청구인은 서울시 성동구 OO동 OOOOO에 주소를 둔 사람으로서 청구인이 강남구 OO동 OOOOO에 소재한 대지 940.4평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 82.10.16 청구외 OOO, OOO, OOO로부터 강남구 OO동 OOOOO 소재 대지 294.7평방미터와 같은곳 OOOOOO 소재 대지 524.2평방미터를 82.9.29 각각 매입하였고 이를 한필지로 합병하여 서초구 OO동 OOOOO로 지번을 변경한 후 87.4.22(준공일) 위 지상에 건물 729.41평방미터를 신축하여 88.5.17 청구외 OO증권주식회사에 4,348,400,000원에 양도한 후 토지의 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 하여 양도소득세를 신고·납부한데 대하여 처분청은 취득당시 3필지 중 1필지인 쟁점토지의 실지 취득가액이 710,000,000원이라 하여 합병된 토지 중 쟁점토지는 실지거래가액으로 하고, 나머지 토지는 취득가액을 환산가액으로 하여 90.2.16자로 청구인에게 90년도(88년 귀속) 수시분 양도소득세 986,308,600원 및 동 방위세 197,261,720원을 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 90.3.27 심사청구를 거쳐 90.7.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인이 강남구 OO동 OOOOO 소재 대지 940.4평방미터를 82.10.16 청구외 OOO, OOO, OOO로부터 강남구 OO동 OOOOO 소재 대지 294.7평방미터와 같은곳 OOOOOO 소재 대지 524.2평방미터를 82.9.29 각각 매입하여 보유하다가 87.4.11 상기 3필지의 토지를 합병하여(합병후 신지번 서초구 OO동 OOO) 87.4.22 위 지상에 건물 729.41평방미터를 신축하고 이를 88.5.17 청구외 OO증권주식회사에 4,348,400,000원에 양도한 데 대하여 처분청은 위 OO동 OOO의 대지에 대하여는 실지취득가액이 710,000,000원이라 하여 동 대지분에 대하여만 실지거래가액으로 하여 과세하였는 바,

소득세법상 쌍방 모두의 실거래가액 과세는 과세객체가 취득시부터 양도시까지 동일한 형태일 경우를 전제로 하는 것이지 이 건의 부동산과 같이 각기 다른 시점에서 취득한 토지를 합병하여 건물을 신축 양도한 경우에는 부분적으로 실지거래가액을 조사하여 과세할 수는 없는 것이며, 또한 처분청이 인정한 취득가액도 계약서 등에 의한 금액이 아니라 사실내용과 다른 전소유자의 확인서에 의한 가액을 실지거래가액으로 인정함은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 국세청장 의견

이 건 사실관계를 보면, 쟁점토지의 양도자인 청구외 OOO, OOO, OOO는 청구인에게 쟁점토지를 82.10.16 평당 2,500,000원씩 총 710,000,000원에 양도하였음을 확인하고 있다.

반면에 청구인은 쟁점토지의 실지거래가액이 710,000,000원이 아니라고 주장하면서도 이를 입증할 수 있는 계약서, 금융자료 등의 제기가 없고 또 오래된 일이라 기억할 수 없다고 한다.

그러나 쟁점토지는 청구인이 7년전에 취득한 것으로 취득당시에 평당 얼마 주었는지, 총 매매대금이 얼마인지를 모르겠다는 주장은 신빙성이 있어 보이지 아니하므로 처분청이 청구외 OOO, OOO이 확인한 실지거래가액인 710,000,000원을 쟁점토지의 취득가액으로 하여 이건 양도소득세 등을 과세한 당초처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점토지의 취득가액을 전소유자가 확인한 금액 710,000,000원으로 인정하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

청구인이 강남구 OO동 OOO의 대지 940.4평방미터는 82.10.16, 같은동 OOOOO외 1필지의 대지 818.9평방미터는 82.9.29에 각각 취득하여 이를 한필지로 합병(합병후의 지번 : 서초구 OO동 OOO)하고, 그 후 동 지상에 건물 729.41평방미터를 신축(준공일 : 87.4.22)하여 토지와 건물을 88.5.17 OO증권주식회사에 4,348,400,000원(토지분 : 4,208,400,000원, 건물분 : 140,000,000원)에 양도한 데 대하여 처분청은 위 OO동 OOO의 대지 940.4평방미터의 실지취득가액을 710,000,000원으로 인정하고, 동 토지분에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 산정(잔여 부동산의 양도차익은 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 하여 산정함)하여 이 건 양도소득세를 부과하였는 바,

청구인은 양도시는 토지가 합병되어 한필지로 양도되었고, 처분청이 인정한 쟁점토지의 취득가액은 사실내용과 다른 전소유자의 확인서에 의한 금액인데 사실내용과 다른 확인서상의 금액을 취득가액으로 채택하여 과세함은 부당하다고 주장하고 있다.

이 건 부동산의 양도시 시행된 소득세법 시행령 제170조 제1항에서는 법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고 어느하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제4항 제1호 및 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른하나는 제115조 제1항 제1호(다)목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고 있고 제2항에서는 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명 한때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다라고 규정하고 있는 바,

청구인이 이 건 부동산을 토지는 4,208,400,000원, 건물은 140,000,000원, 합계 4,348,400,000원으로 하여 OO증권주식회사에 양도한 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건에 있어 처분청이 쟁점토지에 대한 취득가액을 710,000,000원으로 인정하고 양도소득세를 부과한 처분이 정당한지의 여부에 대하여 살펴보면,

청구인이 이 건 토지 중 OO동 OOO의 대지 940.4평방미터는 청구외 OOO외 2인(공유)으로부터 82.10.16에, OO동 OOOOO외 1필지의 대지 729.41평방미터는 82.9.29에 각각 취득한 후 이를 87.5.8 한필지(현지번 : 서초구 OO동 OOO)로 합병한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고 있고, 위 OO동 OOO의 대지 940.4평방미터의 전소유자인 청구외 OOO, OOO의 확인서와 이들이 서울지방국세청장에게 진술한 내용을 보면, 쟁점토지를 3인(OOO, OOO, OOO)이 공동으로 소유하고 있던 중 82.10.16 성동구 OO동 OOOOO OOO에게 평당 250만원씩 총금액 710,000,000원에 양도한 사실이 있다고 각각 확인하고 있고, 청구인은 동 금액이 사실과 다르다는 여타의 입증자료제시도 있지 아니하므로 쟁점토지의 실지 취득가액은 전소유자가 확인한 금액 710,000,000원은 신빙성이 있다고 보아진다.

그러하다면 청구인이 이 건 부동산을 법인에게 양도하여 그 거래가액이 확인되고 있고 그 중 각 자산별로 취득한 쟁점부동산의 취득가액은 위와 같이 확인되고 있으므로 처분청이 실지거래가액(취득 및 양도가액)이 확인된 쟁점부동산의 양도차익은 실지거래가액에 의하고, 취득가액이 확인되지 아니한 부동산의 양도차익은 취득가액을 환산가액으로 하여 산정하고 이 건 양도소득세를 과세한 당초처분에는 달리 잘못이 없다고 보아지고 청구주장은 이유없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.