청구법인은 의약품제조업을 영위하는 법인으로 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO 외 4필지 소재 대지 3,498.3㎡, 건물 1,902.98㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 본점사무소 및 영업장으로 사용하면서 위 건물 중 100평을 90.1.1～91.12.31 기간동안 특수관계에 있는 청구외 OO케미주식회사에 임대보증금 23,000,000원을 받고 임대한 사실이 있다.

처분청은 쟁점건물의 일부면적을 임대하고 받은 1년간의 수입금액이 그 임대부분 부동산가액의 100분의7(’90사업년도) 또는 100분의3(’91사업년도)에 미달함으로 위 임대면적 100평이 비업무용부동산에 해당된다하여 법인세법 제18조의3 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제11호의 규정에 의하여 차입금에 대한 지급이자 중 62,637,460원을 손금부인하고 93.9.25 청구법인에게 ’90사업년도(1.1～12.31) 법인세 27,160,630원 및 동 방위세 5,637,370원과 ’91사업년도(1.1～12.31) 법인세 10,742,850원을 각 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.11.4 심사청구를 거쳐 93.12.24 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점건물을 전부 본점 사옥으로 사용할 수도 있으나 자산의 효율적 운용을 위하여 업무용 사용면적을 최대한 절약하여 이로 인하여 생긴 여유면적 100평을 임대하였음에도 처분청이 쟁점건물 중 임대부분을 분리하여 이를 비업무용부동산으로 보아 지급이자를 손금부인함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

법인세법상 비업무용부동산인지의 판정기준은 당해법인의 고유업무에 직접 사용하였는지 여부로서 판정하는 것이지 자산의 효율적 운용여하에 따라 판정하는 것은 아니고 임대에 쓰이고 있는 부동산에 대하여는 1년간의 수입금액이 일정비율에 미달하면 이를 비업무용부동산으로 보도록 규정하고 있을 뿐 청구주장과 같이 최소한 한 필지 전체에 대한 대여이거나 한 칸의 전부 또는 한 담장 안의 건물이라도 독립된 건물의 대여이어야 된다라고 하는 규정은 별도 명시되어 있지 아니하므로 처분청이 쟁점건물 중 임대면적을 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입함은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물 중 임대부분을 비업무용부동산으로 보아 그 관련 지급이자를 손금부인한 처분의 당부

나. 관계법령

(1) 법인세법 제18조의3(지급이자의 손금불산입) 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각호의 자산합계액 한도 내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하면서 제3호에서 “당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산”을 열거하고 있고, 동조 제3항에서 “제1항 제2호 및 제3호에 규정한 자산의 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있고, 동법시행령 제43조의2(지급이자의 손금불산입) 제5항에서 “당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산”이라 함은 “당해부동산 취득후 경과한 기간, 당해부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다”고 규정하고 있으며, 동법시행규칙 제18조(지급이자의 손금불산입) 제3항에서는 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하면서 제11호에서 “임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해부동산가액의 100분의7(100분의 3으로 91.2.28 개정됨)에 미달하는 부동산”이라고 규정하고 있다.

(2) 위 규정에 의하면 한 필지의 토지나 한 동의 건물을 그 소유자가 업무에 직접 사용하면서 그 중 일부면적만을 타인에게 임대한 경우에도 그 임대부분에 대한 1년간의 수입금액이 당해 임대면적에 상당하는 부동산 가액의 일정비율에 미달하면 그 임대부분은 비업무용부동산에 해당된다고 풀이된다. (국심 92전3763, 93.3.26 외 다수 같은 뜻)

다. 쟁점건물 중 임대부분이 비업무용부동산인지

쟁점건물 중 임대면적 100평에 대한 1년간의 수입금액이 당해 임대부분 부동산가액의 7/100(’90사업년도) 또는 3/100(’91사업년도)에 미달한 사실에 대해서는 다툼이 없으므로 처분청이 위 법령 규정에 의거 위 임대면적을 비업무용부동산으로 보아 그 관련지급이자를 손금부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.