청구인은 2003.4.18 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2003.5.29 투기지역으로 지정공고 및 2004.11.25 OOO에 의한 유통단지로 사업인가고시된이후인 2005.5.19 OOO 공사에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 양도(수용)하고, 기준시가로 양도소득세를 예정신고·납부하였다가 처분청의 의견에 따라 2005.12.20쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 양도소득세를 수정신고하였다.

그 후 청구인은 쟁점토지의 양도가 조세특례제 한법 제85조의 규정에의한 기준시가 적용대상이라고 하여 기준시가와 실지거래가액과의 차액 22,792,571원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

청구인은 경정청구에 대하여 결정통지를 받지 못하자 2006.10.2 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지의 취득일은 2003.4.18로서 OOO 지정일(2004.8.10) 이전이고, 투기지역으로 지정한 날(2003.5.29)이전으로서 투기지역 지정전에 취득하였으므로 기준시가로 양도차익을 산정하여야 하는데도 처분청은 예정지구지정일·사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는일·투기지역 지정일 중 가장 빠른 날 전에 취득하여야만기준시가 적용이 가능하다고 해석하는 것은 국세기본법 제18조의“세법의 해석·적용에 있어서 납세자의 재산권이 부당히 침해되어서는 안된다”는 규정에 위배된다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지를 투기지역으로 지정(2003.5.29)되기 이전인 취득(2003.4.18)하였으나 쟁점토지가 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(2004.11.25)로부터 소급하여 2년이 되는 날(2002.11.25) 이후에취득하였으므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지의 양도를 조세특례제 한법 제85조의 ‘지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’ 규정의 적용대상으로 보아 실지거래가액이 아닌 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】 ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

(2) 소득세법 시행령 제162조의 3【지정지역 기준 등】 ① 법 제96조 제1항 제6호의 2에서”대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라지정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는경우로서 재정경제부장관이 제162조의 4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 “지정지역”이라 한다)을 말한다. (이하 생략)

(3) 조세특례제 한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다.다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2004.12.31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

(4) 조세특례제한법 시행령 제79조의 2 【지정지역내 공익사업용부동산에 대한 양도소득세 과세특례】① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.(2005.2.19. 신설)

【별표 7】기준시가 과세기준일(제79조의 2 관련)(2005.2.19. 신설)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 2003.4.18 취득하여 동 토지가 소재한 지역이 2003.5.29 투기지역으로 지정되었고, 2004.11.25 OOO에 의한 유통단지로 사업인가고시된 후인 2005.5.19 OOO에 양도(수용)하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를예정신고하였다가, 처분청의 의견에 따라 2005.12.20 실지거래가액으로 수정하였고, 그 후 쟁점토지의 양도가 조세특례제 한법 제85조의규정에 의한 기준시가 적용대상이라고 하여 처분청에 경정청구를 제기한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 유통단지의 사업인정고시일인 2004.11.25부터 소급하여 2년 이내인 2003.4.18 쟁점토지를 취득하여 조세특례제 한법 제85조의 규정에 의한 기준시가 적용대상이 아니라는 입장인 반면, 청구인은 유통단지의 사업인정고시일(2004.11.25) 및 투기지역지정고시일(2003.5.29) 이전에 취득한 것이므로 기준시가 적용대상이라고 주장하고 있다.

(3) 소득세법 제96조 제1항(단서) 제6의 2호 및 소득세법시행령제162조의 3 제1항의 규정에 의하면, 투기지역으로 지정된 지역의 주택,토지의 양도가액은 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 조세특례제 한법 제85조(2004.12.31. 법률 7322호로 개정된 것)의규정에의하면, 투기(지정)지역내 부동산의 경우라도 공익사업 관련 법률에 의한 예정지구지정일(사업예정지역을지정고시한 날 또는 그 고시한 날이 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이내인 경우에는사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 투기지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날)전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 수용된 부동산은 소득세법 제96조 제1항 제6의2의 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다.

(4) OOO 발간 2005 개정세법해설책자(p377)에 의하면,2004.12.31 신설 개정된 조세특례제 한법 제85조의 개정내용 중 기준시가 적용기준일에 대하여 예정지구지정일 이전에 취득하여야 하고, 지정일이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우 2년이 되는 날이전에 취득하여야 하며, 투기지역지정후 예정지구지정이 된 경우에는투기지역 지정일 이전에 취득하여야 기준시가의 적용대상이라고 해설하고 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 OOO에 의한유통단지의 고시일로서 사업인정고시일인 2004.11.25 이전 및 지정지역지정일(2003.5.29) 이전인 2003.4.18 취득하였으므로 동 토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여야 한다고 주장하나, 조세특례제 한법 제85조의 규정을 적용함에 있어서 “동조 각호의 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득”이라 함은 예정지구 등을 고시한 날 전이고, 그 고시한날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날 전이며, 그 고시한 날이 소득세법제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날 전에 취득하는 것을 뜻한다고 할 것이고, 그렇다면 예정지구 등을 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역으로 지정후 도래하는 경우로서 동지정지역으로 지정된 날이 사업인정고시일로부터 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득하는 것을 의미한다고 할 것이다OOO

(6) 따라서 이 건의 경우 청구인은 쟁점토지를 동 토지가 소재한 지역이 토지 투기지역으로 지정된 2003.5.29 전인 2003.4.18 취득하였으나, 쟁점토지가 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(2004.11.25)부터 소급하여 2년이 되는 날(2002.11.25) 이후에 취득하여 위 규정에 의한 기준시가 과세요건을 충족하지 못한 것OOO이므로 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.