가. 청구인은 1991.2.27. 취득한 OOO동 6-42 OOO지구아파트 9동 508호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2001.5.31. OOO아파트 105동 502호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2006.12.26. 양도하고 2007.2.21. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】규정에 따라양도소득금액 OOO원을 전액 감면대상양도소득금액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 2012년 국세청 ‘특정감사 과제에 대한 신축주택감면 자료처리 점검’에 의하여 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면하고 ‘구주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지’의 양도소득금액은 감면배제하라는 검토지시에 따라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면소득금액을 OOO원으로 재계산하여 신고분과의 차액 OOO원에 대하여 감면부인하고 2012.5.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다가 2012.6.14. 청구인이 신고·납부한 농어촌특별세 중 OOO원을 기납부세액으로 차감하여 OOO원으로 경정결정하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.6.18. 이의신청을 거쳐 2012.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택 양도에 대하여 납세의무성립 당시의 국세청의 법령해석과 행정처분의 선례에 근거하여 적법하게 양도소득세를 신고하고 납부하였음에도 처분청은 이를 부인하고 최근 변경된 유권해석을 근거로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득을 감면대상에서 배제하여 이 건 양도소득세를 부과처분한 것은「국세기본법」제18조 제3항, 같은 법 기본통칙 18-0…1, 18-0…2에 의거 소급과세금지원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

조 특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 과세관청은 납세자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 부과제척기간 내에 경정이 가능하고, 청구주장의 근거로 제시한 심판례 등은 조 특법 제99조의3에 의한 양도소득세 감면대상 요건에 부합하는지 여부가 쟁점사항으로 이것이 감면양도소득금액에 종전주택의 양도소득금액을 포함한다는 과세관청의 견해라 볼 수 없고, 오류신고분의 미경정 또한 관행으로 볼 수 없어 당초 과세처분은 소급과세에 해당하지 아니한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 취득일 이후 5년 이내 양도소득금액만 감면하여 양도소득세를 경정한 부과처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되어 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2001.12.29.법률 제6538호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점주택은 OOO아파트재건축주택조합에 종전주택을 출자하고 1998.10.23. 재건축조합원으로서 분양받은 것으로 조 특법 제99조의3의 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’에 사용승인(2001.5.31.)받은 사실이 주택공급계약서 및 건축물대장에 의해 확인되므로 ‘양도소득세 과세특례’적용을 받는 신축주택에 해당된다.

(나) 청구인은 재건축조합과 1997.5.28. 토지분양계약(토지부담금 OOO원), 1998.10.23. 주택공급계약(건축비 OOO원)을 각각 체결하고 분양받은 쟁점주택에 대하여 2001.7.30. 소유권보존등기한 후 이를 2006.12.26. 양도(실지거래가액 OOO원)하고 실지거래가액에 의한 양도차익OOO을 계산하고 장기보유특별공제액OOO을 차감한 OOO원을 양도소득금액으로 산정한 후 조 특법 제99조의3에 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 이유로 전액 감면소득으로 신고하였고,

처분청은 쟁점주택이 조 특법 제99조의3에 규정한 신축주택취득기간에 사용승인받은 주택에 해당되어 신축주택 감면요건은 충족하나, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 청구인이 신고한 감면소득금액 OOO원 중 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 감면소득금액 OOO원을 초과한 OOO원에 대하여는 감면부인하여이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 양도소득세 납세성립일(2006.12.31.) 현재 및 처분청이 경정결정의 근거로 제시한 유권해석과 동일한 뜻의 최초의유권해석이 공표되기 전까지의 국세청 심사결정례(심사양도 2005-158,2006.5.10. 외 다수) 및 심판결정례(조심2006서259, 2006.3.13. 외 다수)를보면, 감면대상이 되는 자기가 건설한 신축주택(재개발, 재건축 신축주택 포함)의 경우에 신축주택 양도차익 부분에 대해서만 감면을 적용하는 게 아니라 종전 부동산 양도차익 부분에 대해서도 감면을 적용하는 것으로 일관되게 해석하고 있음에도 처분청이 새로운 법령해석에 근거하여 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된 처분이라고 주장하고 있어 이를 살펴보면, 청구인이 주장의 근거로 제시한 위 국세청 심사결정례 및 심판결정례의 쟁점은 신축주택을 조합원 자격으로 취득했는 지 여부(심사양도 2005-158, 2006.5.10.), 조특법에 규정된 신축주택취득기간 이후에 사용승인받은 경우 감면 해당 여부(조심 2008서2571, 2008.12.5.외 다수) 및 고가주택에 해당되는 지 여부(2006서259, 2006.3.13.외 다수) 등 신축주택이 양도소득세 감면대상 요건에 부합되는 지 여부만을 다루고 있을 뿐으로 이들 선결정례가 종전주택의 양도차익 부분에 대해서도 감면을 적용하는 것으로 과세관청이 일관되게 해석하고 있다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

그렇다면, 조 특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정이 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조 특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 종전 국세청 예규(서면4팀-1262, 2005.7.21., 서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라고 볼 수 없다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 2012서3601, 2012.10.11. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.