2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 5. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 412,181,620원, 2014 사업연도법인세 413,971,820원, 2015 사업연도 법인세 2,841,182,610원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 CC시 CC구 CC동 834 외 10필지 지상에 위치한 DD주공아파트 재건축 사업을 위하여 도시 및 주거환경정비법(이하 '도시정비법'이라 한다)에 따라 2003. 1. 21. CC광역시 CC청장으로부터 조합설립인가를 받았다.

나. 원고는 2012. 3. 6. EE건설 주식회사(이하 'EE건설'이라 한다)와 위 아파트 신축공사(이하 '이 사건 공사'라고 한다)에 관하여 도급계약을 체결하였고, 2015. 10.21.CC광역시 CC청장으로부터 재건축 아파트인 FFFF 아파트에 대하여 준공인가를 받았다.

다. 원고는 위 재건축사업에 따른 분양수입금에 대하여 수익사업에 해당하는 일반분양 수익과 비수익사업에 해당하는 조합원분양 수익을 구분하지 않고 소득금액을 계산하였고, 발생공사원가와 같은 금액으로 수입금액을 산정하여 2013 사업연도부터 2015사업연도까지 법인세를 신고하였다.

라. BB지방국세청장은 2016. 9. 22.부터 2016. 11. 17.까지 원고에 대하여 법인세 통합조사를 실시하여, 일반 분양의 분양수입금과 자기 지분을 초과하여 분양받은 조합원의 청산금(이하 '조합원 청산금'이라 한다)을 수익사업의 수입금액으로 재계산하고, 건설용지 가액 중 감정평가금액에 권리가액까지 포함하여 과다하게 계상한 부분을 토지원가에서 차감하고, 조합원 전원에게 무상으로 제공한 발코니 확장공사비용 4,613,226,000원을 비수익사업의 원가로, 모델하우스 운영비 등 일반 분양 경비24,811,701,000원, 일반 분양분 보존등기비 7,825,398,000원과 일반 분양분 중도금 이자 대납분 22,811,955,000원 합계 55,449,054,000원을 수익사업인 일반 분양원가로 구분하여 수익사업과 비수익사업의 분양원가를 다시 산정하며, 원고가 수익사업의 영업외비용으로 손금 계상한 공사비 대출이자 3,468,483,003원을 공통경비로 안분 계산하여 비수익사업에 해당하는 954,873,371원을 손금불산입하고, 부가가치세 공통매입세액안분 계산 시 면세사업 비율을 과다하게 적용하여 불공제된 매입세액 1,472,226,814원을 법인세 신고 시 세금과공과로 계상한 것을 손금불산입하며, 재고자산 계상 누락한 유치원 집합건물의 분양원가 2,070,274,682원을 익금산입하여 법인세를 경정할 것을 피고에게 통보하였다.

마. 이에 따라 피고는 2016. 12. 5. 원고에게 법인세 2013 사업연도 412,181,620원, 2014 사업연도 413,971,820원, 2015 사업연도 2,841,182,610원을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 2017. 3. 3. 국세청에 심사청구를 하였고, 2017. 7. 24. 기각결정을 받았.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 재건축조합의 소득은 일반 분양과 관련한 수입, 즉 아파트나 판매시설에 대한 일반 분양수익금으로 한정되어야 하고, 조합원 청산금은 조합의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 의해 발생한 것으로 수익사업과 관련된 수입으로 볼 수 없다. 따라서 조합원 청산금을 원고 수입에 포함시켜 법인세를 부과한 이 사건 처분은 부적법하다.

2) 원고는 BB광역시로부터 무상으로 종전 도로 및 공원 부지 8,396.8㎡를 양도받았고, BB광역시는 원고가 새롭게 조성한 도로 및 공원 부지 9,331.1㎡를 무상으로 양도받았는바, 원고가 BB광역시에 무상 귀속시킨 토지 가액은 9,806,299,500원으로 원고가 BB광역시로부터 무상 취득한 토지 가액 8,743,785,600원과는 1,062,513,900원의 차이가 나므로, 1,062,513,900원을 수익사업과 비수익사업의 공통경비로 보아 이를 수익사업에 안분한 753,216,103원을 비용으로 계산하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

갑 제5호증, 을 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

1) 원고와 EE건설이 체결한 도급계약의 주요내용은 다음과 같다.

2) 원고 정관 제52조 제1항은 '토지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우에는 조합은 이전고시일 후에 그 차액에 상당하는 금액을 분양받는 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다'고 규정하고 있다.

라. 판단

1) 원고의 수입금액에서 조합원 청산금이 제외되어야 하는지 여부

구 조세특례제한법(2016. 3. 22. 법률 제14095호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의7 제2항은 '도시정비법 제18조에 따라 설립된 조합에 대해서는 법인세법 제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다'고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 '제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 법인세법 제3조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다'고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제104조의4는 '법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법에따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다'고 규정하고 있다.

한편 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 참조).

도시정비법 제57조 제1항, 원고 정관 제52조 제1항, 원고와 EE건설 사이 체결한 공사도급계약 제5조, 제19조, 제36조에 의하면, 조합원 청산금이란 조합원이 종전에 자기가 소유하고 있던 토지 또는 건물의 가격을 초과하는 토지 및 건물을 공급받고 추가적으로 부담하는 돈을 말하고, 이는 조합원 지위를 이용하여 추가로 토지 및 건물을 분양받고 그 대가를 지급하는 것과 동일하므로, 이를 일반 분양의 분양대금과 다르게 취급할 이유가 없다. 또한 위 조세특례제한법 규정이 재건축조합의 위 사업을 비수익사업으로 규정한 이유는 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우 조합원이 그 소유 토지 및 건물을 출자하는 외에 추가로 출자하지 않고, 재건축조합도 실질적으로 수익이 발생한다고 보기 어렵기 때문인바, 위 조세특례제한법 규정에 의한 비수익사업은 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우로 한정함이 상당하다. 앞서 본 바와 같이 원고가 조합원에게 추가로 토지 및 건물을 분양하고 그 대가로 조합원 청산금을 받았는바, 이는 재고자산과 관련된 것이지 고정자산과 관련된 것으로 볼 수도 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 원고가 BB광역시에 무상으로 귀속시킨 부지와 원고가 BB광역시로부터 무상으로 취득한 부지 차액을 공통경비로 볼 수 있는지 여부

다툼이 없거나 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 대한주택공사가 1984년 DD주공아파트를 신축하면서 BB광역시에 CC시 CC구 CC동 836-2,839-2, 905-4, 905-5를 기부채납하고, 위 BB동 836-2 외 3필지를 도로 및 공원으로 사용한 사실, BB광역시장이 이 사건 공사 시행을 승인하면서 기존 도로 및 공원을 재조성하여 BB광역시에 이를 기부채납하는 조건으로, 원고에게 위 BB동 836-2 외 3필지의 무상사용을 허가하였고, 원고가 2016. 4. 5. BB광역시에 재조성한 도로 및 공원을 기부채납하였으며, 이 사건 공사원가에 위 도로 및 공원 재조성비가 포함되어 있는 사실, 위 BB동 836-2 외 3필지 토지대장에는 토지개발사업으로 해당 토지대장이 폐쇄될 때까지 BB광역시가 소유자로 등재되어 있었던 사실, 원고의 장부에도 위 BB동 836-2 외 3필지 자산 가액이 계상된 내용이 없는 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 원고는 위 BB동 836-2 외 3필지의 소유권을 취득하지 않은 채 도로 및 공원을 재조성하여 이를 기부채납한 것에 불과하고, 도로 및 공원 재조성 비용은 이미 공사원가에 포함되어 있는바, 원고의 위 기부채납과 관련하여 추가로 공제할 비용은 없어 보인다.

따라서 이와 배치되는 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.