가. 청구인은 1993.11.11. OOOOO OOO OOO OOOOOOO OO OOOO 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득하여 소유하고 있다가 청구인의 남편 OOO이 2003.9.30. 취득한 OOOOO OOO OOO OOO OO OOOO OOOOOOOO(이하 “쟁점외주택”이라 한다)가 재건축을 위하여 2006.10.23.자 관리처분계획인가를 거쳐 멸실되고, OOO이조합원입주권을 취득한 상태에서 조합원입주권에 의하여 새로이 취득하게될 아파트의 사용승인(2009년 5월 완공예정)이 임박하자 2008.11.28. 쟁점주택을 OOO에게 양도하고, 2009.3.3. 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 양도소득세 43,169,570원을 신고·납부하였다.

나. 이후, 청구인은 OOO이 취득한 조합원입주권이 「소득세법」 제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항의 조합원입주권에 해당되어 쟁점주택의 양도에 대하여는 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 특례가 적용되어야 함에도 청구인이 착오로 양도소득세를 잘못 납부하였음을 이유로 2009.4.7. 처분청에 ‘청구인이 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점외주택에 대한 관리처분계획인가가 2006.1.1. 이후에 있었으므로 이로 인하여 OOO이 취득한 조합원입주권은 기존주택(쟁점외주택)의 연장으로 보는 조합원입주권에 해당되어 쟁점주택의 양도에 대하여는 「소득세법」 제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항에 의한 양도소득세 비과세 특례를 적용할 수 없다 하여 2009.6.8. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.19. 이의신청을 거쳐 2009.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 당초 1세대 2주택을 소유하였으나, 남편 소유의 쟁점외주택이 2006.10.23.자 관리처분계획인가로 조합원입주권으로 전환되어 1세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 상태에서, 쟁점외주택의 재건축에 따라 새로이 취득하게 될 주택이 완성될 예정인 2009년 5월 이전인 2008.11.28. 쟁점주택을 양도하였는 바, 동 관리처분계획인가에 따라 새로이 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 세대원 전원이 동 주택으로 이사하여 1년 이상 거주할 것이므로, 쟁점주택의 양도에 대하여는 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항의 양도소득세 비과세 특례를 적용하여 청구인이 납부한 양도소득세는 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점주택 양도당시 청구인 세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유한 상태였고, 동 조합원입주권을 취득한 날로부터 2년이 경과한 2008.11.28. 쟁점주택을 양도하였으며, 「소득 세법 시행령」제156조의2 제4항 각 호의 요건을 모두 갖추었으므로 쟁점주택의 양도에 대하여는 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점주택의 양도당시 청구인 세대가 소유한 조합원입주권은 2003.9.30. 취득한 쟁점외주택이 2006.10.23. 관리처분계획인가로 인하여 조합원입주권으로 전환된 것이므로 기존주택(쟁점외주택)의 연장으로 보아야 하며, 2006.1.1.이후 관리처분계획인가에 의하여 취득한 이 건 조합원입주권은 「소득세법」제89조 제2항의 규정에 따라 주택수에 포함되는 것인 바, 청구인 세대가 쟁점주택의 양도당시 1세대 2주택을 소유한 것으로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항의 양도소득세 비과세 특례를 적용하지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1세대가 2주택을 보유하던 중 하나의 주택이 조합원입주권으로전환된 상태에서 나머지 주택을 양도한 경우, 2005.12.31. 개정된 「소득 세법 시행령」제156조의2 제4항의 ‘주택과 조합원입주권을 소유한 경우의1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례’를 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

부칙(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제12조 【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】 ① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 「주택건설촉진법」(법률 제6852호 「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매·상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

(2) 소득세법 시행령(2008.11.28. 대통령령 제21138호로 개정되기 전의 것) 제156조의2 【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례】 ② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 내지 제11항의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이 경과하여 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다) 또는 동법에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다)의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택"이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 동조동항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. ～ 3. (생 략)

⑬ 제4항 또는 제5항의 규정을 적용받은 1세대(제7항·제10항 또는 제11항의 규정에 따라 제4항 또는 제5항의 규정을 적용받은 1세대를 포함한다)가 제4항 제1호 또는 제5항 제2호의 요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시에 주택 양도당시 제4항 또는 제5항을 적용받지 아니할 경우에 납부하였을 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택의 등기부등본 및 매매계약서, 주민등록표에 의하면, 청구인은 1993.11.11 쟁점주택을 취득하여 2008.11.25.까지 가족과 함께 거주하다가 2008.11.28. OOO에게 양도가액 2억2,900만원에 양도한 것으로 나타나며, 쟁점외주택의 등기부등본에 의하면 청구인의 남편 OOO이 2003.9.30. 쟁점외주택을 취득하여 보유하던 중, OOOO주택 재건축정비사업의 시행으로 인하여 2006.10.23. 쟁점외주택에 대한 관리처분계획인가가 있었으며, 쟁점외주택은 2005.12.2. OOOO주택재건축정비사업조합에 신탁등기가 경료된 후, 2007.3.5. 철거·멸실된 것으로 나타난다.

(2) OOOOO은 2006.4.7. 쟁점외주택이 속한 OOOO주택재건축정비사업에 대하여 사업시행기간을 2006년 6월부터 2009년 5월까지로 하는 사업시행인가를 고시하였고, 2006.10.23. 「도시 및 주거환경정비법」제49조 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하였으며, 이후 청구인의 남편 OOO은 2006.12.19. OOOO주택재건축정비사업조합으로부터 총분양대금 3억7,470만원에 OOOO OOOO OOOO(OOOO)을 분양받은 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점주택을 2008.11.28. 양도하고, 양도당시 1세대 2주택으로 보아 2009.1.29. 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다가 2009.4.7. 이 건 경정청구를 하였고, 처분청은 2009.6.8. 동 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다.

(4) 이에 대하여 청구인은 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항이 청구인과 같이 부득이한 사유로 조합원입주권을 취득하게 된 경우에 적용할 수 있는 특례규정인데도 청구인이 당초 착오로 이 건 양도소득세를 납부하였고, 처분청이 OOO이 취득한 조합원입주권을 쟁점외주택의 연장으로 본 것은 동 규정의 취지를 잘못 이해한데서 비롯된 것이므로 이 건 양도소득세는 환급하여야 한다고 주장하면서 이 건 심판청구를 하였다.

(5) 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 「소득세법」제89조 제2항 본문에서 2006.1.1. 이후 재개발·재건축사업의 관리처분계획이 인가된 조합원입주권 또는 2006.1.1. 이후 매매·상속 등에 의하여 승계취득하는 조합원입주권을 주택으로 보아 같은 조 제1항 제3호의 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택 해당여부를 판단하도록 하면서, 그 단서에서 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 등 실수요 목적으로 주택 또는 조합원입주권을 취득하는 경우에는 동 주택 또는 조합원입주권은 주택수에 포함하지 아니하도록 하였고, 동 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령 제156조의2 제3항 내지 제5항에서 1주택을 소유한 1세대가 실수요 목적으로 주택 또는 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 2주택 또는 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우에 적용할 수 있는 양도소득세 비과세 특례를 규정하였는 바, 동 규정들은 1주택을 소유한 1세대가 거주이전 등 실수요 목적으로 주택 또는 조합원입주권을 취득하는 과정에서 일시적으로 2주택 또는 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우에 적용하는 것이므로 1세대 2주택자의 주택 중 1주택이 조합원입주권으로 전환된 경우에는 위 특례를 적용할 수 없어 보인다.

(6) 이 건의 경우, 청구인은 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 실수요 목적으로 조합원입주권을 취득함에 따라 일시적으로 1주택 1조합원입주권을 소유하게 된 것이 아니라, 2003.9.30.부터 소유하던 1세대 2주택 중 1주택이 2006.10.23. 조합원입주권으로 전환됨에 따라 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우이므로 쟁점주택의 양도에 대하여는 「소득세법 시행령」 제156조의2 제4항의 양도소득세 비과세 특례를 적용할 수 없다고 판단된다.

따라서, 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인이 기납부한 양도소득세를 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.