가. OOO에서 2003.9.19. 개업한 주식회사 OOO의약품 원료를 제조하는 회사로서 2011.10.20. 청구법인(이하 합병 전 OOO도 “청구법인”이라 한다)에 합병되었다.

나. 처분청이 OOO세관으로부터 청구법인에 대한 「외환관리법」위반 혐의와 관련된 과세자료를 통보받아 청구법인의 2009사업연도 및 2010사업연도 법인세 부분조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO주식회사(이하 OOO라 한다)에 OOO에 전문의약품 생산공장 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 선급금으로 2009년 12월 OOO2010년 1월 OOO합계 OOO(이하 “쟁점선급금”이라 한다)을 각 지급한 뒤 OOO을 회수하고 남은 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 OOO로부터 수취한 매입세금계산서 2매(공급대가 합계 OOO이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 2015.1.6. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였고, 청구법인의 실제 대표이사인 OOO을 귀속자로 보아 2009년 귀속 소득금액 OOO2010년 귀속 소득금액 OOO각 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.16. 이의신청을 거쳐 2015.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점공사는 의약품 제조공장의 특성상 장비발주에 많은 시간이 소요되어 장비를 신속히 구입하는 것이 중요하므로 OOO는 우선적으로 기계장치를 구입하기 위하여 청구법인으로부터 선급금을 받고 쟁점세금계산서를 발급한 것으로서, 동 세금계산서는 「부가가치세법」제17조 제1항 소정의 선발행세금계산서에 해당하는바, 청구법인이 쟁점선급금 중 일부를 가공 매출채권을 회수한 것으로 회계처리하였다는 이유만으로 OOO가 쟁점공사 관련 기계장치를 구입하고 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서까지 사실과 다른 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 앞서 본 것처럼, 청구법인이 OOO에게 지급하였다가 회수하지 아니한 쟁점금액은 청구법인의 대표이사에게 귀속되었다거나 그 귀속이 불분명한 것이 아니라 OOO기계장치 구입에 사용된 것인바, 동 금액에 대하여 OOO귀속자로 보아 상여처분하고 소득금액변동통지한 처분은 부당하다. 또한, 이 건 이의결정서에서 “자금세탁과정에서 실제 환차손이 발생하였는지 여부 및 환차손이 발생하였다면 그 금액이 얼마인지를 재조사하여, 그 결과에 따라 대표자 상여처분 대상 금액을 결정”하여야 한다고 설시하였음에도 아무런 조사 없이 쟁점금액을 연도별로 안분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 수원지방법원 성남지원 판결서와 청구법인의 내부문서인 ‘가공매출 및 대금회수 조사보고서’에 의하면 청구법인은 2008년 OOO이상의 가공매출을 계상한 것으로 나타나는바, 처분청의 조사내용 및 관련자들의 진술에 의하면 청구법인은 쟁점선급금 중OOO가공매출 변제에 사용하였고, OOO에게 지급하였으며, 차액 OOO그 귀속이 불분명한 것으로 확인되는 점, 쟁점공사 도급계약서에는 계약금 외에 선급금의 지급에 대한 약정이 없는 점 등에 비추어 쟁점선급금 전부는 청구법인의 가공매출을 상쇄하거나 법인의 자금을 OOO무단으로 인출하기 위하여 OOO선급금 명목으로 입금한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) 앞서 본 바와 같이 OOO쟁점금액으로 기계장치를 구입하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하고, 쟁점금액 OOO위법 부당한 행위로 환차손(환치기 손실) 금액을 특정할 수 없으며 동 금액의 귀속자도 특정되지 않으므로 아래 <표1>과 같이 쟁점선급금이 유출된 시점을 기준으로 안분하여 실제 대표자인 OOO에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부

② 실제 대표이사인 OOO상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제17조[재화 및 용역의 공급시기의 특례] ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(괄호 생략)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략)

(2) 법인세법 제67조[소득 처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다.(후문 생략)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 OOO체결한 쟁점공사 도급계약서(2009.8.13.)의 주요내용은 아래와 같다.

(2) OOO세관이 처분청에 통보한 외환관리법 위반혐의 파생자료(2013년 6월)에는 “청구법인의 대표이사가 OOO임의로 출금(중국 송금 후 환전업자를 통해 현금으로 받은 자금 포함)한 OOO억원 횡령하였다”고 기재되어 있다.

(3) 처분청의 청구법인에 대한 법인세 부분조사(2014년 12월) 종결보고서에는 “청구법인이 OOO지급한 선급금은 청구법인의 허위매출대금 회수로 위장하여 청구법인 계좌로 입금되었고, 입금된 내역에 대해 청구법인이 제시한 자료는 아래 <표2>와 같다.”고 기재되어 있고, 쟁점선급금 OOO천원과 청구법인 입금액 OOO천원의 차이 OOO천원은 중국으로 송금하여 회수함에 따른 환차손 금액인 것으로 기재되어 있다.

그 밖에 조사 종결보고서의 주요내용은 아래와 같다.

(4) 청구법인은 관련 매매계약서와 함께 아래 <표3>과 같은 OOO의 기계장치 OOO구입내역을 제출하였다.

(5) 청구법인의 회계장부상 건설중인자산 계정은 2010.1.20. 및 OOO2010.2.12. OOO각 증가한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점ⓛ에 대하여 살피건대, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는 것(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 쟁점선급금 중 3분의 2 이상에 해당하는 금액을 가공매출대금 회수에 사용하여 실물거래가 없었음이 확인되었음에도, 쟁점공사 도급계약서에는 계약금 외에 쟁점선급금의 지급에 대한 약정이 없는 점, 처분청의 조사에 의하면 가공매출대금 회수에 사용된 금액 외에도 OOO에게 지급된 금액이 있는 것으로 확인된 점, OOO기계장치 구입내역과 쟁점세금계산서상 공급대가가 일치하지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서와 쟁점공사의 관련성이 확인되었다고 보기 어려우므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 소득금액변동통지된 금액 합계 OOO사용처가 불분명한 점, 청구법인이 환차손이라고 주장하는 OOO천원은 금융기관 등을 통한 정상적인 방법이 아닌 신원 불상의 자를 통하여 자금을 회수한 것으로 확인되고, 그 금액의 귀속자 및 귀속시기를 특정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점선급금이 유출된 시점을 기준으로 안분하여 실제 대표자인 OOO에게 이 건 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.