가. 원고는 2004. 12. 31. 아버지 B으로부터 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)의 발행주식 2만주(액면가 5,000원)를 증여받아 C의 발행주식 전부를 소유하게 되었고, 2005. 3.경 위 주식을 주당 1,514원으로 평가하여 증여세 8,100,000원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 원고는 2006. 2. 6. 자신이 보유하고 있던 D 주식회사(이하 ‘D’이라 한다)의 주식 8만주(평가금액 6억 4,080만 원)를 담보로 한국증권금융㈜로부터 4억 원을 대출받았고, 2006. 2. 8. 위 대출금으로 C의 유상증자에 단독으로 참여하여 C 주식 8만주를 추가로 취득하였다

(이하 C의 주식 10만주 전부를 ‘이 사건 주식’이라 한다). 다.

원고는 2009. 7. 15. 쌍용해운 주식회사(이하 ‘쌍용해운’이라 한다)와 이 사건 주식을 35억 원에 양도하기로 하는 계약을 체결하고, 2009. 8. 13. 이 사건 주식을 쌍용해운에게 양도하였다.

원고는 이 사건 주식의 양도로 3,052,204,000원의 양도소득을 얻었음을 이유로 2009. 11. 30. 양도소득세 274,473,360원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

서울지방국세청장은 2012. 4. 30.부터 2012. 6. 29.까지 기간 동안 C에 대한 주식변동조사를 하여, 이 사건 주식의 가치가 ‘타인의 기여’에 의하여 증가한 것이므로 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9269호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제2조 제3항에 의하여 증여세 과세대상이라고 조사하고, 법 제42조 제4항, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것) 제31조의9 제6항 및 제7항에 따라 이 사건 주식 양도가액 35억 원 중에서 2,992,564,169원을 원고에 대한 증여재산가액으로 보고 2012. 8. 31. 피고에게 제세결정상황통보를 하였으며, 이에 따라 피고는 2012. 9. 3. 원고에 대하여 증여세 1,539,998,560원을...

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