청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 대지 174.4㎡를 1987.8.25 취득한 후 동 지상에 1987.12.26 근린생활시설건물 445.46㎡(지상4층, 지하1층)를 신축(토지와 건물을 이하 “쟁점부동산①”이라 한다)하여 1989.3.6 양도하였고, 또한 청구인은 같은곳 OOOOOO 소재 대지 231.9㎡를 1989.3.30 취득한 후 동 지상에 1989.7.20 근린생활시설건물 481.91㎡(지상3층, 지하1층)를 신축(토지와 건물을 이하 “쟁점부동산②”라 한다)하여 1989.12.27 양도하였으며, 쟁점부동산①에 대하여는 1989.5.1 실지거래가액(건물은 기준시가)에 의하여, 쟁점부동산②에 대하여는 1990.2.3 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 자산양도차익예정신고(과세미달)를 이행하였다.

처분청은 쟁점부동산①에 대하여는 청구인이 신고시 제출한 증빙자료에 의하여 실지거래가액이 확인되지 않는다는 사유로, 쟁점부동산②에 대하여는 새로운 건물의 신축을 위하여 철거한 구건물의 취득가액을 양도자산의 필요경비로 인정할 수 없다하여 공제를 배제하여, 기준시가로 양도차익을 산정하고 1995.5.15 청구인에게 1989년도 귀속분 양도소득세 54,897,720원 및 동 방위세 10,979,540원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1995.6.29 심사청구를 거쳐 1995.10.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 쟁점부동산①중 토지를 1987.8.25 131,000,000원에 취득하여 근린생활시설용도의 건물을 신축한 후 1989.3.6 쟁점부동산①을 청구외 OOO에게 223,000,000원에 양도하고 법령에서 정한 기한내에 실지거래가액에 의하여 양도 차익을 산정하여 자산양도차익예정신고를 하였음에도 불구하고 처분청이 실지거래가액에 대한 정확한 조사없이 실지거래가액을 인정하지 않고 기준시가로 과세한 처분은 부당하며, 또한 쟁점부동산②의 양도차익을 산정함에 있어 건물을 신축하기 위하여 철거한 구건물(156.99㎡)의 취득가액 12,245,220원과 등록세·취득세등 합계 13,959,550원을 양도자산의 필요경비로 인정하지 않고 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점부동산①중 토지를 131,000,000원에 취득하여 건물을 신축한 후 이를 223,000,000원에 양도하였다고 주장하고 있으나, 자산양도차익예정신고시에는 양도가액을 169,362,265원으로 신고하면서도 양도가액이 223,000,000원인 양도계약서(토지 및 건물가액의 구분이 불분명함)를 제출하였을 뿐만 아니라 부동산의 매매계약서 이외에 실지취득가액 및 실지양도가액을 입증할 수 있는 금융자료등은 제출하지 못하고 있어 청구인이 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 실지거래가액이 확인되지 않는다 할 것이므로 처분청이 양도차익을 기준시가로 산정하여 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산①의 양도에 대하여 실지거래가액이 확인되지 않는다 하여 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부와, 쟁점부동산②에 대하여 양도자산의 필요경비로 건물신축을 위하여 철거한 구건물취득가액등을 인정하지 않고 과세한 처분의 당부에 다툼이 있다.

나. 관련법령

소득세법 제23조 제4항과 같은법 제45조 제1항 제1호에 의하면 토지·건물의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액은 당해 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의함이 원칙이고, 예외적으로 대통령령이 정하는 경우에만 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제170조 제4항에서 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의할 수 있는 경우를 규정하면서 그 제3호 (93.12.31 개정되기 전의 것)에 『양도자가 법 제95 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우』를 열거하고 있다.

한편, 같은법시행령 제94조 제5항(1990.12.31 개정되기 전의 것) 제1호에 의하면 토지 및 건물의 필요경비는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 제1항 내지 제4항 및 법 제45조 제2항의 규정에 불구하고 취득당시의 기준시가에 취득당시의 지방세법상의 과세시가표준액의 7/100을 가산한 금액으로 하도록 규정하고 있다.

다. 청구인이 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 쟁점부동산①의 취득 및 양도시의 실지거래가액을 확인할 수 있는지에 대하여 살펴본다.

(1) 취득가액에 대하여 보면, 청구인은 자산양도차익예정신고시 토지의 취득가액은 131,000,000원, 건물의 취득가액은 46,777,760원으로 신고하였는 바, 토지에 대하여만 매매계약서를 제출하였을 뿐 건물에 대하여는 취득가액을 알 수 있는 자료를 제출하지 못하였고, 청구주장 양도가액은 기준시가 대비 99.9%에 불과한 반면 취득가액은 194.5%에 달해 그 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 또한 청구인은 매매대금지급관련 금융자료등 실지거래가액을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 취득시의 실지거래가액이 확인되지 않는다 하겠으며,

(2) 양도가액에 대하여 보면, 청구인은 쟁점부동산①을 169,362,265원에 양도하였다고 신고하였으나 신고시 제출한 매매계약서상의 양도가액은 223,000,000원으로서 서로 다르며, 청구인이 신고한 양도가액은 취득가액 보다도 낮은 가액으로서 청구인이 쟁점부동산①을 보유한 기간은 부동산가격이 급등하던 시기임을 감안할 때 신고가액 및 청구주장 양도가액은 그 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이고, 청구인은 대금지급관련 금융자료등 실지양도가액을 입증할 수 있는 다른 증빙도 제시하지 못하고 있으므로 양도시의 실지거래가액 또한 확인되지 않는다 하겠다.

(3) 따라서 청구인이 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당되지 아니한다 할 것이므로 쟁점부동산① 양도에 대하여 처분청이 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 쟁점부동산②의 경우 건물신축을 위하여 철거한 구건물취득가액등을 필요경비로 인정할 수 있는지에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인은 자산양도차익예정신고시 기준시가를 적용하여 취득가액은 188,541,198원, 양도가액은 179,910,303원으로 신고하였고, 위의 신고한 취득가액에는 새로운 건물신축을 위하여 철거한 구건물 156.99㎡에 대한 취득가액 12,245,220원이 포함되어 있으며, 기타 구건물의 철거에 따른 잔설처분가액 등은 제시하지 아니하고 있다.

(2) 청구인은 이 건 쟁점부동산②의 양도차익을 기준시가로 계산하더라도 실지 지출된 구건물취득가액과 등록세·취득세등은 양도자산의 필요경비로서 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있으나, 위에서 본 소득세법시행령 제94조 제5항의 규정에 의하면 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 자본적 지출액·양도비 등을 필요경비에 불산입하도록 되어 있으므로 처분청이 이 건 구건물취득가액 및 등록세·취득세 등을 필요경비로 인정하지 아니하고 기준시가에 의한 취득가액과 취득당시의 지방세법상 과세시가표준액의 7/100만을 필요경비로 공제한 처분은 정당하다고 판단된다(국심 93중 1628, 93.9.16 같은 뜻).

마. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.