가. 청구인은 2001.5.2. 경기도 OOO 전 1,365㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2015.6.30. OOO 외 1인에게 양도하고 2015.8.31. 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 과세표준 예정신고 및 납부를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 비사업용토지에 해당되는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2016.6.8. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.19. 이의신청을 거쳐 2017.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다.

(가) 처분청은 장기보유특별공제를 배제한 근거법령을 잘못 인용하였다.

「소득세법」 제95조 제1항에서 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하도록 하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘제104조의3에 따른 비사업용 토지’는 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제104조의3에서는 ‘ 「소득세법」 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호’의 비사업용 토지에 대하여만 규정하였을 뿐 「소득세법」제95조는 열거되어 있지 않다.

장기보유특별공제 배제는 침해적 행정행위이므로 그 근거 규정이 가감없이 원문대로 인용되어야 함에도 「소득세법」제95조 제2항에 규정된 ‘제104조의3에 따른’을 삭제하고 ‘비사업용 토지’로만 인용하여 장기보유특별공제 배제근거로 삼아 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 이는 단순한 법령해석의 이견으로 볼 수 없고 법률의 중요한 부분(제104조의3에 따른)을 삭제하는 방법으로 변조·인용한 것이므로 이에 대한 엄정한 심리가 있어야 한다.

(나) 처분청은 근거법령을 잘못 적용하고 사실관계를 왜곡하였다.

청구인은 당초 쟁점토지를 대지로 전용하기 위하여 취득하였고 이를 위하여 농지전용부담금까지 납부하였으며, 2012년까지 농지전용부담금을 반환받지 아니한 상태를 유지하였다.

토지의 용도는 다양하고 용도의 변경도 허용되는 현행제도에서 지목이 농지라고 하여 그 용도를 영농만으로 판정할 수는 없는 것이며, 특히, 쟁점토지는 취득 당시부터 영농목적이 아니었음이 확인되어 영농만으로 용도를 판정하는 것은 아니됨에도 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법령에 따른 8년 자경여부를 심리하여 「소득세법」상의 장기보유특별공제 여부를 판단하는 것은 부당하다.

(2) 조사과정에서 처분청 조사담당자의 재량권 일탈과 남용이 있었다.

처분청 조사관과의 면담은 2016.5.30.을 전후한 시기였는데, 조사를 2016.5.16.부터 2016.6.3.까지 하였으므로 이미 현장에 관한 사실관계는 확보된 상태였는바, ① 현장접근방법에 대한 청구인의 소명에 대하여 ‘놀러다녔는지 여부를 어떻게 확인할 수 있느냐’는 예단과 편견적 추궁으로 통화가 중단되어 고충민원을 제기하기에 이르렀고, ② 고충민원 제기 후 소명자료의 충분한 제출기회도 주지 않아 이미 제출된 소명자료에 대한 충분한 검토도 없이 과세예고통지를 조기 발송하였으며, ③ 최초 면담과정에서 청구인의 운전면허가 취소된 사실과 이와 관련하여 청구인이 사용하던 승용차가 폐차된 사실을 인지하고는 승용차의 블랙박스와 유류주입 장소 현장에서의 식사여부 등의 입증을 집요하게 요구하다가 이를 제출하지 않았다는 점을 영농부인의 구실로 한 점이 조사복명서 등에 의하여 확인되고, ④ 현장부근에서의 주유확인과 식사여부에 대한 입증요구뿐만 아니라 조사관이 직접 청구인의 수년간의 카드사용조회까지 확인하여 개인적인 사실만을 적시하여 이를 인용하면서 영농부인의 정황자료로 제시하였으며, ⑤ 영농부인의 궁색한 입증은 당초 OOO원만 인정하여 과세예고까지 하였다가 전액을 인정하면서 이를 투자목적으로 매도하는 등 재량권 일탈과 남용이 있었다.

모든 행정처분에 대한 불복과정에서 국민은 공정력으로 인하여 그 처분이 취소되기 전까지 많은 고충을 받는 것은 공지의 사실인바, 청구인이 제기한 재량권 일탈과 남용에 관련된 부분이 객관성이 검증된 자료에 의하여 공정하게 심리되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」제95조, 「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 가목, 같은 법 시행령 제168조의6 제1호 및 제168조의8 제2항, 「농지법」제2조 제5호에 의하면, 3년 이상 소유하다가 양도하는 농지의 경우, 당해 농지에 재촌하는 소유자가 양도일 직전 5년 중 3년 이상 또는 양도일 직전 3년 중 2년 이상 또는 소유기간 중 60% 이상의 기간 동안 자경(소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배)하는 경우 해당 토지는 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 규정되어 있다.

청구인은 쟁점토지에 채소 및 매실나무를 경작하는 등 영농한 사실이 있으므로 비사업용토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 인터넷에서 확인되는 쟁점토지 과거사진을 보면 쟁점토지는 지목이 ‘전’에 해당됨에도 잡풀이 무성하여 사업용토지 판정기준 기간 동안 쟁점토지가 농지로 사용되었다고 보기 어려운 점, 청구인은 쟁점토지에 매실나무를 심었다고 주장하나 인터넷 사진상으로는 매실나무가 심어졌는지 여부가 불분명하고 장기간 관리가 이루어지지 않아 방치된 토지로 보이는 점, 청구인이 제시한 농지원부만으로는 청구인이 쟁점토지를 자경하였는지 여부가 불분명한 점, 청구인이 쟁점토지를 어떠한 방식으로 경작하였는지에 대하여 객관적으로 확인되는 농산물의 판매 및 영농자재 구입관련 증빙을 제출하지 못하는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점토지가 비사업용 토지가 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 「국세기본법」 제19조에서 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제81조의4 제1항에서는 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 안된다고 규정하고 있다.

청구인은 조사담당자가 쟁점토지 현장에서의 주유 및 신용카드 사용내역에 대하여 요구한 것, 청구인이 제출한 서류 등 조사자료를 면밀히 검토하지 않고 조기에 과세예고 통지를 한 것 등이 재량권의 일탈 내지 남용에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지 현장에서 주유를 하거나 신용카드를 사용하였다면 청구인의 자경주장에 유리하게 해석될 수 있다고 보여지는바 그 내역을 제시하도록 한 것을 재량권의 일탈 내지 남용이라고 보기 어렵고, 제출한 서류에 대하여 검토를 제대로 하지 않고 조기에 과세예고통지를 하였다는 주장에 대하여는 세무조사가 종결된 후 과세예고 통지가 이루어져 조사담당자가 세무조사를 실시하면서 관련 법령 및 규정에서 정한 조사절차나 범위를 준수하지 아니하였다고 보기는 어려우므로 조사담당자의 재량권의 일탈 내지 남용이 있었다는 주장도 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 「소득세법」제104조의3에 따른 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

② 조사과정에서 재량권의 남용이 있었으므로 이 건 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.5.2. 쟁점토지를 경매로 취득하여 보유하다가 2015.6.30. OOO 외 1인에게 OOO원에 양도한 후, 2015.8.31. 쟁점토지를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하고, 2015.7.14. 양도한 아파트의 양도소득금액과 합산하여 아래와 같이 양도소득세 과세표준 예정신고·납부를 하였다.

(2) 처분청은 아래와 같이 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지를 청구인이 직접 경작하지 않은 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하여 2016.9.5. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세를 부과하였다.

(가) 조사복명서(조사기간 : 2016.5.16.～2016.6.3.) 상에 나타난 조사내용은 다음과 같다.

(나) 처분청 담당자가 2016.7.21. 쟁점토지 소재지 마을이장에게 쟁점토지 관련 내용을 유선으로 문의한(2016.7.21.) 내용 등은 다음과 같다.

(다) 처분청 담당자가 2016.7.18. 쟁점토지 매수인에게 쟁점토지 양수 당시 식재되어 있던 작물에 대해 문의하자, 매수인은 ‘여러건의 부동산을 양수·양도하여 기억나지 않는다’고 답변한 것으로 확인된다.

(라) 처분청 담당자가 청구인에게 매실나무 식재시기 및 식재이후 관리 방법 등에 대하여 문의한 내용과 그 답변 내용은 다음과 같다.

(마) 청구인의 주민등록등본상의 주소지 현황과 주소지에서 쟁점토지까지의 거리는 다음과 같다.

(바) 국세청 대내 포털시스템상에서 확인된 청구인 사업자등록 내역은 다음과 같고, 쟁점토지 취득 시부터 양도 시까지 신고된 근로소득은 없는 것으로 나타난다.

(사) 토지대장, 등기사항전부증명서, 토지이용계획확인서 및 농지원부 등에 의하면, 쟁점토지는 계획관리지역, 소하천구역, 자연보전권역 내의 토지로서 지목은 취득일부터 심리일 현재까지 ‘전’으로 등재되어 있고, OOO장이 2013.8.5. 발급한 농지원부에 의하면, 2001.4.25. 최초 작성되었고, 쟁점토지를 포함하여 농지(전) 3필지(2,898㎡)에 과수를 주재배 작물로 자경하는 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구인은 쟁점토지에서 2012년 이전까지는 채소를 경작하였고, 2012년부터 매실나무를 구입하여 동네 이장에게 심어달라고 하여 경작했다고 주장하며, 청구인의 예금거래내역서 제출하였는바, 그 내역은 다음과 같다.

(4) 청구인은 처분청에 고충민원을 제기하였고 이에 대해서 처분청이 회신한 내역은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2016.6.1. 처분청(납세자보호담당관실)에 ‘세무조사 시 고충사항 호소’라는 제목으로 아래와 같이 고충민원을 제기하였다.

(나) 청구인은 2016.9.30. 처분청(납세자보호담당관실)에 상기 세무조사 시 제출된 민원처리 전말에 대한 문의를 하자, 처분청은 2016.10.4. 아래와 같이 회신하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 장기보유특별공제 적용과 관련하여 양도대상 토지가 「소득세법」‘제104조의3에 따른 비사업용토지’에 해당되지 않기 위해서는 농지의 경우에는 「소득세법 시행령」제168조의6에서 규정하고 있는 기간 동안 재촌 및 자경 요건을 충족하여야 하고, 농지 및 임야 등이 아닌 일반토지의 경우에는 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호의 각 목에서 열거하고 있는, 즉 「지방세법」상 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 등에 해당되어야 한다.

처분청은 비사업용토지가 「소득세법」제104조의3에 규정되어 있음에 따라 ‘비사업용토지’임을 이유로 장기보유특별공제를 배제한 것으로 보이고, ‘ 「소득세법」제104조의3’을 생략하였다 하여 이를 근거법령의 중요한 부분이 변조되었다고 보기는 어렵다.

또한, 쟁점토지가 「소득세법」제104조의3에 따른 비사업용토지에 해당되는지 여부와 관련하여, 쟁점토지를 농지로 볼 경우, 청구인이 대지로 전용하기 위하여 취득하였다고 주장하고 있고, 처분청의 조사보고서 및 쟁점토지의 현황사진 등에서 지목이 농지인 쟁점토지를 대지로 전환하기 위하여 농지전용허가를 신청한 사실, 사실상 경작을 입증할만한 증빙 등이 제출되지 않았으며 그 토지 현황도 잡목과 풀이 우거져 있다는 내용 등이 나타나 청구인이 「소득세법 시행령」제168조의6에 따른 기간 동안 재촌하여 자경한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점토지를 농지가 아닌 일반토지로 본다 하더라도 제출된 자료만으로는 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호의 각 목에서 열거된 토지 중의 어느 하나에 해당되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청 조사담당자와의 면담과정에서의 청구인에 대한 질의, 관련 자료의 제출 요구 등이 있었다하여 관련 법령 및 규정에서 정한 조사절차나 범위를 준수하지 아니하였다고 보기는 어렵고, 제출된 고충민원 내용 등에서 달리 조사담당자의 재량권의 일탈 내지 남용이 있었다고 보기도 어려우므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제104조의3 (비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 산림유전자원보호림, 보안림(保安林), 채종림(採種林), 시험림(試驗林), 그 밖에 공익을 위하여 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야

다. 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

3. 목장용지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것. 다만, 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

가. 축산업을 경영하는 자가 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 것(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다).

나. 축산업을 경영하지 아니하는 자가 소유하는 토지

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 「지방세법」 제106조 제2항에 따른 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 주거용 건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양, 피서, 위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 "별장"이라 한다)의 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재하고 대통령령으로 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택의 부속토지는 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의8(농지의 범위 등) ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특 례제한법 시행령」 제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특 례제한법 시행령」 제66조 제14항을 준용한다.

(3) 농지법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “자경”이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생 식물을 재배하는 것을 말한다.