다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

가. 원고는 1996. 5. 10.경 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 191-1 및 같은 동 192-6 지상에 지하 1층, 지상 3층의 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 신축함에 있어서 그 건축공사를 소외 ㅇㅇ종합건설 주식회사(이하 소외 회사라고 한다)에게 도급하고 공사대금으로 600,000,000원을 지급하였다는 이유로, 피고에게 소외 회사가 발행한 1996. 3. 31.자 매입세금계산서(공급가액 300,000,000원, 세액 30,000,000원) 1장과 같은 해 6. 3.자 매입세금계산서(공급가액 300,000,000원, 세액 30,000,000원) 1장을 제출하고 위 세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 그런데 피고는 소외 회사가 위 공사에서 명의를 대여한 자에 불과하므로 위 세금계산서들은 그 기재 내용이 사실과 다른 경우에 해당한다는 이유로 부가가치세법 제17조 제2항에 의하여 그에 따른 매입세액 공제를 부인하고 1999. 1. 10. 원고에게 1996년도 제1기분 부가가치세 66,000,000원을 부과, 고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).

2. 당사자들의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 원고는 이에 대하여 첫째, 이 사건 건물의 실제 시공자는 세금계산서에 기재된 바와 같이 소외 회사이므로 세금계산서가 사실과 다르게 기재되었다는 이유로 매입세액 공제를 부인한 이 사건 처분은 위법하고, 둘째, 가사 소외 회사가 건설업 면허를 대여하는 회사로서 소외 김ㅇㅇ에게 면허를 대여하였고 김ㅇㅇ가 실제 이 사건 건물 신축공사를 한 것이라 하더라도 원고는 그와 같이 실제 공급자가 다르다는 사실을 알지 못하였으며 그것을 알지 못한 데에 과실이 없으므로 그 공사 도급에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 할 것인데도 피고는 이를 공제하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 위법하며, 셋째, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 원고에 대하여 아무런 조사 없이 소외 회사의 소외 경리과장 이ㅇ웅의 진술에만 의존한 서울지방국세청의 통고에 따라 과세함으로써 부가가치세 제21조, 국세기본법 제16조의 근거과세에 위반하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

부가가치세법 제17조 제2항은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 제1의2호에서 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액을 들고 있고, 제16조 제1항 제1호는 세금계산서의 기재사항으로서 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 규정하고 있다.

나. 판단

(1) 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 소정의 그 내용이 사실과 다른 것으로서 원칙적으로 그에 관한 매입세액이 공제되지 아니하지만, 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없는 경우에는 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 있는 것이다(대법원 1990. 8. 28. 선고 90누5030 판결 참조).

(2) 그런데, 갑 제6호증 내지 갑 제10호증의 2, 갑 제11호증의 4 내지 9, 갑 제12, 13호증, 갑 제15호증의 1, 갑 제17호증 내지 갑 제20호증, 갑 제22호증의 1, 을 제3호증의 1, 2, 을 제6호증의 1 내지 3의 각 기재, 갑 제11호증의 1 내지 3, 갑 제15호증의 2, 갑 제16호증의 1의 각 일부 기재(뒤에서 믿지 않는 부분은 제외), 제1심 증인 이ㅇ웅, 당심증인 이ㅇ, 이ㅇ인, 권ㅇㅇ의 각 증언, 제1심 증인 박ㅇㅇ, 정ㅇㅇ, 지ㅇㅇ의 각 일부 증언(뒤에서 믿지 않는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 종합하여 보면, 소외 회사는 일반건설업면허를 받은 업체이지만 실제로 관급 공사 외에는 직접 공사를 하지 아니하고 타인에게 건설업면허를 대여하여 시공하게 하고 그 면허 대여료만을 받는 전문적인 위장사업체인 사실, 그에 따라 서울지방국세청이 소외 회사의 건설업법 위반사실을 면허관청인 건설교통부에 통보하였고, 그로 인하여 1999. 6. 7.경 소외 회사의 건설업면허증이 말소된 사실, 소외 김ㅇㅇ는 소외 회사의 비상근 수주이사로서 소외 회사로부터 건설업면허를 대여받아 1995. 10. 20.경 소외 회사의 ㅇㅇ도 ㅇㅇ출장소 사무실에서 소외 회사 대표이사 이ㅇㅇ 명의로 원고와 이 사건 건물의 신축공사 도급계약을 체결하고 직접 이 사건 건물을 시공한 사실, 한편, 위 계약 당시 위 김ㅇㅇ는 소외 회사의 회장이라는 직함을 사용하였고, 위 계약을 체결한 소외 회사의 ㅇㅇ출장소 사무실에는 소외 회사의 간판이 걸려 있었으며, 원고는 소외 회사의 공사도급지명원, 사업자등록증 사본, 대표이사의 인감증명, 기술인력 보유현황, 건설업면허증을 확인한 후 위 도급계약을 체결한 사실, 소외 회사의 이사로 칭하며 위 도급계약의 체결에 참석한 소외 정ㅇㅇ은 그 직후인 1995. 12. 15. 위 회사의 이사로 회사등기부에 등재된 사실, 원고는 1996. 1. 중순 경 소외 회사의 현장관리인인 소외 박ㅇㅇ와 위 정ㅇㅇ에게 공사대금 지급 통로의 일원화를 요구하였는데, 위 박ㅇㅇ로부터 소외 회사가 위 박ㅇㅇ에게 공사대금 수령 권한을 위임한다는 내용으로 된 소외 회사의 대표이사 도장이 찍힌 위임장을 받았으며, 그 후 위 박ㅇㅇ로부터 교부받은 위 공사대금에 대한 영수증 3매 중 일부에는 회사의 도장이 날인되어 있는 사실, 원고는 소외 회사의 담당직원으로부터 소외 회사가 공급자로 기재된 1996. 3. 31.자 매입세금계산서(공급가액 300,000,000원, 세액 30,000,000원) 1장과 같은 해 6. 3.자 매입세금계산서(공급가액 300,000,000원, 세액 30,000,000원) 1장을 교부받은 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 을 제6호증의 4 내지 6의 각 기재, 갑 제11호증의 1 내지 3, 갑 제15호증의 2, 갑 제16호증의 1의 각 일부 기재, 제1심 증인 박ㅇㅇ, 정ㅇㅇ, 지ㅇㅇ의 각 일부 증언은 믿지 아니하며 을 제7호증 내지 을 제13호증의 2의 각 기재는 위 인정을 뒤집기 부족하고 달리 반증 없다.

(3) 위 인정사실에 의하면 이 사건 건물의 실제 시공자가 위 김ㅇㅇ인데도 불구하고 원고가 수취한 위 세금계산서에는 마치 소외 회사가 실제 시공자인 것처럼 사실과 다르게 기재되기는 하였지만, 원고는 위 김ㅇㅇ가 세금계산서상의 공급자인 소외 회사와 서로 다른 사업자이고 소외 회사로부터 건설업면허를 대여받은 것에 불과하다는 점을 알지 못하였으며 이를 알지 못한 데 과실이 없다고 할 것이다.

따라서 위 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제한 원고의 부가가치세 신고가 적법함에도 매입세액의 공제를 부인하고 부가가치세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 원고의 주장은 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 이를 취소하고 피고의 이 사건 처분을 취소하기로 한다.