청구인은 1999.12.31 현재 협회등록법인인 (주)OO기술의 주식20,000주를 보유하다가 2000년도 중 12,740주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2,148백만원에 장내에서 매도하고 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

OO지방국세청장은 2003.11월 (주)OO기술(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 주식변동조사를 실시한 결과 청구인, 청구인의 형(兄) OOO 및 모(母) OOO가 주식양도일이 속하는 사업년도의 직전사업연도 종료일(1999.12.31) 현재 시가총액 100억원을 초과하는 청구외법인의 주식을 소유(121억원)하여 소득세법시행령 제157조 제4항 제2호에 규정하는 대주주에 해당되므로 이 건 양도소득세를 부과·징수하도록 양도소득세결정결의서를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2003.12.1 청구인에게 2000년 귀속 양도소득세 319,566,790원(가산세 114,255,650원 포함)을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2004.2.25 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

소득세법시행령 제157조가 1999.12.31 개정되어 “주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우”에는 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 신고납부 하도록 하였으나, 쟁점주식의 1주당 가액이 1999.12.1 81,600원에서 1999.12.28 242,000원으로 급등하였다가 2000.1.10 170,000원으로 급락하여 1999년도말 쟁점주식 등의 시가총액이 100억원을 초과하는 것으로 생각하기는 통상적으로 어려우며, 이 건 특수관계자는 분가하여 독립된 경제활동을 하고 있어 청구인 등이 보유한 총주식수가 50,100주임을 안다는 것은 무리가 있으므로 청구인에게 양도소득세 신고납부 불이행으로 인한 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

소득세법 제94조에서 규정한 양도소득의 범위에 대주주가 양도한 상장법인의 주식 양도를 포함하는 것으로 1999.12.31 개정되었고, 소득세법시행령 제157조 제4항 제2호에서 대주주는 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주1인 및 특수관계 있는 자가 소유하고 있는 주식의 시가총액이 100억원 이상인 경우로 규정하고 있는바, 청구인도 인정하는 바와 같이 청구인이 대주주인 것은 명백하므로 이 건 주식의 양도에 대하여 양도소득세 과세요건이 충족되었으며, 청구인은 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였으므로 법령에 규정한대로 가산세를 포함한 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점주식을 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니한데 대하여 신고·납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 소득세법 제115조 【양도소득세에 대한 가산세】 ① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 신고불성실가산세액 이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

②거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 납부불성실가산세액 이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

(3) 소득세법시행령 제157조 【토지 등의 범위】 ④ 법 제94조 제3호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 증권거래법 제2조 제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 유가증권시장 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 주권상장법인 이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 주식 등 이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주 등"이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 주주 1인 이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타 주주" 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주(1999.12.31 신설, 2000.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터 적용)

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다.

(4) 국세기본법시행령 제20조 【친족 기타 특수관계인의 범위】 법 제39조 제2항에서 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.

1. 6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 처

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인, 형(兄) OOO, 모(母) OOO는 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 청구외법인의 주식 50,100주 시가총액 12,124백만원을 아래와 같이 보유하여 소득세법시행령 제157조 제4항에 규정된 양도소득세 과세대상자인 대주주 등에 해당하며, 청구인은 2000년도중 쟁점주식 12,740주(2000.1.14 5,000주, 2000.2.2 7,000주, 2000.2.9 740주)를 2,148백만원에 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하였음이 주식변동현황표에 의하여 확인되며 이에 대하여는 다툼이 없다.

<1999.12.31 현재 주식 보유현황>

(OO O O, OO)

(2) 서울지방국세청장은 2003.11월 청구외법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과 청구인 등이 아래와 같이 2000년 귀속 양도소득세를 신고누락한 사실을 확인하고 처분청에 자료통보하여 이 건 양도소득세를 과세하였는바, 청구인은 이 건 대주주 과세요건이 1999.12.31 신설된 조항이며, 1999년말 주가가 급상승하였고 청구인 등은 분가하여 독립된 경제활동을 하고 있으므로 1999.12.31 현재 청구인 등의 주식보유 시가총액이 100억원을 초과한다는 사실을 알기에는 무리가 있으므로 가산세부과는 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(OO O O, OO)

(가) 1999.12.31 소득세법 제94조 제1항 및 같은법시행령 제157조 제4항 제2호가 신설되어 “주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주(친족 등)가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주는 대주주 등으로 분류하며,한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대주주 등이 양도하는 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득으로 한다”고 규정되었고 동 신설규정은 2000.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터 시행하도록 규정하고 있다.

(나) 소득세법 제115조에서 “거주자가 확정신고를 하지 아니한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 가산한 금액의 100분의 10에 상당하는 신고불성실가산세액을 산출세액에 가산하며, 양도소득세액을 납부하지 아니한 때에는 그 납부하지 아니한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출 이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 납부불성실가산세액을 산출세액에 가산한다”고 규정하고 있으며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한이유없이 법에 규정된신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고,법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것이다(국심 2003서3303, 2004.3.16 같은 뜻).

(다) 청구인은 1999.12.31 소득세법시행령 제157조의 개정으로 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주1인 및 기타주주가 소유하고 있는 당해법인의 주식등의 시가총액이 100억원 이상인 경우 대주주로 분류하도록 금액기준이 추가되었는 바, 개정규정을 숙지하여야 하는 책임과 의무를 납세의무자에게 지우는 것은 부당하며, 청구외법인의 주식의 시가가 수시로 변동할 뿐만아니라 이 건 특수관계자가 독립된 경제활동을 하고 있어 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 청구인 등이 보유하고 있는 총 보유주식수 및 주식의 총가액을 알기 어려우므로 청구인이 이 건 납세의무가 성립하였다는 것을 모르는 것은 무리가 아님에도 가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 법령의 개정으로 납세의무를 알지 못하였다는 것은 신고·납부의무를 이행하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려우며, 청구외법인은 협회등록법인으로서 매일의 종가가 일간지 등에 게재되고 있어 주식가액의 변동내역의 숙지가 가능하고, 개정된 관련법령에서주주 1인 및 기타 주주(친족 등)가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액을 합산하여 대주주 여부를 판단하도록 규정하고 있으므로 주식의 총가액을 알기 어려운 사정 등을 이유로 가산세 부과를 제외하기는 어려워 보인다.

(4) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 쟁점주식의 거래가 소득세법시행령 제157조가 개정된후 바로 이루어졌으며, 직전연도말 현재 대주주 해당 여부 및 시가총액 100억원 이상 유무 확인 등의 현실적 어려움은 예상할 수 있으나, 개정된 소득세법시행령 제157조에 의거 직전사업연도 종료일 현재 친족 등이 보유하고 있는 당해법인의 주식의 시가총액이 100억원 이상인 경우는 대주주로 분류하여 당해법인의 주식의 양도에 대하여는 양도소득세를 신고·납부하도록 규정하고 있으므로 청구인 및 기타주주의 직전연도말 현재 총보유주식수 50,100주, 시가총액 121억원으로 대주주에 해당되어 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세 과세대상에 해당되며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과세할 수 없다(국심 2001전0627, 2001.7.4, 대법원 95누3596, 1996.2.9, 같은 뜻)할 것이나, 청구인의 경우 이 건 관련법령이 신설되어 청구인이 대주주에 해당됨을 알지 못하였다는 등의 사유만으로는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유로 보여지지 않으므로 처분청이 소득세법 제115조 제1항 및 제2항에 규정한 가산세를 포함하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분을 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.