2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 4. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 190,760,260원의 부과처분을 취소한다.

가. 부동산의 취득 및 매도 경위

1) 원고는 2010. 8. 26. ○○시 ○○구 ○○동 10-11 대지 661㎡의 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)와 그 지하 2층, 지상 2층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 토지와 건물을 통칭하여 '이 사건 부동산'이라 한다)을 12억 200만 원에 경매로 취득하고, 2010. 12. 10. 이 사건 건물을 2층 201호(이하 '이 사건 주택'이라 한다), 지하1층 비101호, 지하2층 비201호, 비202호(이 사건 주택을 제외한 나머지 3개는 모두 상가로서 통칭하여 '나머지 상가들'이라 한다)로 집합건물 구분등기를 하였다.

2) 원고는 2010. 12. 10. 서○○에게 이 사건 주택을 등기부상 거래가액 7억 원에 양도하고, 2012. 3. 8. 그와 관련하여 양도가액 6억 원, 취득가액 598,197,090원으로 하는 양도소득세 신고를 하였다.

나. 1차 부과처분

1) 피고는 세무조사를 실시하여 2013. 6. 3. 양도가액은 7억 원으로, 취득가액은383,040,600원으로 하여 2010년 귀속 양도소득세 195,804,850원(가산세 포함) 고지결정(이하 '1차 부과처분'이라 한다)을 하였다.

2) 이에 원고가 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하여 2014. 4. 8. 양도가액을 6억 원으로 감액하는 것으로 경정하는 일부인용 결정을 받았는데, 피고는 위 결정 전인 2014. 3. 4. 추가 확인된 필요경비를 취득가액에 포함하여 1차 부과처분 중 11,089,200원을 직권으로 감액하고, 2014. 5. 22.에는 조세심판원의 일부인용 결정에 따라 65,515,000원의 추가 감액 경정을 하였다.

다. 2차 부과처분

1) 원고는 주식회사 ○○이 제기한 유치권 해소 합의금의 지급을 구하는 민사소송(인천지방법원 부천지원 2014가합6663 합의금 사건)에서 "원고가 주식회사 ○○에게 3억 2,000만 원을 2015. 6. 30.까지 지급한다."는 2014. 10. 29.자 화해권고결정을 받은 후, 2014. 12. 18. 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2016. 4. 1.에 1차 부과처분시 필요경비 안분계산과정에서 발생한 오류를 발견하여 양도소득세17,197,339원의 증액 경정처분(이하 '2차 부과처분'이라 한다)을 하였다.

2) 이에 원고가 불복하여 심판청구를 하였는데 피고는 심판청구 과정에서 원고가 유치권자에게 지급한 것으로 추가 확인된 6,800만 원을 취득가액에 포함하여 2016. 7. 15. 양도소득세 14,482,180원을 감액 경정하였고, 조세심판원은 2017. 12. 29. 1차 부과처분 금액 195,804,850원은 각하하고, 나머지 심판청구는 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론

전체의 취지

2. 원고의 주장

피고는 이 사건 주택의 취득가액을 이 사건 부동산에 관한 경매사건의 감정평가서에 기초하여 이 사건 부동산의 감정평가액의 26.13%로 보고, 거기에 원고가 지급한 유치권 금액을 반영하여 378,867,064원으로 산정하였는바, 2차 부과처분 당시를 기준으로 이 사건 주택의 양도가액과 나머지 상가들의 양도가액을 기준으로 안분하여 취득가액을 산정하는 것이 합리적인데, 원고가 2013. 4.경 나머지 상가들을 임의경매로 합계 890,800,000원에 처분하였으므로, 전체 양도가액 중 이 사건 주택이 차지하는 비율은 40%(6억 원/1,490,800,000원(6억 원 + 890,800,000원) = 0.40)이고, 이를 기준으로 취득가액을 산출하면 579,970,480원이다. 나아가 이 사건 부동산 취득과 과정에서 주식회사 ○○과의 민사소송에서 주식회사 ○○이 수령한 것으로 자인한 343,426,200원과 화해권고결정 금액 3억 2,000만 원을 합한 663,426,200원의 유치권 해소 관련 지급금을 필요경비에 산입하여야 한다. 따라서 이 사건 주택과 관련하여 1차 부과처분의 잔존세액인 172,840,660원과 이를 흡수한 증액경정처분인 2차 부과처분 17,919,600원을 합한 190,760,260원의 취소를 구한다.

3. 이 사건 소 중 1차 부과처분 취소 부분의 적법 여부

구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항은 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무관계에 영향을 미치지 아니한다."고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언 내용 및 그 주된 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 등 참조).

이러한 법리에 의하면, 1차 부과처분인 2010년 귀속 양도소득세 195,804,850원 부분은 피고가 2014. 3. 4.에 11,089,200원 직권감액하고, 2014. 5. 22. 조세심판원의 결정에 따라 65,515,000원을 감액 경정하여 119,200,650원이 남아있게 되는 셈인데, 이를 다투기 위해서는 원고가 2014. 4. 8. 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내 행정소송을 제기하였어야 하나 그 제소기간이 도과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었으므로, 원고가 1차 처분에 따른 172,840,660원의 취소를 구하는 부분은 부적법하다(피고는 증액경정처분인 17,197,339원의 2차 부과처분이 있은 후 2016. 7. 15. 14,482,187원 직권 감액경정처분이 있었으므로 2차 부과처분 중 직권감액 부분을 제외한 2,715,152원만 다툴 수 있다고 주장하나, 위 대법원 판결이 "과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다."고 판시하고 있으므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다).

4. 2차 부과처분의 적법 여부

가. 취득가액 부분

구 소득세법(2011. 1. 1. 시행 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제100조는 토지와 건물 등 일괄 취득한 경우 이를 각각 구분하여 기장하고 가액 구분이 불분명한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산 하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2011. 1. 1. 시행 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제166조 제6항은 구 부가가치세법 시행령(2011. 1. 1. 시행 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서의 규정에 따라 안분계산 하도록 규정하였으며, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서에서는 감정평가 가액에 비례하여 안분계산 하도록 규정하고 있다.

살피건대 앞서 거시한 증거에 의하면, 피고는 이 사건 부동산의 낙찰대금 12억 200만 원에다가 이 사건 주택 양도와 관련한 양도소득세 최종 경정결정일인 2016. 7. 15.까지 유치권자에게 실제 지급한 315,926,200원을 합한 1,517,926,200원에 이 사건 주택의 감정평가금액 비율(26.13%)을 적용하여 이 사건 주택의 취득가액을 396,635,527원으로 산정하였는바, 이는 앞서 본 관련 법령에 따른 것으로서 정당하다. 원고는 이 사건 주택과 나머지 상가의 양도가액에 따른 매매가액으로 안분계산 하여야 한다고 주장 하지만 2010년 이 사건 주택의 양도가액과 2013년 나머지 상가의 양도가액은 서로 그 시기가 다를 뿐만 아니라 취득가액을 취득 당시 가액이 아닌 양도 당시 매매가액 비율로 안분하여야 한다는 것은 합리적이지도 아니하고 법령에 근거가 없는 것으로서 받아 들이기 어렵다.

나. 필요경비 부분

일반적으로 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것인바, 원고가 유치권 합의금으로 663,426,200원을 지급하였다는 점과 관련해서는 이를 인정할 만한 객관적 자료를 제출하지 못하고 있는만큼 이를 받아들이기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 1차 처분에 따라 잔존하고 있다고 주장하는 172,840,660원 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.