2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 2. 2. 서울 은평구 OO동 000 대 349㎡ 및 그 지상 건물(연면 적 702.61㎡， 이하 '이 사건 건물'이라 하고， 위 토지와 건물을 통칭할 때는 '이 사건 부동산'이라 한다)을 취득하여 보유하다가， 2007. 9. 13. 이 사건 부동산을 양도하였다.

나. 원고는 2007. 11. 30. 피고에게， 이 사건 부동산의 취득가액을 000원， 양도가액을 000원으로 하여 양도차익을 산정한 다음 2007년 귀속 양도소득세를 예정 신고 ・ 납부하였다.

다. 그러나 피고는 2011. 1. 6. 원고에 대하여， '원고가 2006년 및 2007년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 이 사건 건물의 감각상각비 000원(2006년분 1000원 + 2007년분 000원)을 필요경비로 차감하였다'는 이유로 위 감각상각비를 이 사건 부동산의 취득가액에서 공제한 000원(= 000원 - 000원)을 취득가액으로 하여 2007년 귀속 양도소득세 00원을 증액 결정・고지(이하 '이 사건 당초처분'이라 한다)하였다.

라. 그 후 원고의 이의신청에 따라， 피고는 2011. 2. 22. 원고에 대하여， 이 사건 건물의 양도 후 기간에 대응하는 감가상각비 000원은 취득가액에서 차감할 수 없는 것으로 보아 2007년 감가상각비를 000원( = 000원 - 000원)으로 다시 계산하여， 감가상각비 합계 000원(2006년분 000원 + 2007년분 000원， 이하 위 감가상각비를 합쳐 '이 사건 상각액'이라 한다)을 차감한 000원(= 000원 - 000원)을 취득가액으로 하여， 양도차익을 다시 산정한 다음 2007년 귀속 양도소득세 000원을 경정 결정 ・ 고지(이하 이 사건 당초처분에서 감액 경정된 부분을 '이 사건 처분'이라 한다)하였다(피고는 이 사건 처분과는 별도로 이 사건 건물의 양도 후 기간에 대응하는 감가상각비 000원을 종합소득세 확정신고시 필요경비로 차감할 수 없는 것으로 보아 2007년 귀속 종합 소득세도 경정 결정하였다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증， 을 제1， 2， 4， 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다. 즉，① 종합소득세 수정신고를 함에 있어 소득금액을 증가시키는 취지의 필요경비 불산입 수정신고는 과세관청이 경정하기 전이라면 언제든지 가능하다고 할 것인데， 원고가 이 사건 처분(또는 종합소득세 경정처분)을 하기 전에 이 사건 상각액을 필요경비에서 제외하는 취지의 종합소득세 수정신고를 하였으므로， 이로써 이 사건 상각액을 필요경비에 불산입하는 것으로 확정되었다. ② 원고가 2006년 및 2007년 감가상각비를 필요경비 불산입하는 것으로 종합소득세 수정신고를 하였음에도 이 사건 상각액을 이 사건 부동산의 취득가액에서 공제한 것은 위법할 뿐만 아니라 원고가 2008. 5. 31. 피고에게 2007년 귀속 종합소득세 과세 표준 확정신고를 하면서 2007년 상각액을 필요경비로 계상하였다고 하더라도， 이미 2007년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하기 전인 2007. 11. 30.에 2007년 상각액을 취득가액에서 공제하지 아니하는 것으로 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였으므로， 적어도 2007년 상각액은 취득가액에서 공제할 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2006. 2. 2. 이 사건 부동산을 취득하여 이 사건 부동산에서 임대업을 영위하면서 이 사건 건물의 취득원가를 000원으로 하여 정액법(내용연수 40년)에 따라 감가상각비로 매년 000원을 계상하는 것으로 장부에 기재하였다.

(2) 원고는 2007. 5. 31. 피고에게， 2006년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 2006년 상각액 000원(000원 x 11/12)을 필요경비로 계상하여 공제하였다.

(3) 원고는 2007. 9. 13. 김GG 외 1인에게 이 사건 부동산을 000원에 양도한 후， 2007. 11. 30. 피고에게 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 상각액을 취득가액에서 공제하지 아니한채 이 사건 부동산의 취득가액을 000원으로 하여 양도차익을 산정하였다.

(4) 원고는 2008. 5. 31. 피고에게 2007년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 2007년 상각액 000원을 필요경비로 공제하였다.

(5) 피고는 2011. 1. 6. 원고에게， 이 사건 부동산의 양도소득세 과세표준 예정신고 시 2006년 및 2007년 감가상각비를 차감하지 않은 것은 신고오류라 하여 위 감가상각비를 취득가액에서 공제하여 양도차익을 다시 산정한 다음， 이 사건 당초처분을 하였 다가， 원고의 이의신청에 따라 2011. 2. 22. 양도소득세액을 일부 감액하는 이 사건 처분을 하였다.

(6) 한편， 원고는 2010. 12. 13.경 피고에게， '원고가 2006년 및 2007년 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 2006년 및 2007년 감가상각비를 필요경비로 공제한 것은 오류'라고 하면서， 위 감가상각비를 필요경비로 공제하지 않는 것으로 하는 내용의 2006년 및 2007년 종합소득세 과세표준 수정신고를 하였다.

[인정근거] 위 증거들， 을 제3， 5， 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 위 ① 주장(상각액 필요경비 불산입 확정 주장)에 대하여

국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제45조에 의하면， 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는， 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하거나， 과세표준신 고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과 세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고를 할 수 있는 것으로 규정하고 있고， 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제33조 제1항 제6호， 같은 법 시행령 제62조에 의하면， 감가상각자산의 감가상각비는 사업용 고정자산의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 고정자산별로 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액을 한도로 하여 이를 소득금액계산에 있어서 필요경비로 계상하도록 규정하고 있다. 이 사건에서 원고가 종합소득세 과세표준수정신고를 함으로써 이 사건 상각액이 필요경비에 불산입되는 것으로 확정되었는지에 관하여 보건대， 위 인정사실에 의하면， 원고는 이 사건 부동산에서 임대업을 하면서 이 사건 건물의 감가상각비를 매년 000원을 계상하는 것으로 장부에 기재하였고， 이에 따라 2006년 및 2007년 종합소득세 과세표준 확정신고시 각 연도 소득금액의 계산에 있어서 위 감가상각비를 필요경비로 계상하여 공제하였으므로， 이로써 2006년 귀속 및 2007년 귀속 종합소득세는 확정되었다 할 것이고， 그 후 원고가 종합소득세 수정신고를 하였다고 하여 곧바로 이 사건 상각액이 필요경비로 불산입된 것으로 확정되었다고 할 수 없다(종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 감가상각비를 필요경비로 계상하였다가 후에 정당한 필요경비로 인정된 감가상각비를 임의로 필요경비로 불산입하는 취지의 수정신고도 허용되지 않는다 할 것이다). 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 위 ② 주장(상각액 공제 위법 주장)에 대하여

구 소득세법 제97조 제2항에 의하면， 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 공제한 금액을 취득가액으로 보도록 되어 있다. 이 사건에 보건대， 위 인정사실에 의하면， 원고는 이 사건 부동산에서 임대업을 하면서 이 사건 건물의 감가상각비를 매년 000원을 계상하는 것으로 장부에 기재하였고， 2006년 및 2007년 종합소득세 확정신고를 하면서 각 연도 소득금액의 계산에 있어서 위 감가상각비를 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액으로 계상하였으며， 또 원고가 2007. 7. 30. 이 사건 부동산의 양도 후 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 상각액을 취득가액에서 공제하지 않은 것으로 신고하였다고 하더라도， 원고가 2007년 귀속 소득금액의 계산에 있어서 2007년 상각액을 필요경비에 산입할 것으로 장부에 계상하였고， 그 후 실제로 2008. 5. 31. 2007년 귀속 종합소득세 확정신고를 하면서 2007년 상각액을 필요경비로 계상하여 공제하였으므로， 피고가 이 사건 부동산의 양도차익을 산정하면서 이 사건 부동산의 취득가액에서 이 사건 상각액을 취득가액에서 공제한 것은 정당할 뿐만 아니라 2007년 상각액 중 양도 후 기간에 대응하는 부분을 제외한 나머지 상각액을 공제한 것도 정당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결론

따라서 이 사건 상각액을 이 사건 부동산의 취득가액에서 공제하여 양도차익을 산정한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.