가. 청구법인은 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합으로 2004.1.1. 개업하여 OOO 소재지에서 농축산물 등 도소매업을 영위하고 있는 비영리법인으로, 2012～2016사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」 제72조 제1항에 따라 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율(100분의 9)을 적용받았고, 「농어촌특별세법」 제4조 제2호 및 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호에 의하여 농어촌특별세 비과세대상으로 보아 농어촌특별세를 신고․납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 「국세기본법」 제17조의 조세감면 사후관리 규정에 따라 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례가 적용되는 당기순이익 과세법인에 대한 농어촌특별세 무신고 혐의에 대하여 서면분석을 실시한 결과, 청구법인이 법인세 신고시 감면상당세액에 대한 농어촌특별세를 무신고한 사실을 확인하여 2018.2.13. 청구법인에게 2012～2016사업연도 농어촌특별세 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 각 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.11. 이의신청을 거쳐 2018.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 「농어촌특별세」 제4조에 따라 비과세에 해당하는 것으로 해석되어야 한다. 소비자생활협동조합은 「조세특례제한법」 제72조 제1항 제8호에 해당하므로 법인세 과세특례 대상이고, 「농어촌특별세법」 제4조 제2호의 ‘대통령령으로 정하는 것’에 해당하여 농어촌특별세 감면대상에 해당하며, 이 경우 동 조항 후단의 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 「농어촌특별세법 시행령」 제4조 제1항 각 호에서 규정하고 있는데, 제1호는 「조세특례제한법」 제66조부터 제70조까지, 제72조 제1항(제1호 및 제5호의 법인은 제외한다), 제77조 및 제102조, 제104조의2, 「지방세특례제한법」 제57조의3 제1항 제2호ㆍ제3호에 따른 감면이라고 규정하고 있으며, 소비자생활협동조합은 「조세특례제한법」제72조 제1항 제8호에 명확하게 열거되어 있음을 확인할 수 있다.

한편, 「농어촌특별세법」 제4조 제2호를 ‘농어업인 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인)’에만 적용되는 것으로 좁게 해석한다면 법 규정상 앞뒤가 안 맞는 결과가 초래된다. 이는 후단의 ‘대통령령으로 정하는 것’ 중에는 「조세특례제한법」 제72조 제1항 제8호에 명확하게 해당하여 ‘소비자생활협동조합’이 비과세대상이 될 수 있는 경우는 사실상 존재하지 아니하기 때문이다. 「소비자생활협동조합법」에 의한 소비자생활협동조합은 그 명칭에서도 알 수 있는 바와 같이 도시 등에 거주하는 소비자를 대상으로 생활물품의 이용을 원하는 조합원들을 모집하고 있고, 만약 농어업인을 조합원으로 하여 농어업인들이 농업 등에 필요한 자재를 구입하는 협동조합이라면 이는 「협동조합기본법」 상의 ‘사업자협동조합’으로 보아야 한다. 참고로 기획재정부가 발간한 ‘협동조합설립운영안내서 : 아름다운 협동조합 만들기’에 기재되어 있는 「협동조합기본법」상의 협동조합의 종류를 정리하면 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

이와 같이 농어업인을 조합원으로 하는 소비자생활협동조합은 현행 법률상 존재할 수 없는 것임에도 처분청은 이러한 경우에만 비과세한다고 해석하고 있는바, 「농어촌특별세법」 제4조 제2호를 협의로만 해석함으로써 대통령령에서 정한 규정을 사문화하는 것은 합목적적인 해석이라 할 수 없다. 만약 이를 협의로 해석해야 한다면 시행령에 소비자생활협동조합을 비과세대상으로 열거할 이유는 없을 것이다. 농어업인을 조합원으로 하는 소비자생활협동조합이라는 현행 법률상 존재할 수 없는 경우가 혹시라도 발생한다면 그것만이 비과세대상이라고 문언적으로만 해석하는 것이 과연 정당한 세법해석인지 의문일 뿐이다.

대법원은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 판시하고 있으나, 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.1.31. 선고 2007두13852 판결 참조). 즉, 법문대로 해석하였을 때 법규 상호 간에 모순이 발생하는 상황이라면 이로 인하여 납세자가 세법상의 불이익을 당하는 일은 없어야 하고, 만약 그러한 일이 발생한다면 법적 안정성 및 예측가능성은 심하게 훼손될 것이다.

(2) 「국세기본법」 제15조 신의성실의 원칙에 따라 비과세 해석은 유지되어야 한다. 신의성실의 원칙에 위배된다는 이유로 그 권리의 행사를 부정하기 위해서는 상대방에게 신의를 주었다거나 객관적으로 보아 상대방이 그러한 신의를 가짐이 정당한 상태에 이르러야 하고 이와 같은 상대방의 신뢰에 반하여 권리를 행사하는 것이 정의관념에 비추어 용인될 수 없을 정도의 상태에 이르러야 하는바, 2010년부터 2017년까지의 국세청이 발간한 ‘법인세신고안내책자’, 2010년부터 2017.11.28. 업데이트 직전까지의 국세청 인터넷홈페이지 자료, 2004년부터 2016년까지의 전국 23개 지역별 소비자생활협동조합의 비과세 신고에 대한 무조치, 청구법인과 OOO의 세무조사 현장에서도 비과세로 인정하여 추징하지 않은 사실 및 사후적으로 국세청 인터넷상담에서 비과세 의견을 받은 점 등에 비추어 처분청이 과세하지 않는 상태가 장기간에 걸쳐 계속하여 지속되고 있는 상황임을 알 수 있고, 그러한 상황에서 청구법인이 농어촌특별세 과세대상이라고 판단하기를 기대하는 것은 상식적으로 받아들이기 어렵다.

(가) 국세청이 납세자들을 상대로 매년 발간하여 배포하고 있는 ‘법인세 신고안내’ 자료를 보면, 2012년부터 2017년까지 ‘농어촌특별세 비과세’를 설명하면서 ‘1. 농어업인 및 농어업인 관련 단체에 대한 감면’ 부분에서 소비자생활협동조합을 비과세에 해당하는 것으로 포함하고 있고, 농어촌특별세 비과세의 유평을 보면 ‘농어민 및 농어민 관련 단체’라는 표현이 나오는데, 농협조합, 수산업조합, 산림조합, 엽연초생산협동조합은 누가 보더라도 농어민단체라고 인식할 것이다. 따라서 위 자료를 보고 소비자생활협동조합이 농어촌특별세 과세대상이라고 판단하기는 매우 어렵다.

(나) 또한, 국세청 홈페이지에도 동일한 내용을 조회할 수 있는바, ‘성실신고지원＞법인세＞비영리법인신고안내’ 메뉴에서 ‘04 조합법인 등에 대한 당기순이익 과세법인’란의 ‘자세히 보기’를 누르면 상세한 설명자료가 나오고, 이 부분에서 ‘업데이트 이력보기’를 조회하면 국세청이 2010년부터 매년 납세자들을 대상으로 당기순이익 과세법인에 대한 세무신고를 안내하고 있음을 알 수 있으며, 이 자료를 보면 2010년부터 2017.2.25.까지 매년 농어촌특별세 과세대상법인에 ‘소비자생활협동조합’은 기재하지 않고 있으나, 동 자료 상단의 당기순이익 과세특례 적용대상법인으로 열거한 7개 항목에는 ‘소비자생활협동조합’을 포함시키고 있으며, 그 이후 설명하는 ‘농어촌특별세 계산방법’ 문단에서 ‘대상법인’으로 신용협동조합, 새마을금고 및 중소기업협동조합만을 게시하고 있었으나, 2017.11.28.을 기준으로 업데이트를 하면서 농어촌특별세 대상법인에 「소비자생활협동조합법」에 의한 소비자생활협동조합을 추가하였다.

(다) 청구법인은 2013.12.11.～2014.1.31. 기간 동안 OOO지방국세청장으로부터 세무조사를 받은 사실이 있다. 조사대상 사업연도는 2011사업연도였으나, 실제 조사대상에 포함된 사업연도는 2009～2012사업연도였고, 총 51일 간의 세무조사를 받았지만 그 결과 추징된 세금은 법인세 OOO원에 불과하였으며, 당시 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고시 비과세로 신고한 농어촌특별세에 대하여 소명을 요구받았으나 국세청이 발간한 ‘법인세신고안내’ 자료를 제시하며 소명함으로써 과세되지 않았다.

또한, 청구법인과 동일한 형태의 소비자생활협동조합인 ‘OOO’의 경우에도 동일한 사례가 있었다. 한OOO은 2016년 8월 2014사업연도를 대상으로 받은 세무조사 과정에서도 농어촌특별세 비과세 여부가 쟁점이 되었고, 이 경우에도 국세청이 발간한 ‘법인세신고안내’ 자료를 제시하고 소명함으로써 농어촌특별세는 과세되지 않았다. 이와 같이 소비자생활협동조합의 세무조사 과정에서 담당 조사관들조차 법인세신고안내 책자 및 국세청 인터넷 홈페이지 자료를 참고로 하였고 그에 따라 실질적인 조사실무가 이루어지고 있었다.

(라) 청구법인의 세무담당자는 국세청 상담센터에 전화를 걸어 농어촌특별세 비과세 여부에 대하여 법조문을 협의로 해석할 경우와 법인세신고안내 책자의 내용이 다른 점에 대하여 문의하였고, 상담센터 담당자는 법인세신고안내 책자에 따라 신고하면 문제가 없을 것이라고 답변한 사실이 있다. 이후 1～2년 후에도 상담센터에 동일한 문의를 하였고 법인세신고안내 책자에 따라 신고하라는 동일한 답변을 받았다. 실제로 국세청 상담센터에 전화를 하여 세무상담을 하면 기존 예규․판례를 찾아주거나 국세청에서 발간하는 해설자료 및 안내자료에 따라 답변하는 경우가 대부분이다. 이 건의 경우는 기존 예규나 판례가 없기 때문에 국세청 발간 자료에 따라 답변을 해주었을 것으로 보이는데, 청구법인은 이에 대한 증빙자료를 구비하지 못하여 사후적으로 국세청 인터넷 상담을 시도하였는바, 청구법인은 2017.11.16. 국세청 인터넷상담을 통해서도 ‘당기순이익과세특례에 대한 농어촌특별세 해당 여부’라는 제목으로 위와 동일한 내용을 질의하였고, 국세청은 2017.11.20. “농어촌특별세 비과세대상으로 사료됩니다.”라는 답변을 하였다.

(마) 위와 같은 과세관청의 공적인 견해의 표명은 지속적이고 반복적이며 다양한 형태(법인세신고안내 책자, 국세청 인터넷 홈페이지, 세무조사, 전화상담 및 국세청인터넷상담)로 비과세라는 견해가 표명되어 왔고, 위의 법인세신고안내 책자 및 인터넷 홈페이지 자료는 국세청 내부의 행정처리지침 등이 아닌 납세자를 대상으로 한 신고안내 자료임을 부인할 수 없다. 그리고 이러한 견해 표명이 추상적인 질의에 대한 일반론적 견해 표명이 아니라 청구법인의 사실관계에 구체적으로 일치하는 내용으로서 세무처리에 전적으로 영향을 미치는 것이었다는 점도 부인할 수 없다.

처분청은 과세관청이 발간한 책과 인터넷 홈페이지를 통한 법인세신고안내는 법인세 신고서 작성절차를 알기 쉽게 설명하고, 최근 세법 개정사항과 계산사례 등을 첨부하여 납세자가 편리하게 활용할 수 있도록 편의를 제공하는 납세서비스에 불과하며 국세상담센타 인터넷 질의는 법인세신고 당시가 아닌 처분청의 감면사후검증 무렵이고, 이에 대한 회신은 단순한 상담 내지 안내 수준의 행정서비스에 불과하다고 보고 있으나, 납세자의 입장에서 볼 때 국세청에서 제공하는 납세자 편의를 위한 납세서비스의 내용에 따라 법인세신고를 수행하였다가 세무조사 과정에서도 쟁점이 된바 있으나 국세청 제공자료를 통하여 소명하여 추징되지 않았던 항목에 대하여 수년이 지난 이후 당시 납세서비스의 내용이 잘못되었으나 이는 공적인 의견표명이 아니므로 농어촌특별세를 과세하는 것은 조세정의에 부합하지 아니한다.

(바) 또한, 국세상담센터 인터넷 질의의 경우 사후에 인터넷을 통하여 질의한 이유는 국세분야의 실무경험이 풍부한 현직 세무공무원들의 의견을 사후적으로라도 들어보기 위함이었으며, 그들의 의견 역시 국세청에서 발간한 책과 인터넷 홈페이지를 통한 법인세신고안내를 참고하여 납세자들에게 의견을 제시하고 있음을 입증함으로써 일련의 법인세 신고안내 자료가 공적인 견해가 되는 기본적인 자료로서 이미 실무적으로 받아들여지고 있음을 확인할 수 있었다. 이와 관련하여 최근 심판례(조심 2017관78, 2018.1.31., 조심 2017전1218, 2017.6.1. 등)에서도 ‘국세청이 발간한 책자’에 기재되어 있는 내용을 공적인 견해로서 인정하고 있다. 이러한 결정의 근본적인 원인은 국세청이 발간한 책자의 내용이 각종 세무실무에서 폭넓게 받아들여지고 있고, 납세자는 물론 세무공무원들까지도 참조하는 공식적인 자료로서의 역할을 하고 있음을 인정하는 것이라 할 것이다. 따라서 국세청이 발간한 법인세신고안내 책자와 국세청 인터넷홈페이지 자료를 단순한 편의제공 목적의 납세서비스에 불과하다고 보는 것은 부당하다.

(사) 청구법인을 비롯한 23개의 지역별 소비자생활협동조합은 영리적인 목적보다는 유기농 농산물을 생산하는 농어촌 생산자들에게 안정적인 수익기반을 제공하고, 도시의 소비자들에게는 안전한 먹거리를 저렴하게 공급하는 것을 목적으로 삼고 있으며, 이를 위하여 유통마진을 최소화하고 철저한 예산회계를 통하여 청구법인의 이윤 또한 최소한의 예산으로만 운영하고 있다. 또한, 청구법인의 모든 재산은 조합원들의 것이므로 모든 회계처리를 투명하게 운영하고 있다. 이러한 경영철학 하에 조직을 운영하고 있는 청구법인의 입장에서 세법에 대한 해석이 어려울 경우 가장 먼저 살펴보는 것은 국세청에서 매년 발간하는 ‘법인세신고안내’ 자료이고, 책자를 받기가 어려운 경우는 국세청 홈페이지상의 법인세신고안내 자료를 참조한다. 그런데 이러한 행동은 비단 청구법인뿐 아니라 대부분의 법인들은 물론이고 심지어 법인세 해설책자를 발간하고 있는 한국세무사회, 한국공인회계사회 및 유명 세법강사들 또한 마찬가지일 것으로 보인다.

한편, 법원은 과세하지 않는 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에는 그 자체를 과세하지 않는다는 뜻의 묵시적 언동이 있었던 것으로 보고 있는바(대법원 1986.3.25. 선고 85누561 판결 등, 같은 뜻임), 소비자생활협동조합의 농어촌특별세 비과세 신고는 소비자생활협동조합의 형태로 사업체를 전환한 2004년부터 수행되었는데, 이는 청구법인뿐만 아니라 각 지역별 소비자생활협동조합법인 모두가 동일하다. 즉, 23개 각 지역별 OOO이 2004년경부터 2016년까지 당기순이익 과세법인으로 법인세를 신고하면서 이에 대한 농어촌특별세는 비과세로 신고하였음에도 전국의 각 관할세무서가 과세대상으로 보아 과세한 사례는 2018년 1월까지 단 1건도 발생하지 않았다. 전국의 23개 업체는 약 10년 이상 농어촌특별세를 비과세로 신고하였고 관할세무관서는 이를 정상적인 것으로 인정하였는데, 갑자기 안내자료가 잘못되었다며 과세하는 것은 납세자의 세정신뢰를 심하게 훼손하는 것이다.

(3) 「국세기본법」 제18조에 따른 소급과세금지의 원칙에 따라 추징하는 것은 합당하지 않다. 「국세기본법」은 과세관청이 개정된 세법, 신설된 세법뿐만 아니라 기존 세법의 해석에 대해서도 새로운 해석에 의하여 소급과세하는 것을 금지하고 있고, 법원도 「국세기본법」 제18조 제3항이 규정하고 있는 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이며 한편, 소급과세금지원칙이라 함은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 것에 불과하다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두403 판결 참조)고 판시하고 있다.

위 판례에 비추어 처분청의 의견과 같이 법인세신고안내책자 및 국세청 홈페이지 자료가 납세자 편의를 위한 단순 안내서비스에 지나지 않는다 할지라도 국세청이 잘못된 해석으로 납세자에게 안내하였고, 청구법인을 포함한 전국의 23개 소비자생활협동조합이 이를 믿고 장기간 비과세로 신고하였으며, 관할 세무관서에서도 장기간 아무런 조치가 없었고, 심지어 세무조사 과정에서도 비과세로 보아 처리한 사실이 존재하며, 사후적으로 국세청 인터넷상담에서도 비과세에 해당한다는 의견을 받은 상황이라면 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우라고 봄이 타당하고, 2017년 11월에 국세청 인터넷 홈페이지 상에 농어촌특별세 과세대상에 ‘소비자생활협동조합’을 추가한 것은 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우로 보아야 할 것이므로 청구법인이 그 이전에 신고한 2012사업연도부터 2016사업연도까지의 농어촌특별세를 과세하는 것은 소급과세에 해당한다.

(4) 법원은 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 것이고 다만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 판시하고 있다(대법원 1993.6.8. 선고 93누6744 판결 등 참조).

청구법인이 국세청에서 제공하는 각종 납세안내서비스의 내용을 믿고 농어촌특별세를 비과세대상으로 판단한 행위는 결코 무리한 행위라고 말할 수 없다. 만약 이것이 무리한 행위라고 가정한다면 국세청에서 납세자를 대상으로 비과세라는 안내자료를 배포하고 납세자가 해당 사항을 과세로 신고하기를 기대하는 것에 무리가 없어야 하나, 이 건은 누가 보더라도 무리한 처분이다. 결과적으로도 청구법인이 국세청 납세안내서비스에 비과세대상으로 기재된 내용을 보고도 이 건을 과세대상으로 판단할 것을 기대하는 것은 매우 무리한 사정이 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 적어도 해당 가산세만큼은 취소하는 것이 조세정의 차원에서 필요한 조치일 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 소비자생활협동조합이 도시거주 소비자를 대상으로 조합원을 모집하는 조합이므로 「농어촌특별세법」 제4조 제2호에서 규정하고 있는 농어업인을 조합원으로 하는 소비자생활협동조합이 존재할 수 없음에도 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호에는 소비자생활협동조합도 비과세 대상으로 규정되어 있는데, 처분청이 농어업인을 조합원으로 구성하는 경우에만 한정하여 비과세로 좁게 해석하는 것은 대통령령에서 정한 규정을 사문화하는 것이므로, 「농어촌특별세법」 제4조 제2호에서 “농어업인 또는 농어업인을 조합으로 하는 단체에 따른 감면”을 해석함에 있어 협의 해석할 것이 아니라 법적안정성 및 예측가능성을 해치치 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적으로 해석하고, 법률과 시행령 상호간에 모순이 발생하는 상황이라면 납세자에게 세법상의 불이익이 없도록 하여야 한다고 주장한다.

그러나, 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건뿐 아니라 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용될 수 없으므로(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조), 비과세 요건을 확장해석하고 있는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(2) 청구법인은 국세청이 발간한 법인세신고안내 책자, 국세청 홈페이지 신고안내, 국세청 인터넷 상담 회신 등에서 소비자생활협동조합은 농어촌특별세 비과세 대상으로 표현하고 있어 이를 신뢰하였고, 2012사업연도 세무조사시 농어촌특별세 비과세 신고가 쟁점 사항이었으나, 이에 대한 과세가 없었기에 비과세에 해당된다고 보아 농어촌특별세를 무신고하였으므로 이 건 처분은 「국세기본법」 제15조 신의성실의 원칙을 위배하였다고 주장하나, 신고안내자료 등은 단순한 상담 내지 안내수준인 행정서비스의 한 방법에 불과하여 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없으며, 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하는데 신고안내자료 등은 공적 견해표명에 해당하지 않으므로 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다.

(3) 청구법인은 국세청이 2017년 11월 홈페이지에 농어촌특별세 과세대상에 ‘소비자생활협동조합’을 추가한 것은 국세행정의 새로운 해석이나 관행에 해당한다고 주장하나, 「국세기본법」 제18조 제3항이 정하는 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이러한 의사는 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하는데, 청구법인의 농어촌특별세에 대하여 처분청은 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정에 의하여 과세하지 아니한다는 의사를 표시한 사실이 없으므로 비과세 관행 자체가 성립할 수 없으므로 이 건 처분은 소급과세 금지에 위배되지 아니한다.

(4) 또한, 청구법인은 농어촌특별세 비과세 대상에 해당되지 않는다 하더라도 국세청 납세서비스를 신뢰하여 비과세 대상으로 판단한 것은 가산세 면제의 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 따위는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다. 청구법인은 처분청의 감면사후관리 해명 안내가 시작된 후인 2017.11.20. 당기순이익과세특례에 대한 농어촌특별세 해당 여부를 국세청 인터넷 상담을 하였고, 이는 그때까지 청구법인의 법령에 대한 부지가 있었다는 사실을 확인할 수 있는 것으로 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 상황에 해당하지 않는다. 따라서 법령의 부지는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유로 볼 수 없으므로 이 건 가산세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 농어촌특별세 부과처분은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙을 위배하여 부당하다는 청구주장의 당부

② 가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제72조[조합법인 등에 대한 법인세 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

1. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 및 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고

2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인

4. 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

5. 「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회

6. 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인

7. 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합

8. 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합

(2) 농어촌특별세

제4조[비과세] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

1. 국가(외국정부를 포함한다)·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 대한 감면

2. 농어업인(「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호의 농업인과 「수산업·어촌발전 기본법」 제3조 제3호의 어업인을 말한다. 이하 같다) 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 농어촌특별세 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29528호로 개정되기 전의 것)

제4조[비과세] ① 법 제4조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

1. 「조세특례제한법」 제66조부터 제70조까지, 제72조 제1항(제1호 및 제5호의 법인은 제외한다), 제77조[ 「조세특례제한법」 제69조제1항 본문에 따른 거주자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작할 것의 요건은 적용하지 아니한다)로 한정한다] 및 제102조, 제104조의2, 「지방세특례제한법」 제57조의3 제1항 제2호(「농업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산으로 한정한다)ㆍ제3호(「수산업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산으로 한정한다)에 따른 감면

(4) 농어촌특별세 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29528호로 개정된 것)

제4조[비과세] ① 법 제4조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

1. 「조세특례제한법」 제66조부터 제70조까지, 제72조 제1항(제1호, 제5호 및 제8호의 법인은 제외한다), 제77조[ 「조세특례제한법」 제69조 제1항 본문에 따른 거주자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작할 것의 요건은 적용하지 아니한다)로 한정한다] 및 제102조, 제104조의2, 「지방세특례제한법」 제57조의3 제1항 제2호(「농업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산으로 한정한다)ㆍ제3호(「수산업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산으로 한정한다)에 따른 감면

(5) 국세기본법

제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2012～2016사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」 제72조 제1항에 따라 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율을 적용받음에 따라 「농어촌특별세법」 제4조 제2호 및 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호에 의하여 농어촌특별세 비과세대상에 해당한다고 보아 농어촌특별세를 신고․납부하지 아니하였으나, 처분청은 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례가 적용되는 당기순이익과세법인에 대한 농어촌특별세 무신고 혐의에 대하여 서면분석을 실시한 결과, 청구법인이 법인세 신고시 감면상당세액에 대한 농어촌특별세를 무신고한 사실을 확인하여 아래 ＜표2＞와 같이 이 건 처분을 하였다.

OOO

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2004.1.1. 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합으로, 조합원은 생활용품의 이용을 원하는 소비자로 구성되어 있고, 「조세특례제한법」 제72조 제1항 제8호에 따라 법인세 당기순이익 과세법인에 해당한다.

(나) 국세청은 매년 법인세 신고안내 책자를 배포하고 있는데, ‘법인세에 대한 농어촌특별세’라는 제목으로 안내하고 있는 농어촌특별세의 계산방법은 다음과 같다.

OOO

(다) 국세청은 인터넷 홈페이지에 ‘농어촌특별세 계산방법’을 게시하고 있는데, 2017.11.28. 그 내용 중 농어촌특별세 과세대상법인에 대하여 다음과 같이 변경한 것으로 나타난다.

OOO

(라) 청구법인은 2017.11.16. 국세상담센터에 ‘당기순이익 과세특례에 대한 농어촌특별세 해당 여부’라는 제목으로 인터넷 질의를 하였고, 국세상담센터는 2017.11.20. 이에 대하여 농어촌특별세 비과세대상에 해당된다는 취지의 답변을 하였다가 2017.11.27. 비과세대상에 해당되지 아니한다고 그 내용을 변경한 것으로 나타나는데, 그 주요 내용을 요약하면 다음과 같다.

OOO

(3) 「조세특례제한법」 제72조 제1항은 2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되면서 다음과 같이 당기순이익 과세법인의 범위에 소비자생활협동조합을 추가한 것으로 나타난다.

OOO

(4) 청구법인은 「농어촌특별세법」 제4조 제2호에서 비과세대상으로 규정하고 있는 농어업인을 조합원으로 하는 소비자생활협동조합은 현행 법률상 존재할 수 없으므로 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적으로 해석하여야 하고, 국세청이 발간한 법인세 신고안내 책자, 국세청 홈페이지 신고안내 게시물, 국세청 인터넷 상담 회신 등을 통하여 소비자생활협동조합이 농어촌특별세 비과세대상임을 표명하며 장기간에 걸쳐 계속적으로 과세하지 아니하다가 2017년에 이르러 과세하는 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙 등을 위배하여 부당하다고 주장한다.

(5) 한편, 처분청은 엄격해석의 원칙은 과세요건뿐 아니라 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하므로 농어업인을 조합원으로 하지 아니하는 소비자생활협동조합인 청구법인을 비과세 대상으로 볼 수 없고, 국세청이 발간한 법인세 신고안내 책자, 홈페이지의 신고안내 게시물, 국세청 인터넷 상담 회신 등은 단순한 상담 내지 안내수준인 행정서비스의 한 방법에 불과하여 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없으므로 이 건 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙 등을 위배하지 아니한다는 의견을 제시하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 「농어촌특별세법」 제4조 제2호에서 농어업인 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 도시 등에 거주하는 소비자를 대상으로 하는 조합으로 농어업인 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체에 해당하지 아니하므로 농어촌특별세 비과세대상이 아니라는 의견이나,

신의성실의 원칙이나 「국세기본법」 제18조 제3항의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것(대법원 1992.4.28. 선고 91누9848 판결 참조)이고, 동 조항의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다 할 것(대법원 1992.3.31. 선고 91누9824 판결 등 참조)인바, 이 건의 경우 국세청이 2017년 11월 전까지 법인세 신고안내 책자, 홈페이지 신고안내 게시물 및 인터넷 상담 등을 통하여 소비자생활협동조합이 농어촌특별세 비과세대상임을 표명하며 장기간에 걸쳐 계속하여 과세하지 아니하다가 비과세관행이 성립된 2017년 11월에 이르러 그 간의 신고안내 내용 등을 변경하여 과세하는 것은 신의성실의 원칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구법인을 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인에게 농어촌특별세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.