구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 은 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 농지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하되, 당해 농지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세를 면제하도록 규정하고, 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제7항 은 위에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 소득’을 산정하는 산식으로 ‘ 소득세법 제95조 제1항 의 양도소득금액(이하 ‘양도소득금액’이라 한다) × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)라고 규정하고 있다.

한편 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 은 ‘ 제96조 제2항 , 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서, 제100조 및 제114조 제5항 의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다’고 규정하면서, 그 제1호 (가)목 에서 ‘토지’에 관하여는 ‘「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가’를 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제164조 제3항 은 ‘ 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있다.

위 각 법령규정의 내용을 바탕으로, 이 사건 산식은 전체 양도소득금액을 ‘취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득시부터 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날(이하 ‘편입시’라 한다)까지의 기준시가 상승분‘이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항 은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 편입시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 개별공시지가를 알 수 있다면 위 규정을 유추적용하거나 확대적용할 것이 아닌 점, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 제한하는 규정이므로 엄격하게 해석·적용할 필요가 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서의 ‘편입시의 기준시가’는 편입시가 속한 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하고, 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 개별공시지가를 적용할 것은 아니다.

원심이 위와 같은 취지에서 이 사건 산식 중 ‘주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’에 관하여는 소득세법 시행령 제164조 제3항 이 적용되지 않으므로 그 판시 농지의 ‘주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’는 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보아야 한다는 이유로, 이와 달리 위 기준시가를 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가로 본 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항 의 산식에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.