가. 청구인은 2001.5.29. OOO을 취득하였고, 재건축사업에 참여하여 2004.12.14. 준공된 같은 곳 1008-2 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)을 보유하다가 이를 2005.3.15. 양도하고 2005.5.31. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 2009.12.10. 쟁점아파트를 양도소득세 감면대상인 신축주택으로 보아 납부세액 환급에 관한 고충민원을 제기하였고, 처분청은 2009.12.17. 국세환급가산금 OOO원을 가산하여 환급하였다가 국세환급가산금 지급대상이 아니라는 서울지방국세청장의 감사결과에 따라 2011.12.5. 국세환급가산금 상당액의 납부를 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

재건축조합원은 신축주택 감면대상이 아니라는 과세관청의 잘못된 해석이 착오납부의 원인이 되었고, 상당기간 경과후 감면대상임을 알게 되어 고충민원을 청구한 것이므로 환급가산금을 지급하는 것이 납세자의 권익보호라는 고충민원 취지에 부합한다. 또한 고충민원 처리에 의하여 국세환급금을 지급하지 않는다는 규정이 없고, 종전 잘못 해석해온 과세관청의 자기과오에 대한 직권시정으로 보아야 하며, 국세환급가산금은 과세관청의 재량에 따라 결정되는 대상이 아니라 「국세기본법」 제52조에 따라 당연히 지급해야 할 대상이므로 처분청이 청구인에게 기 지급하였던 국세환급가산금의 납부를 고지한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 양도소득세 신고 후 불복절차가 있음에도 기간 경과 후에 고충민원을 청구하였으므로 환급가산금을 지급할 대상이 아니며, 경정청구나 불복청구기간의 경과 등으로 과세표준과 세액이 확정된 후에 제기된 고충민원을 받아들여 환급하는 경우 그 환급은 부당이득에 대한 환급이라기보다는 고충을 해결에 준 것에 불과하므로 환급가산금을 지급하지 아니함이 타당하며, 법령의 취지, 과세관청의 해석, 심판결정례 등에서도 고충민원처리에 의하여 환급하는 경우 환급가산금은 지급대상이 아니라고 하고 있으므로 청구인에게 지급하였던 환급가산금 상당액의 납부를 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

고충민원처리에 의하여 착오 납부하였던 세액을 환급받는 경우 국세환급가산금도 지급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제51조【국세환급금의 충당과 환급】 ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

⑦ 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지·독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다.

제52조【국세환급가산금】 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다.

1. 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. (단서 생략)

3. 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일

5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일

6. 소득세법·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정을 원인으로 하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급함에 있어서는 당해 결정일부터 30일이 경과하는 때

7. 제45조의2제4항의 규정에 의한 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의무자 또는 근로소득자등에게 환급함에 있어서는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한으로부터 30일이 경과하는 때

(2) 국세기본법 시행령 제30조【국세환급가산금의 결정】 ① 세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다.

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점아파트를 감면대상이 아닌 것으로 오인한 이유가 과세관청의 잘못된 예규에 있다고 주장하는바, 재정경제부 예규(재산-416, 2004.3.31.)는 자기가 건설한 신축주택(재개발 또는 재건축주택 포함)의 경우 신축주택취득기간(2001.5.23. ～ 2003.6.30.) 중에 신축주택의 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용을 받을 수 있다고 하였고, 대법원 판결(2008.6.12. 선고 2007두25428 판결)은 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 감면대상으로 결정하였으며, 그 후 생산된 예규(재산세제과-881, 2008.12.1.)에서 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결한 경우 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 조합원주택은 감면대상이라고 해석한 것으로 나타난다.

(2) 「국세기본법」 제55조는 “위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있는바, 청구인은 양도소득세 신고 후 관련 법령의 적용에 대한 불복청구를 한 사실이 없고, 불복청구기간이 경과된 후에 고충민원을 청구한 것으로 나타난다. 「납세자보호사무처리규정」 등에서는 고충민원을 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못하는 경우 국민의 권리·이익이 침해되거나 불편 또는 부담을 주는 사항에 관한 민원으로 규정하고 있는바, 경정청구나 불복청구기간의 경과 등으로 과세표준과 세액이 확정된 후에 처분청이 납세자의 고충민원으로 국세환급을 결정하는 처분은 부당이득에 대한 환급이라기보다는 고충을 해결에 준 것에 불과한 것으로서 이 때 국세환급가산금을 가산하여 지급할 것인지 여부는 처분청의 자유재량에 해당하는 것으로 보인다(조심 2009중4228, 2010.9.8., 같은 뜻임).

(3) 「국세기본법」 제52조는 국세환급금을 지급할 때에는 국세환급 기산일부터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 소정의 이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 가산하도록 규정하고 있고, 국세환급의 사유는 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소하는 경우, 적법하게 납부된 국세를 감면하는 경우 등으로 나타난다.

(4) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 고충민원처리에 의하여 국세환급금을 지급하는 경우에도 국세환급가산금을 가산하여야 한다고 주장하나, 청구인은 양도소득세 신고 후 관련 법령의 적용에 대한 불복청구를 한 사실이 없고 불복청구 기간을 경과하여 고충민원을 제기한 점, 경정청구나 불복청구 기간이 경과되어 환급할 의무가 없음에도 국세환급을 지급하는 것은 부당이득에 대한 환급이라기보다는 고충을 해결해 준 데 불과한 점, 이 경우 국세환급가산금을 가산하여 지급할 것인지 여부는 처분청의 자유재량으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 지급하였던 국세환급가산금 상당액의 납부를 고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.