업을 계속하여 왔으므로(양수인에 의한 양도자 사업의 계속적인 운영), 쟁점부동산 관련거래는 사업의 포괄양도에 해당한다.

(2) 2010.7.2. 사업양도신고서를 처분청에 제출하면서 포괄적 사업양도로 신고하였고, OOO의 매입자발행세금계산서를 위한 거래사실확인신청과 관련하여 처분청이 청구법인에게 보낸 거래사실 확인요청에 대하여도 2010.7.22. 포괄 사업양도로서 세금계산서 교부대상이 아니라고 회신하는 등 포괄적 사업양도라는 의사를 일관되게 표시하였다.

(3) 청구법인은 처분청이 제시하는 부동산매매계약서를 재작성(OOO가 매매금액과는 별도로 건물분 부가가치세를 부담하는 내용으로 작성)하여 부동산 중개인을 통해 OOO에 보낸 사실은 있으나, 이는 매매거래를 가능한 한 순조롭게 마무리하고자 임시로 OOO의 요청을 최대한 존중하는 방향으로 내용을 수정하였던 것에 불과하고, 게다가 동 문서는 OOO가 동의하지 아니하여 아무런 효력이 없으므로, 이를 이유로 청구법인이 쟁점부동산 중 건물의 거래를 재화의 공급이라고 인정하였다고 볼 수는 없다.

(4) 처분청은 OOO가 기존의 임대차계약을 모두 승계하지 아니하였고, 임대차계약 내역이 모두 변동되었다고 하나, 부동산 임대업의 특성상 일부 임대차 계약 내용의 변경은 충분히 있을 수 있고, 임대차계약 내역의 일부 변동을 이유로 포괄 사업양도라는 거래의 실질을 부정할 수 없다.

(가) OOO는 잔금 정산일인 2010년 6월 7일을 기준으로 당시의 기존 임대차계약을 모두 승계하였으므로 처분청의 관련 주장은 사실과 다르고, 쟁점부동산 1층 6호의 OOO, 3층 및 4층 일부의 OOO는 잔금 지급일인 2010년 6월 7일 당시에는 OOO가 임대차계약을 승계했다가 그 이후 OOO의 일방적인 임차료 인상 등의 이유로 합의에 이르지 못하고 퇴거하게 되어 임차인이 변경된 것이며, 4층 서측의 OOO 또는 4층 동측의 박OOO은 기존에는 공실이었던 부분에 대하여 쟁점부동산의 포괄적 사업양도 이후 새롭게 임대차계약이 체결된 것이다.

(나) 처분청이 지적한 임대차계약 내역이 모두 변동되었다는 부분은 임대차계약이 잔금지급일인 2010년 6월 7일부터 다시 임대차 기간이 진행되거나, 월 임차료가 약간씩 인상된 것을 말하는 것으로 이해되나, 관련 거래를 살펴보면, 임대차보증금은 종전대로 하면서 월 임대료를 인상한 것으로 OOO가 임대료 인상을 목적으로 청구법인과의 합의 내용을 무시한 채 임차인들과 새로이 계약을 체결한 것에 불과하고, 부동산 임대업의 특성상 임대료 인상 등을 이유로 계약내용에 일부 변경이 있었다고 하더라도 임차인이 승계되었다면 포괄 사업양도라고 보는 것이 합리적이다.

(다) 나아가, 임대차 계약 변경은 OOO가 2010.6.7. 청구법인에 대한 잔금 지급 이후 일방적으로 임차인들에게 새로운 임대차 계약 체결을 요구함에 따라, 다른 임차공간으로 이전하기에는 시간적·금전적으로 무리가 있고 기존의 영업망 상실 등에 따른 손해 등을 예상한 임차인들이 OOO의 요구에 따라 새로운 임대차 계약 체결을 승낙하여 이루어지게 된 것이고, 이러한 사실은 청구법인이 2010.6.25. 청구법인의 직원을 보내어 임차인들을 면담하여 얻은 답변에서도 확인할 수 있다.

(라) 청구법인과 OOO는 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 OOO가 모두 승계하기로 합의하였고, 이는 쟁점부동산 매매계약서 특약사항에도 명시되어 있으나, OOO는 청구법인의 신뢰를 저버리고 특약사항 및 관련 법률도 모두 무시하고 일방적으로 영세한 임차인들을 상대로 월 임차료 인상을 위해 새로운 임대차 계약을 체결하도록 요구하였으며, 이는 쟁점부동산 양도 이후에 발생한 사건으로서 청구법인의 쟁점부동산 매매 거래가 포괄 사업양도인지 여부를 판단함에 있어서 아무런 영향을 미칠 수 없다.

(5) OOO가 임대료의 인상을 목적으로 임대차계약을 새로 체결하였으나, 부동산 임대업의 특성상 임차인이 승계되었다면 사업양도에 해당(조심 2008구2264, 2006.1.12. 참조)하고, 부동산 임대업을 영위하는 과정에서 일부 임대차 계약 내용의 변경이 있었다 하여 임대업의 동일성이 소멸되었다고 볼 수는 없으므로(조심 2010중2405, 2010.10.8., 조심 2009부3478, 2009.12.10. 참조), 사업의 포괄적 양도를 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산 매매계약서는 단순한 상가빌딩에 관한 매매계약으로 보이고, 사업의 양수도와 관련된 내용이 언급되지 아니하였으며, 잔금 중 일부를 임대차보증금으로 대체하고 임대차계약을 승계한다는 내용의 특약사항은 관행적인 문구에 불과하다.

(2) OOO는 거래직후부터 일관되게 사업의 양수도가 아님을 주장하여 왔고, 청구법인의 직원이 “OOO가 부가가치세를 부담하지 아니하면 쟁점부동산의 소유권을 이전하지 아니하겠다”라는 위협적인 언사를 하자, 2010.4.21. 법무법인을 통해 사업의 양수도가 아니라는 내용의 문서를 계속하여 청구법인에게 보냈으며, OOO는 이와 같은 수차례의 요구에 불구하고 청구법인이 사업의 양도를 주장하자 처분청에 매입자발행세금계산서를 위해 거래사실확인신청서를 제출하였다.

재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양수도로 인정하기 위하여는이를 거래당사자가 사업양수도임을 인정하는 전제가 필요한바, 쟁점부동산 관련 거래는 OOO가 위와 같이 일관되게 부정하고 있다.

(3) 청구법인은 당초 쟁점부동산 매매계약에 부가가치세가 포함되어 있지 않다면서 부동산 중개인을 통해 OOO에게 재작성한 매매계약서를 보냈고, 처분청은 2010.7.28. OOO로부터 이를 제출받았는바, 이는 청구법인도 사업의 양수도가 아님을 인정하여 세금계산서 발행을 위해 OOO로 하여금 부가가치세를 별도로 부담하도록 하려는 것으로 보이고, OOO가 매매가액 33억원에 부가가치세가 포함되어 있다면서 세금계산서 발행을 요구하자 청구법인은 다시 사업의 양도라고 주장하고 있으며, 청구법인은 2010.6.22. 폐업신고서를 제출하였고, OOO의 세금계산서 발행요구가 계속되자 2010.7.2. 처분청에 사업양도신고서를 제출하였다.

(4) OOO가 청구법인에게 사업의 양수도가 아님을 통지하였고, 임대차계약을 승계하였으나, 모두 승계한 것은 아니며, 다음 <표1>과 같이 임대차계약 내용이 모두 변동되었으므로 사업의 양도에 해당하지 아니한다.

OOO

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 거래가 사업의 포괄양도에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

제65조【확정신고와 납부】① 법 제19조제1항에 따른 부가가치세의 확정신고에 있어서는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

2. 법 제6조 제6항 제2호의 규정에 의하여 사업을 양도하는 경우에는 사업양도신고서

(2) 부가가치세법 시행령

제17조【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】② 법 제6조 제6항 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(괄호 생략)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 「법인세법」 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

(3) 조세특례제한법

제126조의4【매입자발행세금계산서에의한 매입세액 공제 특례】 ① 「부가가치세법」제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)를 발행할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 조세특례제한법 시행령

제121조의4【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산 거래와 관련하여 OOO가 처분청에 제출한 경정청구서에는 부가가치세 공제세액이 45,332,981원으로 되어 있고, 청구법인에 대한 부가가치세 경정 결의서에는 고지세액이 OOO원으로 되어 있으며, 하단에 수기로 OOO에게 환급을 결의하였다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 청구법인을 매도인, OOO를 매수인으로 하여 2010.4.5. 작성된 쟁점부동산 매매계약서(2010.4.5.)에는 매매대금이 OOO원으로 되어 있고, 매매대금에 부가가치세가 포함되는지 여부를 알 수 있는 기재내용은 없으며, 쟁점부동산의 인도일은 2010.6.7.로 되어 있고, 특약사항에는 잔금 중 OOO원은 임대차보증금으로 대체하며, 임대차계약은 매수인이 승계한다고 되어 있다.

(3) OOO가 사업의 포괄적 양수도가 아니라는 주장을 제기한 후 청구법인이 작성하여 중개인을 통해 OOO에 보냈다는 재작성한 매매계약서(당사자의 날인은 없음) 제2조에는 “매매대금은 OOO원으로 하고, 건물분에 대한 부가가치세는 매매대금에 포함되지 아니하며, 잔금 수령시 OOO가 청구법인으로부터 받아 납부토록 함”이라는 부가가치세에 관한 내용이 추가된 것으로 나타난다.

(4) OOO 신월지점의 사업자등록증(2010.6.21. 처분청 발급)에는 개업연월일이 쟁점부동산 인도일과 일치하는 2010.6.7.로 되어 있고, 사업의 종류 및 종목은 부동산/임대이며, 신규로 교부한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인이 2010.4.27. OOO에게 보낸 내용증명의 주요내용은 다음 <표2>와 같다.

OOO

(6) OOO가 법무법인 충정을 통해 2010.5.18. 청구법인에게 보낸 서면의 주요내용은 다음 <표3>과 같다.

OOO

(7) 처분청의 확인요청에 대한 청구법인의 답변내용(2010.7.22.)은 다음 <표4>와 같다.

OOO

(8) 살피건대, 사업의 포괄적 양수도는 사업장별로 모든 사업시설뿐만 아니라 그 사업에 관한 일체의 인적물적 권리와 의무를 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성이 유지되면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것(조심 2010서3366, 2010.12.31., 조심 2010중2406, 2010.10.8. 참고)인바,

매매계약서 특약사항에 보증금의 잔금 대체 및 기존 임대차계약을 OOO가 승계하기로 되어 있고, OOO가 쟁점부동산 인도일인 2010.6.7.부터 부동산임대업을 영위하는 것으로 사업자등록을 하였으며, 청구법인은 2010.6.22. 서울사무소의 폐업신고를 하였고, OOO가 쟁점부동산을 인도받은 후 임대조건이 변경되었으나, 임차인은 그대로 승계되었으며, 쟁점부동산을 인도한 후에 발생한 임대계약조건의 사소한 변동은 사업양수도 여부를 판단함에 있어 영향을 미치지 아니하는 점 등을 종합하여 보면, 부동산 임대업의 사업장인 쟁점부동산 외에는 달리 양도대상이 될 만한 인적·물적설비, 사업용재산 등이 없어 매매잔금의 지급 및 양도당시 유일한 채무인 기존 임차보증금의 승계절차의 이행으로 사실상 사업에 관한 모든 권리와 의무를 이전한 것으로 보이므로, 쟁점부동산 관련거래는 「부가가치세법」상 사업의 동질성이 유지되는 사업의 포괄적 양도로 보는 것이 타당한 측면이 있으나,

쟁점부동산 매매 직후부터 OOO가 사업의 포괄적 양수도가 아님을 주장하고 있으므로, 처분청이 쟁점부동산 매매계약서를 청구법인이 다시 작성하여 OOO에 보낸 경위, 이를 받은 OOO가 날인을 거부한 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 사업의 포괄적 양도 여부를 판단하여 청구법인에 대한 과세처분을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.