가.청구인이 주주로 등재되어 있던 주식회사 OOOO(부동산임대업, 1983.6.29. 개업, 이하 “OOOO”라 한다)는 1984.3.28. 주식회사 OOOO로부터 OOOOO OOO OOO OOOOO OO OO시장내 대지2,992㎡ 및 근린생활시설 건물 3,819.58㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를10억940만원에 취득하고 2001.4.30. 주식회사 OOOO에게 72억5,000만원에 양도한 것으로 하여 2001사업연도 법인세와 특별부가세를신고·납부하였다.

나.서울지방국세청장은 2002년 12월 OOOO를 조사한 결과, 쟁점부동산의 양도가액을 79억5,000만원으로 확인하여 OO세무서장에게 과세자료를 통보하였고, OO세무서장은 2003.1.4. OOOO에게 2001사업연도 법인세와 특별부가세3,035,616,330원을 부과하면서 OOOO 주주43명에게 각 지분율에 상당하는 금액을 한도로 하여 제2차 납세의무자로 지정하였다.

다.OOOO는 쟁점부동산의실질적 소유자가 OOOO의 주주로 등재되어 있던 43명의 상인들(이하 “상인들”이라 한다)이고, 상인들이 각자 실제 소유자로 등기할 수 없어 명의신탁한 것에불과하므로 쟁점부동산의 실제소유자를 상인들로 보아 법인세를취소해 달라는취지로 2003.6.4. 행정소송을 제기하여 2007.6.28. 대법원에서 승소하였다.

라.OO세무서장은 위 대법원의 판결내용에 근거하여 2007.8.24.OOOO의 법인세 부과를 취소하고, 쟁점부동산의 실제소유자였던상인들에게 양도소득세를 부과하라는 과세자료를 처분청에통보하였 으며, 처분청은 쟁점부동산 중 청구인 지분 0.82%에 해당하는 양도 차익을 기준시가로계산하여 2008.12.1. 청구인에게2001년 귀속 양도소득세 12,994,460원을결정고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.19. 이의신청을 거쳐 2009.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점부동산의 양도차액을 산출함에 있어 자본적 지출액1,681,097,194원만을필요경비로 인정하였으나, 상가를 증축· 분양하면서실제 지출된 비용2,099,387,108원을 추가 필요경비로 인정하여야 한다.

(2) 상인들이 쟁점부동산을 지분으로 소유하다가 양도한 것에 대하여, OO세무서장은 실지거래가액으로 과세하였고, 처분청은 기준시가로 과세하였는 바, 쟁점부동산의 양도에 대하여 처분청에 따라 서로 다른 과세기준을 적용하는 것은 공평과세에 어긋나므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은증축·분양비용2,099,387,108원을 추가 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 위의 비용은 수익적 지출비용에 해당하여 필요경비로 인정할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2)대법원판결에 따른 명의신탁을 내세우면서 기준시가에 의한 경우보다 오히려 자신에게 유리한 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 줄 것을 요구한다는 것은 결국 법이 규제하고자 하는 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법을 내세워 다른 일반거래자 이상으로 법의 보호를 받겠다는 것에 지나지 아니하므로 공평과세의 견지에서 이를 허용하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산을 증축·분양하면서 실제 지출된 2,099,387,108원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 쟁점부동산의 각 지분양도에 대하여 처분청에 따라 기준을 달리하여 과세하는 것이 공평과세에 어긋나는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본본 제79조【불고불리ㆍ불이익변경금지】② 국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다.

(2) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준 시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우 에는 실지거래가액에 의한다.

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요 경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된실지거래 가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래 가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

(3) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2.양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그지출한연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에준하는비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 처분청의 심리자료를 보면, 처분청은 청구인이 쟁점부동산의필요경비 내역 등을 구체적으로 제시하지 못한다는 이유로 OO 상교가 쟁점부동산을 양도하고 법인세 신고시(2001사업연도) 제출한특별부가세 과세표준 및 세액계산명세서상 증축과 관련된 3,780,484,302원중자본적 지출액에 해당하는 1,681,097,194원(증축공사비 1,500,000,000원, 설계비 65,000,000원 등)만을 필요경비로 인정한것으로 나타난다.

(나) 청구인은 쟁점부동산의 필요경비 내역을 아래<표>와 같이제시하고 있는 바,

<표> 쟁점부동산의 필요경비 내역

(단위: 원)

처분청이쟁점부동산의 필요경비로 인정하지 아니한 관리비 등은「소득세법상」 소정의 양도소득세필요경비 항목에 해당한다고 보기 어렵다.

(다) 따라서, OOOO가 쟁점부동산을 부동산임대업으로 사용 하면서지출된 항목 중증축공사대·설계비 등 자본적 지출액1,681,097,194원은「소득세법」상 양도소득세 필요경비에 해당한다고 보여지나, 나머지 관리비 등은 「법인세법」상 손금항목에 포함되지만 양도소득세의 필요경비 대상항목에 포함된다고 보기 어려우므로처분청이 동 금액을 필요경비로 인정하기 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

위의 쟁점① 청구인 주장을 인정하지 아니한 상태에서 본 건쟁점만 청구인의 주장을 받아들일 경우 실지거래가액에 의한 양도 차익 55,962,583원이 당초 양도차익 28,800,099원 보다 많아 청구인에게 불이익을초래하게 되므로 이 건은 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초 처분이 유지되어야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세 기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.