가. 청구법인은 1997.6.27. 환경오염방지 시설업 등을 목적사업으로하여 설립된 법인으로 2009.10.26. OOO 토지3,714.5㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 동 지상 건축물840㎡(이하 “이 건건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 「지방세법」(2010.3.3. 법률제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조에 규정하고있는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 과세면제받았다.

나.처분청은 2011.9.5. 이 건 부동산에 대한 현지조사 결과, 청구법인이 이 건 건축물 중 538.1㎡(이하 “쟁점건축물”이라 하고,부속토지를 포함하여“쟁점부동산”이라 한다)를 기업부설연구소로사용하지아니하고 사무실 등의 용도로 사용하고 있는 사실을확인하고 쟁점부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로하여 산출한 취득세OOO, 농어촌특별세 OOO,등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을2011.11.1. 청구법인에게 부과고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2011.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 연구소의 연구결과물을 가지고 엔지니어링, 시험생산,제품생산, 영업활동까지 일괄시스템으로 사업을 하는 R&D형 기업으로연구소를 다른 용도로 사용하는 것은 불가능하고 R&D형 기업으로 상호 유기적인 업무 처리가 없을시 연구소 설립의 의미 자체가 없고, 연구원이 사용하는 건물에도 주사용처와 부사용처가 있으며, R&D형기업으로서 인정한 재단법인 OOO의 입주 허락에 따라 입주한 것임에도 처분청이쟁점부동산을 연구소가 아닌 다른 용도로 사용한다고 하여 당초감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 OOO로부터 이 건 부동산을 인수한 후, 연구소인력과 기자재를 확충하였고, 또한 건물도 1층옥상에 내력벽으로 구성되고 철제빔으로 건축되어 향후 증축이 가능한 이 건 부동산을 인수하였으며, 건물증축을 위하여 운영자금을 확보 중이고, 재단법인 OOO에는 입주시 연구기자재 확충 계획서와 실제확충한 결과를 제출하였는바, 이 건부동산은 「지방세법」 제276조에서규정하고 있는 산업단지용 부동산에 해당하므로 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」 제282조의 감면 규정은 토지 또는 건축물을 취득한 후, 4년 이내에 「기술개발촉진법 시행령」 제15조의 규정에의한기준을 갖춘 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에대하여취득세 등을 면제한다는 것으로, 그 취득일로부터4년 내에 다른 용도로사용하지 아니하고 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 과정을 거쳐OOO으로 부터 기업부설연구소로 인정을 받은 경우에 한하여 취득세 등을 면제한다는규정이므로 기업부설연구소 인정부분이 아닌 사무실 등의 다른 용도로 사용한 쟁점부동산은 감면대상에 해당하지 아니한다.

(2) 「지방세법」 제276조의 규정에 의한 산업단지 등에 대한 감면은산업기술단지안에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는경우에 한정되어 있으며 이미 산업용 건축물이 소재하고 있는 산업단지내의 부동산을 유상승계 취득한 경우에는 취득세등의 면제대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로 이에 대한 청구법인의 주장 또한 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 사무실 등의 용도로 사용하고 있는 부동산을 기업부설연구소용부동산에 해당하지 아니한다고 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

(2)이 건 부동산이 산업용 건축물 등을 증축하기 위하여취득한 부동산에해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.3. 법률제10221호로 개정되기 전의 것)

제276조(산업단지 등에 대한 감면) ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감( 「수도권정비계획법」제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제228조(기업부설연구소) 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.

(3) 「기술개발촉진법」(법률 10445호 2011.6.10. 개정되기 전의 것)

제7조(특정연구개발사업의 추진 등) ① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다.

2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

(4) 「기술개발촉진법 시행령」(대통령령 제21806호 2009.11.2. 개정되기 전의 것)

제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제7조 제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상

2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상

3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조 치법」 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소: 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은2009.10.23. OOO와 이 건 부동산 매매 계약을 체결하였고, 2009.10.26. 이 건 부동산을 취득한 후, 기업부설 연구소용 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면 받았고,사단법인 OOO은2010.1.15.청구법인에게 이 건 부동산을 소재지로 하는 기업부설연구소인정서 교부하였고, 인증면적은151.36㎡로 기재되어 있다.

(나)한편, 처분청 세무담당공무원은2011.8.2.부터 2011.9.5.까지의 기간중에 3차례에 걸쳐 이 건 부동산 현지조사를 실시하였고, 현지 조사결과서에는 청구법인이 이 건 부동산을 연구소 및 사무실 등의 용도로사용하고 있고, 이 건 건축물 중 연구실, 실험실 및 파일럿실 등으로사용하는 면적 301.90㎡(전용면적 190.08㎡, 공용면적 111.82㎡)를 기업부설연구소 면적으로, 대표이사실, 영업팀 및 관리팀 등 사무실로 사용하는 면적 538.10㎡(전용면적 338.80㎡, 공용면적 199.30㎡)를 비 기업부설연구소 면적으로 조사하였다.

(2)먼저, 쟁점(1)과 관련하여사무실 등의 용도로 사용하고 있는 부동산을 기업부설연구소용 부동산에 해당하지 아니한다고 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 대하여 본다.

청구법인은연구소의 연구결과물을 가지고 엔지니어링, 시험생산,제품생산, 영업활동까지 일괄시스템으로 사업을 하는 R&D형 기업으로이 건 부동산을 연구소 외의 다른 용도로 사용하지 아니하였다고 주장하지만,

「지방세법」제282조에서 규정하고 있는 기업부설연구소용에 직접사용하는 부동산이라 함은 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기위한 일련의절차를 거쳐 소정의 기간 내에 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 후, 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다 할 것이고,

처분청은 사실조사를 통하여 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 인증받은 면적을 기준으로 연구소로 전용하는 건축물 면적 부분을구분한 후,동 부분에 해당하는공용면적부분을 가산한 면적(부속토지 포함)을 기업부설연구소로 직접 사용하는부동산으로 보았으며, 연구소로 직접 사용한것으로 보기 어려운 대표이사실, 영업팀 및 관리팀등의사무실 용도로사용한 쟁점부동산을다른 용도에 사용한 것으로 보아 동 부분에 대한취득세 등을 추징하였으므로 이에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로,이 건 부동산이 산업용 건축물 등을 증축하기 위하여취득한부동산에 해당하는지 여부에 대하여 본다.

청구법인은향후 증축이 가능한 이 건 부동산을 인수하였으며, 건축물증축을 위하여 운영자금을 확보중이고, 재단법인 OOO에 입주시 연구기자재 확충 계획서와 실제확충한 결과를 제출하였으므로이 건 부동산은 산업용 건축물 등을 증축하기 위하여취득한부동산이라주장하지만,

청구법인은 토지상에 기존 건축물이 있는 이 건 부동산을 기업부설연구소용에 사용하기 위하여 승계취득하여 기존 건축물을 기업부설연구소및 사무실 등의 용도로 사용하고 있으므로 이러한 사실에비추어 보면청구법인은 기존 건축물을 사용하기 위함을 전제로 이 건 부동산을 취득하였다고보는 것이 합리적이라 할 것인 바, 이 건 부동산을취득한 후, 장래에 이 건토지상에 건축물을증축하고자 하는 의도가 있다하여이 건 부동산을산업용 건축물 등을 증축하기 위하여 취득한 부동산으로보기는 어렵다 할 것이므로 이에 대한 청구법인의 주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세기 본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조제1항제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.