가. 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 2008.4.22.～2015.4.6. 기간 동안 경상북도 OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 취득하고, 쟁점토지들 중 같은 리 509 토지 위에 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 OOO이라는 상호의 사업자를 운영하다가, 2017.9.28., 2017.10.23. 쟁점토지들 및 쟁점건물을 아래 ＜표1＞과 같이 양도하고, 2017년 귀속 양도소득세 합계 OOO원)을 각 예정신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 쟁점건물 및 쟁점토지들의 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점건물의 실제 취득가액이 불분명하다고 보아 청구인이 신고한 취득가액 OOO원을 취득가액으로 적용하여 쟁점건물의 양도차익을 OOO원(이하 “쟁점토지비용”이라 한다)을 필요경비에서 부인하여 2018.11.20. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원(증액경정)을 각 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여, 2018.12.14. 이의신청을 거쳐 2019.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 당초 신고한 쟁점건물의 취득가액은 OOO로 쟁점건물을 자가신축하기 위해 청구인이 실제 지출한 공사비용 및 한옥건물의 일반적인 공사비보다 적은바 청구인이 신고한 금액을 실제 취득가액으로 인정해야 한다.

(가) 청구인이 쟁점건물의 취득가액으로 신고한 금액은 쟁점건물에 위치한 사업장 OOO의 대차대조표상 장부가액으로, 해당 가액은 ㈜OOO이 쟁점건물의 사용승인일을 기준으로 감정평가한 가액 OOO원을 합한 금액이다.

1) 청구인은 ① 쟁점건물의 신축공사비, ② 쟁점건물 바로 옆(경상북도 OOO)의 토지 위에 청구인이 OOO 한다)의 신축공사비, ③ OOO이 공사용역을 제공한 대구광역시 OOO원(이하 “쟁점건물공사비용”이라 한다)을 지출하였는데, 해당 지출액을 감정평가금액으로 안분계산하면 쟁점건물에 배분되는 건물공사비용은 OOO원으로 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득가액과 유사하다.

2) 청구인은 쟁점건물을 한옥양식으로 자가신축하였는데, 한국감정원이 발표한 2013년 기준(쟁점건물 공사 착공연도) OOO원(아래 ＜표2＞ 참고)인바, 해당 가액에 쟁점건물의 면적(473.04㎡)을 곱한 금액은 OOO원 만큼 더 크다.

3) 청구인은 객관적인 쟁점건물의 신축공사비를 확인하기 위해 당초 쟁점건물을 설계한 ㈜OOO에 2017년 6월 기준으로 쟁점건물의 총 공사비를 산정하여 줄 것을 요청한바 해당 건축사사무소에서 산출한 2017년 기준 쟁점건물 공사원가는 OOO원으로 이를 2014년 기준으로 환산(2014년 대비 2017년 건물신축가격기준액 104.69% 적용)하면 쟁점건물 신축공사비는 OOO원 만큼 더 크다.

4) 인터넷 포털사이트를 검색하면 OOO원으로 소개되고 있는바 쟁점건물(150평)의 신축에는 OOO원이상이 소요되었을 것으로 추정할 수 있다.

5) 청구인이 쟁점건물공사비용을 지출한 사실이 금융거래증빙에 의하여 객관적으로 확인되고, 청구인은 쟁점건물공사비용과 관련하여 아래 ＜표3＞과 같이 공사비 지급명세서(이하 “쟁점명세서”라 한다)를 제출하였다.

(나) 「소득세법」제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2에서 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․영수증 기타 증빙서류가 없거나 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에 한하여 취득가액을 환산취득가액으로 추계결정하도록 규정하고 있는바 쟁점건물의 취득가액을 추계로 결정하는 것이 합리적인 점이라는 것에 대한 입증책임은 처분청이 부담한다.

(2) 청구인이 제출한 토지조성공사 사진 및 계좌이체내역을 볼 때 쟁점토지비용의 실제 지출사실이 확인되므로 쟁점토지비용을 필요경비로 인정하여야 한다.

(가) 처분청이 필요경비로 인정하지 아니한 쟁점토지비용 OOO원은 성토를 위해 축대를 쌓는데 사용된 거푸집, 철근, 레미콘 등의 매입비용으로 쟁점건물 신축공사일 이전 기간 동안에 발생한 비용이다.

(나) 석물 설치비용은 쟁점토지들 중 경상북도 OOO 소재 토지 지형이 낮아 석물로 축대를 쌓고 성토를 하는 과정에서 발생한 비용과 OOO에 조경, 경계석, 분수대 등의 설치공사를 하는 과정에서 발생한 비용으로 처분청은OOO원을 쟁점건물 신축과 관련된 비용이라고 보아 쟁점토지들의 필요경비로 인정하지 아니하면서 과세근거를 제시하지 아니하였다.

(다) 처분청이 토지조성공사가 끝난 지 5년이 경과한 후 별다른 과세 근거자료 없이 쟁점토지비용을 토지에 대한 지출이 아니고 건물신축 관련 비용이라고 단정짓는 것은 설득력이 없고, 청구인이 당초 양도소득세 신고시 토지 관련 비용으로 구분한 내역이 더욱 합리적이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 사찰건설 공사업을 영위한 미등록사업자로서 청구인이 제출한 쟁점명세서만으로는 쟁점건물공사비용이 사찰건설 공사업을 영위하는 과정에서 발생한 비용인지 아니면 쟁점건물을 신축하는 과정에서 발생한 비용인지를 구분할 수 없어 쟁점건물의 실지 취득가액이 확인되지 아니하므로 환산가액을 쟁점건물의 취득가액으로 적용함이 타당하다.

(가) 청구인은 불교사찰 등의 문화재 수리 기술자로 사찰건설 공사업을 영위하면서 건설자재 구입비 등을 지출하였는데, 청구인이 제출한 쟁점명세서상의 지출액이 청구인이 영위한 사찰건설업과 연관되어 있는지 아니면 쟁점건물의 신축공사와 연관이 되어 있는지 불분명하다.

청구인의 계좌 입금내역을 조사한바 2007～2017년 기간 동안 본인계좌로 ㈜OOO을 이체받은 사실이 나타나고, 청구인은 사찰 건설업체인 OOO에서 2004.4.1.～2012.8.9. 기간 동안 재직하면서 문화재 기술자로 근무한 이력이 있는바 청구인이 지급받은 OOO 용역을 제공하고 받은 대가로 추정된다.

따라서, 청구인이 OOO 등의 구입비용으로 관련 업자에게 쟁점건물공사비용을 계좌이체하였다는 사실만으로는 해당 금액이 청구인의 사찰건설 용역과 무관하게 쟁점건물을 신축하는 데에 사용되었다고 판단하기는 어렵다.

(나) 청구인 역시 쟁점건물공사비용에는 쟁점건물․OOO이 제공한 건설용역과 관련된 비용이 혼재되어 있다고 인정하는 등 쟁점건물의 신축공사비용이 얼마인지 알 수 있는 쟁점건물 신축 관련 건설자재 구매계약서, 계정별원장 등의 장부가 전혀 없어 「소득세법 시행령」제176조의2 제1항 제1호에서 규정한 쟁점건물의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 쟁점건물의 취득가액으로 실지 취득가액이 아닌 환산가액을 적용함이 타당하다.

(다) 청구인은 동일인의 계좌로 이체된 금액 중 일부 금액만을 쟁점명세서상 쟁점건물공사비용에 포함시키는 등 쟁점명세서를 임의적으로 작성하였다.

1) 청구인은 쟁점명세서에 OOO의 계좌로 이체한 금액 중 2007.4.5. OOO원만을 나무구입비로 사용하였다고 기재하였을 뿐, 2007.2.23. OOO원을 쟁점명세서의 쟁점건물공사비용에 포함하지 아니하였다.

2) 청구인은 ㈜OOO원만을 나무구입비로 사용하였다고 쟁점명세서에 기재하였을 뿐, 비슷한 시기에 ㈜OOO원을 쟁점건물공사비용에 포함하지 않았다.

(2) 청구인은 쟁점토지비용을 쟁점토지들의 조성공사와 관련하여 지출하였다고 주장하나, 세금계산서, 계정별원장 등 토지조성공사와 관련하여 증빙을 제시하지 아니하여 쟁점토지비용이 청구인의 미등록 사찰건설 공사업과 관련된 비용인지 아니면 쟁점건물 신축과 관련된 비용인지 알 수 없다.

(가) 청구인은 쟁점토지비용 중 2011년부터 2013.8.13.까지 OOO원은 토지 성토를 하기 위해 축대를 쌓는 과정에서 발생한 거푸집 작업비용이라고 주장하나, 청구인의 계좌거래내역을 확인한 결과 OOO원만 쟁점토지들의 성토를 위해 발생한 비용으로 볼 수 있는 근거가 없다.

(나) 청구인이 OOO에게 2013년 5월부터 2014년 1월까지 송금한 OOO원은 쟁점건물의 신축공사기간 즈음에 발생한 비용이므로 쟁점건물 신축 관련 비용이라고 보아 쟁점토지들의 필요경비로 인정되지 않았고, 2016년에 OOO원은 쟁점건물 공사가 완공된 이후에 지급된 금액이다.

따라서, 청구인이 OOO원은 쟁점건물의 사업자인 “OOO의 식당 입간판제작, 쟁점건물 신축에 사용된 석자재의 구입을 위해 사용된 비용으로 추정되는바 쟁점토지들과 관련된 비용이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 취득가액으로 환산가액을 적용한 처분의 당부

② 쟁점토지비용이 양도소득의 필요경비에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만 제96조 제2할 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본분에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서

2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서

3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다)

(2) 소득세법 시행령

제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 든 실지거래가액”이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.(각 호 생략)

⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.(각 호 생략)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부‧매매계약서‧영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호의 규정에 의한 토지‧건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액