2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 4. 6. mm시 부발읍 AA리 367 전 3,452㎡ 중 1/2 지분(이하 '종전 농지'라 한다)을 매입하였는데, 종전 농지는 2008. 2. 1. 매매를 원인으로 임규상 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

나. 원고는 mm시 모가면 소고리 392-5 답 1,217㎡(이하 '대체 농지'라 한다)를 취득 하고 2008. 3. 17. 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 대체 농지의 취득이 농지의 대토에 해당하는 것으로 하여 2008. 4. 30. 피고에게 일반세율을 적용하여 종전 농지에 대한 양도소득세 36,567,000원에 대하여 감면신청을 하였다.

라. 피고는 농지 대토로 인한 양도소득세 감면 요건에 해당하지 아니하고, 원고가 종전 농지와 대체 농지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 2009. 5. 1.(갑 제5호증 기재 고지일이다) 비사업용 토지 세율을 적용하여 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 89, 550,000원을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 7. 30. 피고에게 이의신청하였으나 2009. 9. 11. 기각되었고, 다시 2009. 12. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2010. 6. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 5, 7, 8호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

원고는 종전 농지를 취득하여 고구마 등을 재배하는 등 종전 농지에서 3년 이상 자경하면서 종전 농지소재지(연접지를 포함하는 개념이다, 이하 같다)에서 3년 이상 거주하였으며, 종전 농지의 양도일로부터 1년 이내에 대체 농지를 취득하여 경작하고 있으므로, 종전 농지의 양도로 인한 소득은 조세특례제한법 제70조의 자경농지 대토로 인한 양도소득세의 감면대상임에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 쟁점 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항, 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제67조 제1항, 제2항, 제3항 제1호에 의하면, "3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 자가 종전 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서, 새로 취득하는 농지의 면적이 양도 하는 농지의 면적의 2분의 1이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상인 경우"에는 농지의 대토로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 있다.

2) 조세특례제한법상 농지의 대토에 대하여 양도소득세를 감면하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 자경농민을 보호하고 농업을 장려함에 있는 것이어서, 그 감면의 대상은 자경농가가 취득하여 경작하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여 해석하여야 한다.

따라서 농지의 대토로 인한 양도소득세 감면요건은, ① 종전 토지 및 새로 취득하는 토지가 농지여야 하고, ② 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하고 이에 더하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하며, ③ 종전 토지의 양도일로부터 1년 이내에 그 거주와 경작을 시작하여야 하고, ④ 종전 토지의 양도일과 새로 취득하는 토지의 취득일 사이의 기간이 1년 이내이어야 하며, ⑤ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지 면적의 1/2 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지가액의 1/3이상이어야 한다.

또한 여기서 농지를 '직접 경작'한다고 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사(농업인과 농지의 장소적, 시간적 근접)하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력(농업인 자신의 직접적인 노동력 투입)에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 못한다.

그리고 원고가 경작상의 필요에 의하여 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 감면받기 위해서는 먼저 그 주장의 위 ⑤의 요건 사실을 모두 증명하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조).

3) 이 사건에서 원고가 위 ①의 요건인 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 종전 농지를 직접 경작하였다는 점이 모두 증명되었는지 여부에 관하여 판단한다.

가) 원고 주장에 일부 부합하거나 유리한 사실 등

갑 제9 내지 21호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실 등을 인정할 수 있다.

① 농지원부에는 원고가 종전 농지를 자경한 것으로 기재되어 있다. ② 원고는 종전 농지 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구인 mm시에 거주하고 있으며, 종전 농지로부터 원고의 주소지까지는 약 9km 상당 거리이다. ③ BB농약사 발행의 영수증에는 그라목손 등 농약 등을 2004년에는 210,000원 상당, 2005년에는 130,000원 상당 공급한 것으로 기재되어 있다. ④ 강CC는 원고에게 "종전 농지를 원고가 직접 경작하였고, 강CC가 2004년-2007년 트랙터 로타리작업을 해주고 150,000원-250,000원을 받았다"는 취지의 확인서를 작성해 주었다. ⑤ 원고가 작성하였다는 2004년-2007년의 농사일지에는 원고가 종전농지를 처남, 형, 부친 등과 함께 경작한 것으로 기재되어 있다. ⑥ 원고는 2008. 1. 21. 현재 mm시내에 4필지 합계 3,428.5㎡의 농지를 소유하고 있고, 원고의 배우자도 농지 669.5㎡를 소유하고 있으며, 농지원부상 모두 자경하는 것으로 기재되어 있다. ⑦ 원고는 2008. 12. 1. 쌀소득등보전직접지불금 127,110원을 행정관청으로부터 수령하였다.

나) 원고 주장에 부합되지 아니하거나 불리한 사실 등

그러나 다른 한편, 앞서 든 증거 및 을 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실 등이 또한 인정된다.

① 원고는 2008. 1. 21. 현재 배우자 소유분까지 포함하여 총 4,098㎡의 농지를 소유하고 있었다. ② 원고는 아파트에 거주하면서 경운기 등 농기계를 보유하고 있지 않았다. ③ 원고 소유의 위 농지들은 mm시 부발읍, 백사면, 마장면, 안흥동 등지에 흩어져 소재하고 있다. ④ 원고는 1994년부터 2008년까지 mm축산업협동조합에 근무하고 있는데, 2007년의 연간 급여는 88,707,000원에 이른다. ⑤ mm축산업협동 조합에서 상시 근무하는 원고가 경운기 등 기본적인 농기계도 없이 여러 곳에 흩어져 있는 총 4,098㎡의 농지를 직접 경작하였다는 것은 이례적이다. ⑥ 원고는, 직접경작의 중요한 증거라며 제출한 농사일지가 2004년-2007년경 작성되었다고 최초 주장하였으나, 그 후 이 사건 과세전적부심사청구 당시 기억을 되살려 사후에 작성한 것이라고 주장을 번복하였다.

다) 소결

이러한 사실 등에 종전농지를 다른 공유자인 엄명숙과의 관계에서 어떠한 방식으로 구분 관리하여 왔는지에 대한 아무런 설명을 하지 못하고 있는 점을 덧붙여 보면, 갑 제15, 17호증의 각 기재를 원고의 종전 농지에 대한 3년 이상의 직접 경작(상시 종사 또는 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의해 경작) 증거로 쉽게 채용할 수 없고, 위 인정사실만으로는 증명책임이 있는 원고가 위 ⑥의 요건(3년 이상의 자경)을 모두 증명하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그리고 위와 같은 인정사실에 의하면 원고가 직접 경작하지 아니한 사실이 인정된다. 따라서 위 ⑥의 요건이 모두 증명되었거나 직접 경작 증명이 부족함을 전제로 하는 원고의 위 주장은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 법령에서 정하는 이유 없으므로 이를 기각한다.