청구인은 부산광역시 중구 OOO동 OOOOOO에 사업장을 두고 농수산물 수출입업을 영위하는 사람으로서 중국으로부터 91년 144,306,600원, 92년 24,924,600원의 건고사리를 면세수입하여 판매한 사실이 있다.

처분청은 수입 농수산물에 대한 감사결과 청구인이 수입한 건고사리는 부가가치세가 면제되는 미가공식료품에 해당하지 않는다고 보아 93.10.18 청구인에게 91년 제1기분 18,970,290원 및 92년 제1기분 3,224,000원의 부가가치세를 경정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.12.16 이의신청, 94.3.2 심사청구를 거쳐 94.6.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 수입한 건고사리는 장기보존과 운반취급의 편의를 위하여 단순히 물에 삶아 건조시킨 것으로 더이상의 조제를 거치지 않아 본래의 성질이 변하지 아니한 단순 1차 가공만 하였으므로 이를 가공식료품이라고 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하며, 더구나 89년부터 부가가치세를 면제받아 면세통관해 오던 물품을 추후에 면세품목이 아니라고 하여 과세하는 것은 소급과세로서 국세기본법 제18조(소급과세의 금지)에 위배된다.

(2) 또한, 부산세관으로부터 추징고지된 부가가치세 91년분 14,430,250원과 92년분 2,492,460원은 부가가치세법시행령 제60조(매입세액의 범위) 제1항 제2호에 따라 경정기관에 의하여 확인된 매입세액으로서 매출세액에서 공제되어야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인이 수입한 삶아 건조한 건고사리는 원상의 것·절단한 것·얇게 썬 것·파쇄한 것 또는 분상의 것이 아니고 원상에서 추가로 조제한 것이어서 부가가치세법 시행규칙 제10조(미가공식료품의 범위) 제1항 및 제2항의 별표1(미가공식품분류표)에서 규정하는 부가가치세가 면제되는 미가공식료품에 해당되지 아니하므로 원래 부가가치세가 면제되지 않는 것이고, 일반납세자에게 수년동안 관행으로 받아들여진 것을 새로운 해석으로 과세하는 것이 아니므로 소급과세가 아니다.

(2) 매입세액을 공제받기 위해서는 세금계산서 또는 수입세금계산서를 교부받아 관할 세무서에 제출하여야 하는데, 청구인은 수입한 건고사리에 대하여 세관에서 사후에 경정한 부가가치세를 납부하여 세금계산서를 교부받아 제출한 것이 아니므로 처분청이 매입세액을 공제하지 아니한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인이 중국으로부터 수입하여 국내에 판매한 삶아 건조한 건고사리를 가공식료품으로 보아 부가가치세를 추징한 처분의 당부와

(2) 수입통관시 면세품목으로 분류되어 왔던 건고사리를 추후에 과세품목으로 보아 부가가치세를 부과한 처분이 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부 및

(3) 수입 건고사리에 대하여 세관에서 추징고지한 부가가치세를 매입세액으로 공제해 주어야 하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

부가가치세법 제12조(면세) 제2항 제1호, 같은법시행령 제28조(미가공식품의 범위) 제1항 및 제40조(수입미가공 식품의 범위) 제1항에서 채소류로서 가공되지 아니하거나 건조·냉동·염장·포장·기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차가공을 거쳐 식용에 공하는 수입 미가공식료품에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있다.

청구인이 중국으로부터 수입하여 국내에 판매한 삶아 건조한 건고사리를 부가가치세가 부과되는 가공식료품으로 볼 수 있는지를 살펴보면, 부가가치세법 제12조 제2항에서 채소류로서 “가공되지 아니하였다”함은 수확 또는 채집된 상태 그대로의 것이거나 수확 또는 채집된 상태에서 흙, 뿌리등을 제거한 상태의 것으로 해석되고, “1차가공을 거쳤다”함은 채소류를 염장·냉동·포장·기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 가공을 거친 것을 의미한다고 해석되는 바, 청구인이 수입 건고사리는 삶아서 건조한 것이므로 이는 미가공 채소류 또는 염장·냉동·포장한 것에 해당되지 아니한다 할 것(대법원93누22296, 94.4.15, 국심94관3, 93.12.14 및 국심94관6, 94.1.18 같은 뜻임)이어서 부가가치세 면제대상이 되지 아니하므로 청구인의 주장은 이유없는 것으로 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

수입통관시 면세품목으로 분류되어 왔던 건고사리를 과세품목으로 보아 부가가치세를 과세한 처분이 국세기본법 제18조에서 정한 소급과세금지원칙에 위배되는지를 살펴보면, 면세관행이 성립하기 위해서는 처분청이 수입 건고사리에 대하여 면세물품에 해당된다는 명시적 또는 묵시적인 언동이 있어야 하고 이러한 과세관청의 언동을 신뢰하여 행동하는데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하는 바(부산고법93구3189, 93.10.8 참고),

이건에 관하여 『물에 삶아서 건조한 채소는 부가가치세가 면제되는 수입미가공식료품에 해당되지 않는다』라는 재무부장관의 유권해석(부가22601-1747, 94.2.10)은 부가가치세법에 관한 새로운 해석이 아니고 세법의 해석·적용에 있어서 일어날 수 있는 오류를 방지하기 위하여 법 조문의 의미를 분명히 한 것에 불과하고, 건고사리는 최근에야 수입이 이루어져 관행이 성립할 여지가 없었으므로 당초 청구인이 신고납부한 세액에 부족이 있는 사실이 발견된 이상 관련법령에 의하여 그 부족액을 추징하는 것은 당연하다 할 것이므로 이 부분 또한 이유없는 것으로 판단된다.(국심94부 2462, 94.7.4 같은 뜻임)

라. 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항 제1호에서 같은법 제16조(세금계산서) 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 같은법 제20조(세금계산서 등의 제출)에 따라 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하지 아니한 경우 등에는 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법 제16조 제3항과 같은법 기본통칙 5-3-7···17(수입세금계산서에 의한 매입세액공제)에서는 사업자가 자기의 사업과 관련된 재화의 수입에 따른 수입세금계산서를 수입일이 속하는 과세기간 경과후에 교부받은 때에는 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있도록 규정하고 있다.

수입 건고사리에 대하여 세관에서 추징한 부가가치세를 매입세액으로 공제해 주어야 하는지를 살펴보면, 수입세금계산서는 관세청 고시 제87-459호 “수입세금계산서교부요령” 제3조에 의하여 부가가치세를 징수하는 때에 교부되는 것이며 매입세액공제는 동 부가가치세를 납부하고 교부받은 수입세금계산서를 관할세무서에 제출하여야 가능한 것이나, 청구인은 수입 건고사리에 대해 부산세관으로부터의 부가가치세 추징고지가 있은 후 동 세액을 납부하지 아니하여 이에 따른 수입세금계산서를 처분청에 제출하지 아니하였으므로 청구인이 추징세액을 납부하고 수입세금계산서를 부산세관으로 부터 발급받아 그 납부세액을 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받는 것은 별론으로 하더라도 청구주장대로 91년 및 92년분 부가가치세 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수는 없다고 할 것이다.

따라서 처분청이 부산세관으로 부터 청구인에게 추징고지된 부가가치세를 매입세액으로 공제하지 아니한 처분에는 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

마. 그러므로 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.