가. 청구인은2002.6.27. 주식회사 OOO(2001.3.1. 창업한 개인 벤처 사업자가법인으로 전환된 벤처기업임. 이하 “쟁점법인”이라한다) 설립당시 발기인이자 이사로 참여하면서 1,500주를 최초로 출자한 후 아래 <표1>과 같이 유·무상증자와 액면분할OOO등을 통하여 330,000주의 주식을 보유하던 중,

OOO

아래 <표2>와 같이 2009.6.23.5,000주(설립당시 출자한 1,500주가 액면분할 된 것 중 5,000주,이하 “쟁점1주식”이라 한다)와2010.11.8.부터 2010.12.30. 사이에 28,160주를(설립당시 출자한 1,500주가 액면분할 된 것 중25,000주를 이하“쟁점2주식”이라 하고, 쟁점1주식과 합하여 “이하 “쟁점주식”이라 한다) 양도한 후,

OOO

2009년 귀속 쟁점1주식 양도 해당분은 2011.9.30., 2010년 귀속 쟁점2주식 양도 해당분은 2012.8.30. 각각 기한 후 양도소득과세표준신고서를 제출하고 쟁점2주식 신고시 신고불성실가산세 10%를 적용하여 관련 세액(쟁점1주식 해당분 OOO원, 쟁점2주식 해당분 OOO원)은 같은 날에 납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 기한 후 과세표준신고서의 신고내용대로 시인하면서,쟁점2주식의 양도에 대해서는신고불성실가산세 20%를 적용하여 2012.11.7. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세(신고불성실가산세) OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 쟁점주식이 비과세에 해당함에도 잘못 신고·납부하였다며, 이에 불복하여 2013.1.15. 이의신청을 거쳐 2013.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 쟁점법인을 설립하면서 ”최초로” 취득한 쟁점주식 1,500주(액면분할 후는 30,000주에 해당)의 양도에 관하여는 구 「조세특례제한법」제14조 및 같은 법 시행령 제12조의 규정이 적용되는 비과세 대상이다. 즉, 쟁점주식은 쟁점법인 설립시에 취득한 것이어서 청구인과 쟁점법인과의 사이에는 특수관계가 없으며, 또한 출자일로부터 5년이 지난 후에 양도된 것이므로 과세특례가 적용되어야 한다.

(2) 청구인은 쟁점주식을 쟁점법인의 벤처기업 등록일인 2001.9.4. 부터 3년 이내인 2002.6.27. 출자하여 취득한 것이고, 법인을 새로이 설립할 경우에는 출자자와 「법인세법 시행령」제87조에서 정하는 특수관계라는 개념이 논리적으로 성립할 여지가 없다는 것이 OOO고등법원OOO과 OOO행정법원OOO의 판결에서 입증된 바와 같이 청구인과 쟁점법인과는 특수관계에 해당되지 아니한다.

따라서 청구인은 쟁점주식이 비과세되는 사실을 모르고 양도소득세 과세표준과 세액을 기한 후에 신고 납부한 것이고, 쟁점법인 설립시점인 2002.6.27. 쟁점주식 1,500주(2006.12.26. 액면분할 후에는 30,000주)를 자본금 납입방식으로 취득하였으므로 「조세특례제한법」제13조 제2항의 요건을 충족하고, 쟁점1주식의 양도일은 2009.6.23.이고 쟁점2주식의 양도일은 2010.11.8.부터 2010.12.30.까지로서 쟁점주식은 출자일인 2002.6.27.부터 모두 5년이 경과한 것이므로 비과세되는 주식이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 청구인이 쟁점법인 설립시에 취득한 것이어서 쟁점법인과의 사이에 특수관계가 없으며, 쟁점주식은 출자일로부터 5년이 지난 후에 양도된 것이므로 과세특례가 적용되어야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점법인의 설립 당시 이사로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호에서 정하는 쟁점법인과 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 구 「조세특례제한법」제14조 및 같은 법시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 아니한다.

(2) 청구인은 OOO고등법원 및 OOO행정법원의 판결내용에 의거, 벤처기업 출자주식에 대한 과세특례 적용시 출자를 통해 최초로 주식을 취득할 당시는 벤처기업과 출자자는 특수관계가 없다고 주장하나, 당해 사건이 현재 행정소송 진행 중이며 대법원 확정판결이 나지 않은 상태이므로 청구인의 주장을 인정할 수 없고, 청구인이 기한 후 신고한 2010년 귀속분의 경우 신고불성실가산세를 10%를 적용하였으므로 이를 20% 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용 시 벤처기업을 출자하여 설립한 경우 출자자와 벤처기업사이에 특수관계에 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세) ② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인 등이 직접 또는 창투조합 등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1.해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에잉여금을 자본으로 전입하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

제14조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4.벤처기업에 출자함으로써 취득(괄호 생략)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

(2) 조세특례제한법 시행령제12조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2.개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(3) 소득세법제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(4) 법인세법 시행령 제87조(특수관계자의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1.임원의 임면권의 행사,사업방침의 결정등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2.주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3.법인의임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

(5) 국세기본법 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」,「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 "산출세액등"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)국세통합시스템상 쟁점법인의 사업자등록현황 및 OOO지방중소기업청장의 벤처기업확인서를 보면 아래와 같다.

(가) 쟁점법인의 사업자등록현황은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(나) 벤처기업확인서(2001.9.4. OOO지방중소기업청장)를 보면, 쟁점법인은 2001.9.4.부터 2003.9.3.까지 기술신용보증기금으로부터 신기술기업으로 하여 번호OOO 벤처기업확인을 받은 것으로 나타난다.

(2) 쟁점법인 설립당시 주주명부는 아래 <표4>와 같고, 청구인은 당시 발기인으로 참여하면서 이사(법인등기부상 2002.6.27. 이사 취임, 2005.6.27. 중임, 2008.3.28. 사임 및 취임하다가 2010.3.26. 사임)였던 것으로 나타난다.

OOO

(3) 심리자료를 보면, 청구인은 쟁점1주식에 대한 기한 후 신고시 신고불성실가산세를 적용함에 있어 산출세액OOO에 대해 20%를 적용하여 신고OOO하였고, 쟁점2주식에 대한 기한 후 신고시 산출세액 OOO원에 대해 10%를 적용하여 신고OOO하였으며, 처분청은 쟁점2주식에 대한 신고불성실가산세에 대해 20%를 적용하여 추가적으로 경정한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 「조세특례제한법」제13조·제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 기관투자자가 특수관계 없는 벤처기업의 육성·발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 것이 입법목적임에 비추어 볼 때, 개인이 특수관계 없는 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대하여 출자한 주식으로그 출자일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에 적용하는 점, 청구인은 쟁점법인 설립시(2002.6.27.) 및 쟁점주식 취득(2002.6.27.)이후에도 발기인이자 이사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호의 규정에 따른 쟁점법인과 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에서청구주장을 받아들이기는 어려워 보인다.

따라서 처분청이 청구인의 기한 후 과세표준신고서의 신고내용대로 인정하면서 쟁점2주식에 대하여는 신고불성실가산세 20% 상당을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.