가. 청구인은 1세대 1주택에 해당하는 서울특별시 OOO 소재 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 지분 3분의 1을 1999.10.4. 취득하여 10년 이상 보유한 후 비거주자로서 2009.12.24. 양도하고 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여 2010.1.13. 양도소득세를 예정신고·납부하였다.

나. 청구인은양도소득세가 과세되는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용함이 타당하므로 쟁점주택의 장기보유특별공제율을 80%로 적용하여 과다 납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라고2011.12.9. 처분청에 경정청구를 신청하였으나, 처분청은 당초 신고내용이 적정하다고 판단하여 2012.2.9. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.28. 이의신청을 거쳐 2012.5.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

납세자의 재산권을 침해하는 성격을 가지고 있는 세법을 적용할 때에는 조세평등주의와 입법취지에 비추어 특별한 사정이 없는 한 조세법률주의에 따라 법문대로 엄격하게 해석하여야 하나, 처분청은 법문의 규정을 확대·유추 해석하여 청구인의 재산권을 부당히 침해하고 있으며, 「소득세법」 제121조 제2항 소정의 “거주자와 동일한 방법으로 과세한다”라고 함은 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미인 바, 당연히 장기보유특별공제율도 거주자와 동일하게 적용하여야 하므로 경정거부 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」 제95조 제2항(2009.12.31 개정되기 전의 것)에서 ‘장기보유특별공제액이란 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 최고 30%의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’이라고 규정하고, 그 단서 조항으로 ‘대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 최고 80%의 장기보유특별공제율을 적용’하도록 규정하고 있으며,또한 전항 단서의 위임을 받은 「소득세법 시행령」 제159조의2는 “1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다”라고 규정하고 있고, 같은 영 제154조 제1항은 “1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다”라고 규정하고 있어 「소득세법 시행령」 제159조의2의 “1세대” 역시 같은 영 제154조 제1항의 “1세대”를 의미한다고 할 것이다.

「소득세법」 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액적용에 있어 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 경우에는 특별히 최고 80%의 공제율을 적용하도록 하고, 여기서 “1세대”는 앞서 검토한 바와 같이 「소득세법 시행령」 제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대를 의미하는 것이므로 비거주자인 청구인에게는 「소득세법」 제95조 제2항 단서가 적용될 여지가 없는 것이며, 「소득세법」의 1세대 1주택 비과세 특례규정은 거주자의 주거안정을위한 국가정책적 목적을 세제면에서 지원하는 규정이므로 위와 같이 해석함이 입법취지에도 부합하는 것이고, 2009.12.31 개정된 「소득세법」 제121조 제2항 단서 규정은 비거주자에게 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확히 한 것에 불과한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

비거주자인 청구인이 거주자와 동일하게 「소득세법」 제95조 제2항 단서 [표2]의 1세대 1주택 장기보유특별공제율(80%한도)을 적용받을 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택의 증여계약서 및 매매계약서에 의하면, 청구인은 1999.10.4. 쟁점주택의 지분 3분의 1을 증여받은 것으로 하여 취득하였고, 2009.12.24. 쟁점주택을OOO만원)에 양도하였으며, 청구인의 미국여권 사본에는 유효기간이 2004.8.12.∼2014.8.11.로 되어 있고, 거주사실증명서 및 2009.11.20. 발급된 외국인의 부동산등기용 등록증명서에 청구인의 국적은 미국으로 되어 있어 쟁점주택 양도 당시에는 비거주자로 나타난다.

(2) 청구인은 「소득세법」 제121조 제2항 소정의 “거주자와 동일한 방법으로 과세한다”라고 함은 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미이므로, 대법원 판례(2009두21147, 2011.7.14.)와 같이 비거주자인 청구인의 경우에도 거주자와 동일하게 「소득세법」 제95조 제2항 단서에 의한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 「소득세법」 제95조 제1항에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 <표1>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 단서에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 <표2>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 「소득세법 시행령」 제159조의2는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함)을 말한다고 규정하고 있는바, 같은 영 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 하고, 이하 “1세대”라 한다고 규정하고 있어 같은 영 제159조의2에서 규정하는 1세대는 같은 영 제154조 제1항에서 규정하는 1세대의 개념임을 알 수 있다.

(4) 기획재정부 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 「소득세법」 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어서 비거주자는 같은 항 단서 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하고 있고, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 「소득세법」 제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택의 장기보유특별공제율이 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 「소득세법」상 1세대 1주택자의 비과세 및 장기보유 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가 정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보여지는 점, 「소득세법」 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’ 해당하는 경우에 <표2>의 공제율을 적용하도록 하고 있는 바, 여기서 ‘1세대’는 앞서 검토한 바와 같이 「소득세법 시행령」 제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것으로 거주자에 한하여 1세대에 해당한다고 볼 수 있는 점 등으로 볼 때, 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시에는 비거주자에 해당하여 청구인의 쟁점주택은 「소득세법」 제95조 제2항 단서에서 규정하는 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로 같은 항 단서 <표2>의 장기보유특별공제율이 아닌 같은 항 본문 <표1>의 장기보유특별공제율이 적용되는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서736, 2012.5.31.같은 뜻).

따라서, 처분청이 「소득세법 」 제95조 제2항 단서 <표2>의장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.