2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 ‘○○○○’이라는 상호로 섬유가공업을 영위하고 있는 개인사업자이다.

나. 원고는 2016. 5. 31.경 2015년 귀속 종합소득세에 관하여 기초재고자산 ○○○○원, 기말재고자산 ○○○○원, 과세표준 ○○○○원으로 하여 종합소득세 ○○○○원(가산세 포함)을 신고․납부하였고, 2017. 5. 31.경 2016년 귀속 종합소득세에 관하여 기초재고자산 ○○○○원, 기말재고자산 ○○○○원, 과세표준 ○○○○원으로 하여 종합소득세 ○○○○원(가산세 포함)을 신고․납부하였다.

다. 피고는 2018. 5. 2.부터 2018. 6. 1.까지 원고의 2016년 귀속 종합소득세에 관한 개인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하여 원고가 2016년 기초재고자산 ○○○○ 및 기말재고자산 ○○○○원을 각 과소계상하였다고 판단하였다. 이에 피고는 2018. 8. 9. 원고에게 2015년 귀속 종합소득세 ○○○○원(가산세 포함)을 경정․고지하였고, 2016년 귀속 종합소득세 ○○○○원의 환급결정을 하였다.

라. 원고는 2018. 8. 9.자 2015년 귀속 종합소득세 경정처분에 불복하여 ○○○○ 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 ○○○○ 위 심판청구를 인용하여 위 2015년 귀속 종합소득세 경정처분을 취소하였다(이하 ‘이 사건 심판결정’이라 한다).

마. 이 사건 심판결정에 따라 피고는 ○○○○ ○○○○자 2015년 귀속 종합소득세 경정처분을 취소하였고, ○○○○ 원고에게 2016년 귀속 종합소득세 ○○○○원(가산 세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다). 이와 같이 이 사건 당초 처분이 이루어진 이유는 이 사건 심판결정에 따라 ○○○○자 2015년 귀속 종합소득세 경정처분이 취소되어 2015년 기말재고자산(=2016년 기초재고자산) 과소계상액 ○○○○원이 감액되었으므로 2018. 8. 9.자 2016년 귀속 종합소득세 환급결정 당시 증액하였던 2016년 기초재고자산 과소계상액 ○○○○원을 감액하였기 때문이다.

바. 그 후 피고는 직권으로 ○○○○ 이 사건 당초 처분 중 중소기업특별세액 ○○○○원을 감면하고 신고불성실가산세 ○○○○원을 감액하였으며, ○○○○ 중소기업 특별세액 ○○○○원을 추가로 감면하여 이 사건 당초 처분 중 합계 ○○○○원을 감액경정하였다. 그리하여 이 사건 당초 처분은 ○○○○원(가산세 포함)만 남게 되었다(이하 ‘이 사건 당초 처분 중 감액되고 남은 부분을 ’이 사건 처분‘이라 한다).

사. 원고는 이 사건 당초 처분에 불복하여 ○○○○ 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 ○○○○ 위 심판청구 중 피고가 위와 같이 직권으로 감액경정한 부분은 각하하고 나머지 심판청구는 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 이 사건 세무조사를 통하여 2016년 기초재고자산과 기말재고자산이 과소계상되었다고 판단하였음에도 기초재고자산의 과소계상액은 고려하지 아니한 채 기말재고자산만을 증액하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 연도별로 과세하는 소득세에서 2016년 기초재고자산을 제대로 고려하지 않았을 뿐만 아니라 과세표준과 세액의 경정을 실지조사에 의하지 않았으므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판 단

가. 소득세법 제80조 제3항 및 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제142조 제1항, 제143조 제1항의 각 규정내용을 종합하면, 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치․기장한 바 없더라도 계약서등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정하여야 하고, 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

나. 앞서 인정한 사실관계, 앞서 든 각 증거 및 갑 제4호증의 기재 등에 의하여 알 수있는 다음 사정들을 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 피고는 이 사건 세무조사를 통한 실지조사에 의하여 2016년 기초재고자산이 밝혀졌음에도 이를 고려하지 않은 채 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 실지조사에 의하지 않은 경정으로서 위법하여 취소되어야 한다.

① 소득세법 제5조 제1항은 소득세의 과세기간을 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 규정하고 있으므로, 2016년 귀속 종합소득세를 산정할 때에도 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지의 소득을 기준으로 하여야 한다. 2016년의 소득을 계산할 때 기초재고자산은 2015년 및 그 이전에 발생한 원가가 자산화된 것이므로 2016년에 비용이 되는 반면, 기말재고자산은 2016년에 발생한 원가가 자산화되는 것이므로 2016년에는 비용이 되지 아니하고 이후에 처분됨으로써 비용이 된다. 따라서 2016년 기초재고자산은 2016년 귀속 종합소득세의 과세표준을 산정하기 위한 구성요소이다.

② 이 사건 세무조사는 원고의 2016년 귀속 종합소득세에 관하여 이루어졌는데, 피고는 위 세무조사에서 2016년 기초재고자산을 확인하기 위하여 2015년 기말재고자산에 관한 조사를 실시한 결과 2015년 기말재고자산을 ○○○○원으로 파악하여 ○○○○원이 과소계상되었다고 판단하였고, 2016년 기말재고자산을 ○○○○원으로 파악하여 ○○○○원이 과소계상되었다고 판단하였다. 2015년 기말재고자산은 2016년 기초 재고자산을 의미하므로 위와 같이 실제 금액을 파악한 이상 2016년 귀속 종합소득세 산정에 이를 고려하여야 한다.

③ 피고는 이 사건 세무조사에서 동일한 방법으로 2015년 기말재고자산과 2016년 기말재고자산을 조사하여 확인한 점, 위 세무조사는 2018. 5. 2.부터 2018. 6. 1.까지 1개월에 걸쳐 이루어진 점, 피고가 2016년 기말재고자산에 관하여는 실지조사에 의한 것으로서 타당하고 합리적으로 산출되었다고 주장하고 있는 점, 위 세무조사에서 확인한 2015년 기말재고자산 산정에 필요한 증빙서류가 없다거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없다고 볼 만한 자료가 없는 점 등을 고려하면, 피고가 파악한 2015년 기말재고자산이 2016년 기말재고자산과 달리 원고의 자의적인 추정에 따라 산정된 것에 불과하다고 단정할 수 없고, 이 또한 실지조사에 의한 것이므로 그 밝혀진 금액을 기준으로 종합소득세의 과세표준을 결정함이 타당하다.

④ 2016년 귀속 종합소득세를 산정하면서 2016년 기초재고자산을 이 사건 세무조사에서 확인한 금액으로 증액하는 경우에는 2016년 기초재고자산 금액이 ○○○○원이 됨에 반하여, 이 사건 심판결정에 따라 ○○○○자 2015년 귀속 종합소득세 경정처분이 취소된 결과 2015년 기말재고자산이 ○○○○원이 되어 원칙적으로 동일하여야 할 두 금액이 상당한 차이가 있게 된다. 그런데 이 사건 심판결정은 이 사건 세무조사가 2016년 귀속 종합소득세를 조사범위로 하였음에도 2015년 기말재고자산을 경정하면서 2015년 귀속 종합소득세를 경정한 것일 뿐만 아니라 2015년 기초재고자산이 정상적으로 계상되었는지는 조사하지 않은 점 등을 이유로 한 것이므로, 그 차이가 있을 수밖에 없다.

⑤ 피고는 국세기본법 제81조의3이 규정한 납세자의 성실성 추정에 따라 원고가 ○○○○ 신고한 2015년 기말재고자산을 진실한 것으로 보고 2015년 기말재고자산을 2016년 기초재고자산으로 하여 이 사건 처분을 하였으므로 적법하다고 주장한다. 그러나 2016년 귀속 종합소득세에 관하여 이 사건 세무조사가 실시되어 2016년 기초재고 자산을 조사하게 된 점, 2016년 귀속 종합소득세의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있어 소득세법 제80조 제2항 제1호에 따라 그 과세표준과 세액이 경정되게 된 점 등을 고려하면, 원고의 2016년 기초재고자산 신고에 관하여 납세자의 성실성이 추정된다고 할 수 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.