청구법인은 OOOO OOO OOO OOO O OO번지에서 골프장업(OOOOOO골프장, 총 29만평, 총코스길이 6,257m, 18홀 규모 퍼블릭골프장, 이하 “쟁점골프장”이라 한다)을 영위하는 법인사업자로서, 쟁점골프장을 건설하기 위하여 2003.10.6. OOOO 주식회사(이하 “시공법인”라 한다)와 쟁점골프장건설공사도급계약{총 도급금액 35,600,000천원(2차 증액된 공사금액 포함)}을 체결하고 쟁점골프장건설공사를 진행하면서 2003년 제2기 부가가치세 과세기간부터 2005년 제2기 부가가치세 과세기간중 쟁점골프장건설공사와 관련된 매입세액에 대하여 시공법인이 작성한 민간건설공사표준도급계약서(이하 “쟁점공사별도급공사내역서”라 한다, 별지첨부1)와 기성청구서에 의거 골프장건설공사대금을 시공법인에게 지출하고 관련 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하여 왔으나, 2005. 8월 청구법인의 업무착오로 공제받지 못한 2004년 제1기와 2004년 제2기 과세기간분에 대한 부가가치세 매입세액에 대하여 경정청구를 한 바, 처분청은 시공법인이 작성한 쟁점공사별도급공사내역서를 근거로 부가가치세 매입세액 공제여부를 검토하여 2004년 제1기분 56,421,880원, 2004년 제2기분 107,675,530원의 부가가치세를 환급결정하고, 청구법인의 자진신고분에 대하여는 2005년 제1기 부가가치세 560,103,189원, 2005년 제2기 부가가치세 19,592,979원을 매출세액에서 매입세액으로 공제하는 등 총 743,739,600원만을 공제대상 매입세액으로 인정하자, 2006.9.22. 청구법인은 시공법인이 쟁점골프장건설공사수주시 작성한 쟁점공사별 도급공사내역서는 단순히 총공사금액을 산정하기 위하여 추정예정원가를 적용하여 포괄적으로 작성된 것으로 청구법인의 세무처리 및 회계목적에 적합하지 않다고 보고 시공법인이 쟁점골프장 건설과정에서

실지 투입한 원가를 기준으로 건설공사비를 청구법인의 실정에 맞게 재분류하여 골프장조성공사유형별현황표(이하 “공사유형별 공사비 현황표”라 한다, 별지첨부2)를 작성한 후 구축물공사비 13,203,390천원 중 이미 공제받은 7,437,936천원을 차감한 5,765,454천원(이하 “쟁점구축물공사비”라 한다)과 조경공사비 5,481,393천원(이하 “쟁점조경공사비”라 한다), 잔디공사비 2,707,050천원(이하 “쟁점잔디공사비”라 한다)에 대한 매입세액을 추가로 공제하여야 한다는 취지의 경정청구서를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 청구법인과 시공법인이 특수관계에 있는 법인으로 청구법인이 공사현장별 원가명세서 등 재분류에 대한 구체적이고 객관적인 증빙서류의 제출이 없어 청구법인이 제시한 증빙만으로는 쟁점골프장조성공사와 관련된 투입원가(35,600,000천원)를 청구법인이 주장하는 공사유형별로 구분할 수 없으며, 또한 쟁점조경공사비는 쟁점골프장의 홀과 홀 사이의 언덕 등에 나무 등을 식재하는 공사비이므로 토지와 일체된 자본적지출에 해당하여 매입세액공제대상으로 볼 수 없고, 쟁점잔디공사비도 쟁점골프장 부지내의 훼어웨이, 티, 그린 등에 잔디를 식재하는 공사비로 토지와 일체가 되어 골프코스를 구성하는 토지의 자본적지출로 공제가능 매입세액에 해당하지 아니한다 하여 2006.12.7. 경정청구를 거부처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 주위적 청구

쟁점골프장의 총공사비 지출액인 356억원에 대한 적정한 건설공사계정과목분류와 매입세액공제대상자산의 확정은 당초 건설공사계약당시의 시공법인이 추정예정원가를 기준으로 분류한 쟁점공사별도급공사내역서상 공사항목보다는 쟁점골프장건설과정에서 시공법인이 공사금액의 투입이 완료된 시점을 기준으로 실제 투입된 쟁점골프장공사비를 회계처리기준의 분류기준에 맞게 구축물 등 공사별로 배분하여 결정하는 것이 가장 합리적인 방법이므로, 동 기준에 의하여 재분류한 공사유형별공사비현황표에 의한 구축물공사비 13,203,390천원 중 이미 매입세액을 공제받은 7,437,936천원을 차감한 5,765,454천원에 상당하는 매입세액을 추가로 공제하여야 하며, 또한 당초 토지의 자본적지출로 분류한 쟁점조경공사비와 쟁점잔디공사비는 토지에 일체된 생산요소가 아니고 매출에 기여하면서 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소하는 감가상각자산(수목과 잔디는 일정한 기간이 지나면 생명이 다하여 사라지는 자산)으로 골프장을 영위하는 사업체에만 특수하게 존재하는 토지와는 별도의 사업용자산인 점으로 볼 때, 청구법인이 기업회계기준서상 중요성의 원칙에 따라 대차대조표에 자산항목인 [조경], [잔디]의 계정과목으로 분류하여 기장하고 있으므로 쟁점조경공사비 5,481,393천원, 쟁점잔디공사비 2,707,050천원에 대하여 매입세액을 공제하여야 함에도 불구하고 처분청이 쟁점구축물공사비, 쟁점조경공사비, 쟁점잔디공사비에 대한 매입세액을 추가로 공제하여야 한다는 취지의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 예비적 청구

주위적 청구가 인정되지 않을 경우, 당초 시공법인이 작성한 예정공사별내역서에 기재된 구조물공사비(1,817,665천원)와 오·우수공사비 347,606천원(365,942천원에서 이미 매입세액공제받은 18,336천원을 차감한 금액)에 대하여 매입세액불공제되는 것으로 당초 청구법인이 부가가치세를 신고한 바 있으나, 구조물공사비 1,817,665천원은 토사가 유출되는 것을 방지하고 자동차나 사람의 통행편리를 위하여 토지의 경사지에 콘크리트옹벽이나 석축을 쌓는 등 콘크리트를 타설하거나 콘크리트구조물로 벽면을 형성한 구축물이므로 이와 관련된 구조물공사비 1,817,665천원에 상당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하며, 또한 오·우수공사비 347,606천원은 빗물이나 코스내 간이식당, 화장실에서 발생하는 생활폐수를 배출하기 위하여 강관, 콘크리트맨홀 설치, 콘크리트 구조물로 집수정, 배수로 등을 설치하는 공사비이므로 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구

청구법인은 쟁점골프장의 쟁점구축물공사비 13,203,390천원 중 이미 공제받은 7,437,936천원을 차감한 5,765,454천원과 쟁점조경공사비 5,481,393천원, 쟁점잔디공사비 2,707,050천원에 대한 매입세액을 추가로 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 시공법인과는 특수관계에 있는 법인으로 구축물공사내역을 보면 청구법인이 공사유형별·현장별 구체적인 원가명세서 등 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 골프장조성공사와 관련된 구축물에 대한 실제투입원가의 구분이 불분명하며, 또한 조경공사비는 골프장의 홀과 홀 사이의 언덕 등에 나무 등을 식재하는 공사이며, 잔디공사비는 골프장 부지내의 훼어웨이, 티, 그린 등에 잔디를 심는 공사로 이는 골프장시설의 조성과 관련된 부가가치세 매입세액 중 토지와 일체가 되어 코스를 구성하는 시설로 확인되고 있으므로 쟁점조경공사비와 쟁점잔디공사비는 매입세액공제대상에 해당되지 않으므로 청구법인이 주장하는 쟁점공사비에 대한 매입세액공제에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2) 예비적 청구

당초 부가가치세 신고시 구조물공사비(1,817,665천원)와 오·우수공사비 347,606천원에 대해 매입세액이 불공제되는 것으로 신고한 바 있고, 청구법인과 시공법인은 특수관계에 있는 법인으로 청구법인이 공사현장별 원가명세서 등 구체적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 골프장조성공사와 관련된 투입원가를 공사별로 구분하기 어렵고, 청구법인이 주장하는 구조물공사비(1,817,665천원)가 토사유출을 방지하고 자동차나 사람의 통행편리를 위하여 형성한 구축물인지 불분명하며, 또한 오·우수공사비(347,606천원)가 빗물이나 코스내 간이식당, 화장실에서 발생하는 생활폐수를 배출하기 위하여 강관, 콘크리트맨홀 설치, 콘크리트 구조물로 집수정, 배수로 등을 설치하는 공사비인지 불분명하므로 구조물공사비(1,817,665천원)와 오·우수공사비(347,606천원)에 상당하는 매입세액을 공제하여야 한다는 경정청구에 대하여 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 주위적 청구

쟁점골프장의 구축물공사비 13,203,390천원 중 이미 공제받은 7,437,936천원을 차감한 쟁점구축물공사비인 5,765,454천원과 쟁점조경공사비 5,481,393천원, 쟁점잔디공사비 2,707,050천원과 관련된 매입세액이 토지에 대한 자본적지출이라 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

(2) 예비적 청구

주위적 청구를 인정하지 않는 경우 당초 시공법인이 분류한 공사별 공사비중 구조물공사비 1,817,665천원과 오·우수공사비 347,606천원에 대하여 매입세액공제 하여야 한다는 청구법인의 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】 ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

(3) 법인세법시행령 제28조 (내용연수와 상각률) ①감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다.

2. 제1호외의 감가상각자산(괄호 안 생략)

(4) 법인세법시행규칙 제15조 (내용연수와 상각률) ③영 제28조제1항제2호에서 "재정경제부령이 정하는 기준내용연수" 및 "재정경제부령이 정하는 내용연수범위"라 함은 각각 별표 5 및 별표 6에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다.

1. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물이 기준내용연수 및 내용연수범위가 서로 다른 2 이상의 복합구조로 구성되어 있는 경우에는 주된 구조에 의한 기준내용연수 및 내용연수범위를 적용한다.

2. 구분 3과 구분 4를 적용함에 있어서 부속설비에는 당해 건물과 관련된 전기설비, 급배수·위생설비, 가스설비, 냉방·난방·통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 기타 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 주위적 청구에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 시공법인과의 쟁점골프장 건설공사와 관련하여 체결한 계약내용을 보면, 쟁점골프장 건설과 관련하여 2003.10.6. 청구법인은 시공법인이 분류한 쟁점공사별도급공사내역서(별지첨부1)에 따라 시공법인과 건설공사계약금액을 29,700,000천원(공급가액)으로 하여 1차적으로 계약을 체결하여 공사진행 후 2005.1.30. 공사비 정산과정에서 쟁점골프장의 건설공사비가 추가투입된 사실이 있어 공사계약액을 5,900,000천원을 증액하여 2차 공사계약을 35,600,000천원(공급가액)으로 체결한 사실이 청구법인이 제시한 관련공사계약서상 나타나고 있고, 또한 2003.12.24.부터 2005.9.20.까지 쟁점골프장건설공사비로 39,160,000천원(순공사비인 공급가액 35,600,000천원에 부가가치세 3,560,000천원을 가산한 금액)을 청구법인이 시공법인에게 지급한 사실이 관련 매입세금계산서와 시공법인의 예금계좌(174-05-××××××-×××)의 입·출금내역자료상 나타나고 있으며, 이 점에 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(나) 시공법인은 쟁점골프장 건설과 관련하여 임야나 전·답 등의 토지의 골프장설계형태에 맞춰 토지형질변경부터 터파기 등 토공사, 배수로공사, 옹벽 및 석축공사, 수리시설 등에 이르기까지 쟁점골프장건설공사를 일괄도급방식에 의하여 도급받아 공사를 진행한 사실이 공사관련 계약서 및 세금계산서 등에 의하여 확인되고 있고, 시공법인은 2003.10.31.부터 2005.8.31.까지 22회에 걸쳐 각 시기별로 총 투입된 금액에 상당하는 공급가액에 대한 개별공사의 진행률이 아닌 총 투입된 금액(공급가액)대한 전체공정의 진행률에 따라 각 청구시기별로 공사별 구분없이 포괄하여 하나의 세금계산서 형태로 22회에 걸쳐 22매의 세금계산서를 청구법인에게 교부한 사실이 처분청의 조사복명서상 확인된다.

쟁점골프장 관련 청구법인이 교부받은 세금계산서 내역

(단위:천원)

※ 공급가액 기준임

(다) 청구법인의 부가가치세 신고 및 매입세액 공제 내역을 보면, 청구법인은 2003년 제1기 내지 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 시공법인이 작성한 쟁점공사별도급공사내역서와 기성청구서에 근거하여 총 35,600,000천원(공급가액 기준)의 쟁점골프장공사비를 지출하고 시공법인으로부터 각 공사별 공정별 구분없이 포괄적으로 22매(총공급가액 35,600,000천원)의 매입세금계산서를 수취하여 각 과세기간별로 부가가치세를 신고한데 대하여, 처분청은 동 세금계산서만으로는 쟁점골프장 건설과 관련된 지출공사비 중 구축물 등 매입세액공제분과 토지 등 자본적지출로 매입세액공제불가능분으로 구분이 어렵다고 판단하고, 동 세금계산서의 공급가액에 시공법인이 당초 골프장건설공사계약을 목적으로 작성한 쟁점공사별도급공사내역서(공사유형 17가지)를 근거로 각 공사진행률을 적용하여 공사별로 안분한 후 매입세액공제가 가능한 구축물에 해당하는 금액을 7,437,936천원(2004년 1기 564,219천원, 2004년2기 1,076,755천원, 2005년 1기 5,601,032천원, 2005년 2기 195,930천원)으로 산정하고 이에 상당하는 매입세액만이 매입세액공제대상이라 판단하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 나머지는 토지에 일체된 비용으로 보아 매입세액 불공제분으로 처리한 사실이 확인되며, 각 부가가치세 과세기간별로 공제받은 매입세액인 7,437,936천원의 구체적인 내역을 보면 오·우수공사비 18,337천원, 연못조성공사비 2,005,014천원, 도로관리공사비 400,434천원, 진입도로공사비 504,484천원, 주차장공사비 219,192천원, 스프링클러공사비 1,363,986천원, 상수도공사비 1,081,495천원, 기타 부대공사비 1,844,994천원으로 청구법인이 제시한 부가가치세 신고 및 공제내역서상 확인된다.

(라) 청구법인의 경정청구 및 처분청의 거부처분내역을 보면, 청구법인은 시공법인이 작성한 쟁점공사별도급공사내역서와 시공법인이 교부한 세금계산서는 시공법인의 입장에서 총공사비만 정확하게 기재되어 있을 뿐 발주자인 청구법인의 입장에서 작성된 것이 아니므로 구축물, 연못, 배수로, 옹벽, 도로설치공사 등 세부항목으로의 구분이 어렵고 그 계정과목의 분류에 있어서 조명시설공사비가 누락되어 있는 등 실지와 차이가 있어 부가가치세의 매입세액공제 및 법인세의 감가상각대상자산분류 등 회계처리와 관련한 심각한 문제점이 발생됨에 따라, 공사가 완료된 시점인 2006.9.22. 당초 시공법인이 공사계약시점에 작성한 쟁점공사별도급공사내역서를 기초로 하여 시공법인이 실제 투입한 공사원가를 기준으로 건설공사항목을 재분류하여 공사유형별공사비현황표를 재작성한 후, 동 현황표를 기준으로 2003년 2기 부가가치세 확정신고분부터 2005년 2기 부가가치세 예정신고분에 대하여 구축물중 매입세액 미공제분인 5,765,454천원, 쟁점조경공사에 해당금액 5,481,392천원, 쟁점잔디공사에 해당하는 금액 2,707,050천원, 총 13,953,897천원에 해당하는 매입세액을 추가로 매출세액에서 공제하여 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 2006.12.7. 처분청은 새로 작성한 쟁점골프장건설공사비 내역서상 공사별 공사비의 확인과정에서 청구법인이 실지 시공업체별로 공사비가 지급되었다는 공사내역자료를 제출하지 않음에 따라 경정청구시 제출한 증빙만으로는 경정청구한 공사별 금액이 실제투입한 것인지 확인하기 어렵다는 이유로 경정청구를 거부한 사실이 있음이 처분청이 제시한 답변서에 나타나고 있다.

(마) 시공법인이 쟁점골프장 건설계획당시인 2003.10.6. 작성한 쟁점공사별도급공사내역서에 의하면, 시공법인의 입장에서 추정에 의한 예정원가방식에 의하여 산정된 금액으로 공사대금 회수 및 이윤확보에 초점을 두어 작성된 것으로 공사완료후 실지 투입한 비용과 비교해볼 때 객관적으로 확인되는 조명시설공사비인 1,721,737천원의 공사명과 공사금액이 누락되어 있고, 배수로공사는 구축물임에도 토지계정으로 계상하는 등 작성상 오류로 인하여 청구법인의 회계처리가 심각하게 왜곡된 점과 이로 인하여 동 자산에 대한 매입세액공제를 받지 못하는 모순점이 확인되고 있고, 또한 시공법인이 청구법인에게 교부한 매입세금계산서도 공사별 진행률에 따라 교부한 것이 아니라 투입된 금액을 전체건설공사의 진행율을 기준으로 22회로 나누어 하나의 세금계산서에 매회 실제투입공사비 총액을 기재하여 교부함에 따라 청구법인의 입장에서는 공사별로 적정하게 매입세액을 공제받는데 어려움이 있었던 점으로 볼 때 이를 바로 잡고자 시공법인이 실지투입한 공사비와 공사유형을 기준으로 세밀한 분석과 검증을 거쳐 총 공사비 투입액이 완료된 시점에 각 시설별로 실지 투입한 내용에 따라 회계기준에 적합한 계정과목분류를 목적으로 재분류한 사실을 인정할 수 있고, 청구법인이 제시한 공사유형별공사비현황표의 작성방식을 보면 일부 직영공사를 제외하고는 시공법인이 공사별로 전문공사업체에 도급을 선정하여 시공하였는데 전문공사업체별로 세밀히 분석 및 검토하여 시공사의 현장별 공사원가 중 쟁점골프장 도급공사 현장에 실지투입된 공사원가총액을 각 시설(토지, 조경, 잔디, 구축물 등)공사로 구분한 후 공사마다 직접원가와 간접원가로 구분하여 직접원가는 시공사에서 특정 하도급업체를 지정하여 시공한 시설에 대하여는 직접적으로 투입된 사실에 따라 해당 시설 공사비로 구분하고 있고, 공통원가는 합리적인 배부기준인 원가동인(예;① 직원식대 : 인건비 비율로 배분, ② 유류대 : 직접원가로 구분된 중기사용료 비율로 배분, ③ 기타공통 : 당월 투입된 직접원가와 ①, ②항의 공통경비를 합계한 금액)에 따라 공사별로 배분한 사실이 청구법인이 제시한 심리자료상 확인됨에 따라 청구법인이 작성한 공사유형별공사비현황표는 쟁점골프장 건설과정에서 시공법인이 실제로 투입한 공사원가를 기준으로 구축물 등 감가상각대상분류기준에 맞게 쟁점골프장공사비를 공사별로 배분하여 회계기준에 적합한 계정과목으로 분류되어 작성한 것으로 인정된다.

청구법인이 재분류한 과세기간별 공사유형별 공사비 지급내역

(단위:천원)

(바) 부가가치세법 제17조 제2항 각호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액을 규정하고 있고, 제4호에서 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있으며, 동법 시행령 제60조 제6항에서는 위 규정에서 ‘대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’이라 함은 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’을 말한다고 규정하고 있다. 한편, 토지와 구분되는 건물·구축물 등 건설공사와 관련된 매입세액은 동법 제17조 제1항의 규정에 따라 매출세액에서 공제하여야 할 것인바, 구축물이란 토지위에 정착 건설한 건물이외의 토목설비·공작물 및 이들의 부속설비로서 교량, 샘, 상하수도, 용수설비, 도로, 터널, 지하도관, 정원 등을 포함하는 것으로 매입세액공제대상인지 여부는 구체적인 공사내용별로 판단하여야 할 것이다 (대법원 2006.7.28. 선고 2004두13844 판결, 국심 2005중3822, 2006.9.15 결정, 국심 2000중3133, 2001.3.17. 같은 뜻임).

청구법인이 주장하는 구축물공사비 13,203,390천원 중 이미 매입세액을 공제받은 7,437,936천원을 차감한 쟁점구축물공사비 5,765,454천원과 쟁점조경공사비 5,481,393천원 및 쟁점잔디공사비 2,707,050천원에 상당하는 매입세액을 추가로 공제하여야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 먼저 청구법인이 주장하는 쟁점조경공사비(5,481,393천원)는 골프경기시 방풍역할과 골프장 경관을 좋게 할 목적으로 골프장내의 코스조성과 관련된 홀과 홀사이와 언덕 및 그린·티·방카·코스외의 조경용 나무 식재공사, 홀 내·외부, 훼어웨이, 법면 등 골프코스내의 화목류와 소나무 등을 식재한 비용으로 처분청의 조사복명서에 나타나고 있으며, 이와 같이 골프장부지 조성을 위한 골프장코스 내의 임목의 식재 등 조경공사는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사비에 해당하는 것으로 법인세법 시행규칙 별표5의 고정자산 내용년수표상의 감가상각 대상자산인 구축물에 해당되지 아니하는 것으로 보여지므로(국심 93경3041, 94.5.3같은뜻임) 해당 공사비에 상당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이며, 또한 쟁점잔디공사비는 골프장 부지내의 훼어웨이 티, 그린, 법면 등에 잔디를 심는 공사로 별도의 구축물에 해당되지 아니하는 비용으로 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당된다고 보아야 할 것이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하다 할 것이다(국심 98경2333, 1999.8.10 외 다수 같은 뜻).

(사) 다음으로 쟁점구축물공사비에 대하여 살펴보면, “구축물”이란 기업이 자기의 경영목적을 위하여 소유 사용하고 토지위에 정착 건설한 건물이외의 토목설비·공작물 및 이들의 부속설비로서 통상 교량, 저수지 등 외에 샘, 상하수도, 용수설비, 도로, 터널, 지하도관, 정원 등을 포함하며 구축물공사와 관련된 매입세액은 토지등을 위한 자본적 지출에 해당하지 아니하므로 매출세액에서 공제되는 것으로 그 내역는 다음과 같이 나타나고 있다.

공사유형별 공사비 현황표내역

(단위 : 천원)

※ 주요자재대, 부대공사, 간접관리비는 원가동인에 따라 ⓛ~⑨공사에 배분함.

1) 조명시설공사비 1,721,737천원을 보면, 야간조명 등기구 등의 설치공사로 아래 표 에서 보는 바와 같이 홀과 홀사이에 102개의 폴을 세우고 1.5kw 등기구 604개와 2kw급 등기구 44개를 설치하는 공사로 확인되고 있고, 당초 시공법인이 분류한 원가명세서에는 조명시설공사비가 별도로 계상된 바 없었으나 청구법인의 재분류결과 쟁점골프장에 야간조명시설이 명백하게 설치되어 있음에도 당초부터 공사내용자체가 누락된 것이 명백하게 확인되었고, 청구법인이 제시한 조명공사의 증빙을 보면 쟁점골프장에 조명시설설치공사와 관련하여 시공법인이 주식회사 아름씨앤씨 등으로부터 조명시설공사에 필요한 자재 등을 실질적으로 공급받아 공사한 사실이 있고, 동 공사대금으로 청구법인이 시공법인에게 1,721,737천원을 지급한 사실이 확인되고 있어 매입세액공제대상인 구축물에 해당하는 것으로 보이나 처분청에서 매입세액공제한 사실이 없는 점으로 볼 때 청구법인이 주장하는 조명시설공사비 1,721,737천원에 상당하는 매입세액 전액에 대해 공제하는 것이 타당한 것으로 보인다.

야간조명 설치공사 내역

(단위: kw, 천원)

2) 도로시설공사비 2,692,404천원의 내역을 보면, 아래와 같이 골프장 진입도로 및 코스내 카트 이동 도로를 설치한 공사비로, 처분청은 당초 시공법인이 분류한 도로공사비 904,918천원에 대하여는 구축물로 인정하여 전액을 매입세액공제한 사실이 있으며, 청구법인이 시공법인이 실제투입한 금액을 기준으로 재분류한 내역서에는 당초보다 1,787,486천원이 증액된 것으로 나타나고 있으며, 청구법인이 제시한 공사관련 증빙을 보면 시공법인이 도원건설 주식회사 등으로부터 실제 2,692,404천원(공급가액)에 상당하는 도로공사계약을 체결하여 쟁점골프장에 도로공사를 한 사실이 나타나고 있다. 따라서 총 도로시설공사비 2,692,404천원중 처분청에서 이미 매입세액공제를 한 공사비 904,918천원을 차감한 나머지 공사비 1,787,486천원에 상당하는 매입세액에 대하여 추가로 공제하는 것이 타당한 것으로 보인다.

도로설치공사 내역

(단위: m, 천원)

3) 옹벽·콘크리트 석축공사비 387,613천원에 대하여 살펴보면, 옹벽·콘크리트 석축 공사비는 총 2,920㎡ 중 코스내 홀과 관련없이 시공된 옹벽은 주차장 등 1,175㎡와 홀 주변의 옹벽은 1,745㎡로 구성되어 있음이 청구법인이 제시한 감포골프장의 설계도면 및 시공내역서상 나타나고 있고, 법인세법시행규칙 [별표5]의 방벽에 해당하는 구축물로 매입세액공제대상으로 매입세액공제대상으로 분류하여 전액 공제함이 타당하다(국심 1998중546, 1998.7.18, 국심 1997전2861, 1998.3.25 같은뜻임).

4) 배수시설공사비 2,477,497천원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 배수시설공사는 골프장 주변 및 코스하부에 각종 관을 매설하여 우수 및 오수를 연못에 모으기 위한 공사로서, 관로 및 맨홀 등을 매설하기 위한 터파기 등의 공사, 골프장 내부에서 외부로 오수를 유출하는 박스형의 철근콘크리트 구조물 설치, 맨홀설치등의 지하 구축물 설치, 골프장 외곽에 콘크리트 배수유도관을 설치하는 공사임이 청구법인이 제시한 관련자료에 의하여 나타나고 있고, 처분청도 당초 청구법인이 배수로공사비로 신고한 1,213,861천원에 대한 매입세액에 대하여 공제대상인 구축물로 보아 공제를 하였으며, 청구법인이 시공법인으로부터 공사관련자료를 받아 재분류한 결과 동명산업주식회사 등에게 총 2,477,497천원(공급가액)에 상당하는 배수로공사비를 지급하고 쟁점골프장에 배수로공사를 실제 시공한 사실이 확인되고 있는 점으로 볼 때 총 배수로공사비 2,477,497천원(공급가액)중 처분청이 이미 매입세액을 공제한 당초신고분 1,213,861천원(공급가액)을 차감한 나머지 1,263,636천원에 상당하는 매입세액에 대하여 공제하는 것이 타당한 것으로 보인다.

5) 연못조성비 1,750,980천원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 연못 조성비는 골프장 부지내의 각종 배수관을 통해 흘러 들어오는 물을 모으기 위해 철근 콘크리트로 외벽을 설치하고 연못 밑부분에는 맹암거공사(연못주위에서 스며드는 물로 인하여 지반이 침하하는 것을 방지하기 위하여 연못 밑부분에 부직포를 깔고 그 위에 구멍이 뚫린 유공관을 매설하고 자갈, 모래를 깐 다음 부직포로 마무리하는 공사)를 한 후 연못 밑바닥과 측면에는 방수시트를 설치하는 것을 내용으로 하여 시공된 것임이 동 연못공사의 설계도 및 공사내역 등에 나타나고 있으며, 처분청도 쟁점연못이 단순히 일반적인 저지대에 물이 고여 형성되는 자연적 연못과는 달리 저수지에 해당하는 구축물(국심 2000중1283, 2000.12.27. 같은 뜻임)로 인정하여 당초 분류분 2,005,014천원에 대하여 전액 매입세액공제대상으로 한 바 있으나, 청구법인이 재분류한 자료에 따르면 당초 신고공사금액보다 254,034천원이 감소된 것으로 나타나고 있다.

6) 스프링클러공사비 1,500,595천원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 스프링클러공사는 홀내의 잔디보호를 위해 골프장 주변 및 코스하부에 각종 관을 매설하여 그린과 훼어웨이에 수분을 공급할 수 있는 골프장시설물로 확인되고 있고, 처분청의 매입세액공제내역을 보면 스프링클러공사비를 구축물로 인정하여 당초 분류공사비 1,363,986천원을 매입세액공제하였으나 청구법인의 재분류과정에서 136,609천원이 증가된 것으로 나타나고 있으며, 청구법인이 제시한 공사증빙을 보면 시공법인이 주식회사 대산플랜트 등에게 1,500,595천원을 지급하고 쟁점골프장에 스프링클러공사를 한 사실이 확인되고 있는 점으로 볼 때 총 스프링클러공사비 1,500,595천원과 당초 신고분 1,363,986천원과의 차액인 136,609천원에 상당하는 매입세액은 추가로 공제하는 것이 타당해 보인다.

7) 지하수공사비 1,292,805천원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 지하수공사비는 갈수기시 골프장의 잔디에 수분을 공급하기 위해 골프장내 토지를 수직으로 구멍을 뚫고 지하의 물을 뽑아 올리는 시설로 지하수①은 1번홀 옆에, 지하수②는 2번홀 옆에, 지하수③은 5번홀 옆에, 지하수④는 10번홀 옆에, 지하수⑤는 14번홀 옆에, 지하수⑥, ⑦은 15번홀 옆에, 나머지 지하수⑧은 18홀밖에 위치한 것으로 청구법인이 제시한 골프장설계도면과 시공내역서상 나타나고 있는 점으로 볼 때 법인세법시행규칙 [별표5 ]에 의한 골프장의 토지와는 별개의 구축물에 해당하는 것으로 보이므로 매입세액공제대상이고(국심 1994중0210, 1994.7.28 같은뜻임), 청구법인이 제시한 공사관련 증빙을 보면 시공법인이 자체적으로 인건비를 투입하고 중장비업체에 의뢰하여 천공하는 등 공사를 시행하여 지하수를 개발한 사실이 확인되고 있으므로 지하수공사비 1,292,805천원에 대하여 매입세액을 공제하는 것이 타당해 보인다.

지하수설치공사 내역

(단위:천원)

8) 주차장시설비 1,305,692천원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 주차장시설비는 클럽하우스 옆의 주차장 8,102㎡를 조성하여 골프장 내방객의 주차를 위한 주차시설공사비로 청구법인이 제시한 골프장 도면상 확인되고 있으므로 이는 구축물에 해당하는 바, 청구법인은 처분청으로부터 당초 시공법인이 분류한 주차장시설비 219,192천원에 대하여 매입세액공제를 받은 바 있으며, 청구법인이 시공법인으로부터 관련자료를 받아 재분류한 바 1,305,692천원으로 청구법인이 제시한 공사관련증빙을 보면 창조건설주식회사 등에게 1,305,692천원을 지급하고 쟁점골프장에 주차장시설을 한 사실이 확인되고 있으므로 총 주차장공사비 1,305,692천원중 당초 신고금액인 219,192천원을 차감한 1,086,500천원에 상당하는 매입세액에 대하여는 추가로 매입세액을 공제함이 타당해 보인다.

9) 골프장내 인공폭포 시공비 74,067천원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 주장하는 골프장내 인공폭포시공비는 11번홀과 13번홀 사이에 조성된 골프장내 홀과는 관계없이 독립된 인공폭포시설물로 청구법인이 제시한 쟁점골프장도면상 확인되며, 이는 법인세법시행규칙 [별표5]에 의한 구축물로 감가상각대상자산에 해당하므로 매입세액공제대상에 해당하며, 청구법인이 제시한 공사증빙을 보면 시공법인이 동명산업주식회사 등에게 74,067천원을 지급하고 쟁점인공폭포를 쟁점골프장에 시공한 사실이 확인되고 있으나 처분청의 매입세액공제현황을 보면 당초 시공법인이 작성한 쟁점공사별도급공사내역서상 인공폭포시공비가 누락되어 있어 매입세액공제를 한 사실이 없는 것으로 나타나고 있으므로 청구법인이 주장하는 인공폭포 시공비 74,067천원에 상당하는 매입세액은 전액 추가 공제하는 것이 타당해 보인다.

(아) 위의 사실관계 및 관련규정을 종합하여 보면, 청구법인이 시공법인으로부터 인계받은 쟁점골프장건설 관련 제증빙에 대해 세밀한 검토를 거쳐 공사유형을 매입세액공제가능분(구축물)과 공제불가능분(토지조성비 등)으로 재분류한 것으로 보이므로 청구법인이 제시한 재분류내역은 회계처리기준에 적합한 것으로 인정함이 타당한 것으로 보이며, 청구법인이 제시한 쟁점구축물공사비에 대한 공사관련증빙 등에 의하면 청구법인이 주장하는 쟁점구축물을 쟁점골프장에 실지시공한 사실이 인정되는 점으로 볼 때 쟁점구축물공사비에 상당하는 매입세액은 추가로 공제하는 것이 타당하고, 나머지 쟁점잔디공사비와 쟁점조경공사비에 대하여는 토지의 가치를 증가시키는 자본적지출에 해당한다고 보이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 보인다.

(2) 예비적 청구는 주위적 청구가 인용되어 심리의 실익이 없으므로 판단을 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 6월 23일

주심조세심판관 이 영 우

배석조세심판관 이 광 호

남 궁 훈

이 전 오

[별지명세1]

쟁점골프장에 대한 쟁점도급공사내역서

(단위:천원)

※ 참고 : 쟁점골프장 공사금액 변경내역

(단위 : 천원 )

[별지명세2]

공사유형별 공사비 현황표

(단위 : 백만원)