2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 **시 **읍 ★★리 12-16에서 일반 플라스틱성형품 제조 및 판매업 등 을 영위하고 있는 법인으로서 2006. 12. 1. 주주변동으로 인해 자산총액이 5천억 원을 초과하는 외국법인 ○○가 원고의 발행주식 100%를 소유하게 되었는데, 2006사업연도 및 2007사업연도에 대한 법인세를 선고하면서 조세특례제한법(이하 '조세특례제한법'이라고 한 다) 제26조에서 규정한 중소기업에 대한 임시투자세액공제를 적용하였다.

나. 원고는 2008. 4. 7. 피고에게 2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 중소기업기본법 시행령(이하 '중기법 개정령'이라고 한다) 제3조에서 '자산총액이 5천억 원 이상인 법인이 발행주식 총수의 30/100 이상을 소유하는 기업은 중소기엽에 해당되지 않는다'로 개정되었으나, 중기법 개정령 부칙 제2항에서 '종전규정에 의한 중소기업은 영 시행일 이후 3년간 중소기업에 해당한다'는 경과조치가 있으므로 원고는 2008. 12. 27.까지는 중소기업에 해당하고, 이에 따라 2006 사업연도 및 2007사업연도 법인세에 대하여 조세특례제한법 제7조에서 규정한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여야 한다 고 주장하면서 2006 사업연도 법인세 96,459,495원 및 2007 사업연도 법인세 112,727,281원을 과다하게 납부하였으니 환급하여 달라고 경정청구를 하였다.

다. 이에 피고는 2008. 11. 11. 원고에게 '중기법 개정령 시행일 이후에 자산총액이 5천억 원 이상인 비상장법인이 새로이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에는 중기법 개정령 부칙의 유예기간 적용을 받지 않는다'는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 1. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 4. 28. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고의주장

(1) 중기법 개정령 부칙 제2항의 경과규정은 개정령이 시행됨으로 인하여 이전에는 중소기업으로 인정받았을 기업이 향후에 중소기업에서 배제되는 모든 경우에 적용된다고 보아야 하므로, 개정령 시행 이후에 새로이 중소기업에서 배제된 원고에게는 경과 규정이 적용되지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 중소기업청은 전자민원 공식답변에서 '중기법 개정령의 시행당시에 중소기업에 해당하는 기업이 개정령의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 된 경우뿐만 아 니라 개정령 시행 이후에 설립된 법인도 통일하게 적용된다'고 해석하였고, 재정경제부 조세특례정책과는 '자산총액 5천억 원 이상이 비상장법인이 발행주식의 30% 이상을 소유하고 있는 기업은 중기법 개정령 시행일부터 3년간 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 해당한다'고 공적인 견해를 표명(재조예-281호, 2007. 4. 26.)한 바 있으므로, 위 공적견해표명을 신뢰한 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 신의성실 및 조세관행존중의 법칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 중기법개정령부칙제2항의경과규정적용여부

(가) 조세특례제한법 제7조 제1항에 의하면, 중소기업 중 감면업종(제조업 등)을 영위하는 기업에 대하여는 2008. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 감면비울을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한 다는 '중소기업에 대한 특별세액감면'에 관한 사항을 규정하면서, 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에서 그 중소기업의 범위를 제조업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 '상 시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 중기법 시행령 [별표 1]의 규모기준 이내이고, 실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것'의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다고 규정하고 있고, 중기법 개정령 [별표 1]의 규모 기준은 제조업의 경우 '상시근로자수 300인 미만 또는 자본금 80억 원 이하'이며, 중기법 개정령 제3조 제2호에 의한 실질적 독립성의 기준은 '자산총액이 5천억 원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아니고, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것'이라고 규정하면서, 중기법 개정령 부칙 제2항에서 '이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간을 이를 중소기업으로 본다'고 규정하고 있다. 한편, 2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 구 중기법 시행령 제3조 제2호에서는 소유 및 경영의 실질적인 독립성의 기준으로 '증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액이 5천억 원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것'이라고 규정하고 있다.

(나) 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1995. 7. 1.부터 플라스틱 제조업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 2006 사업연도의 상시근로자수는 118명, 자본금 10억 원이고, 2007 사업연도의 상시근로자수는 134명, 자본금 10억 원인 사실, 원고는 당초 소외 최☆☆ 외 6인이 소유하고 있다가 2006. 12. 1. 주주가 변동되어 자산총액이 5천억 원 이상인 외국법인 ○○가 원고가 발행한 주식 100%를 소유하게 된 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실 및 앞서 본 관련 규정을 종합하여 보면, 원고는 2006. 12. 1. 이전까지는 조세특례제한법 및 중기법에 규정된 중소기업에 해당되었으나 2006. 12. 1. 자산총액이 5천억 원 이상인 외국법인이 원고의 발행주식 총수 100%를 소유하게 됨으로써 2005. 12. 27.부터 시행된 중기법 개정령상의 실질적 독립성 기준에 적합하지 않게 되어 중소기업에 해당되지 않게 되었음을 알 수 있다.

따라서, 원고의 경우에 중기법 개정령 부칙 제2항의 경과규정이 적용되는지, 즉 원고가 '이 영 시행 당시 종전 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우'에 해당하는지가 문제되는데, ① 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법 령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 개정 법령을 기준으로 하여야 한다는 점, ② 부칙의 경과조치는 시행령 개정으로 인한 제도변경 등으로 인해 기존 법령에 의해 혜택을 누리고 있었던 기업들에 대하여 기업경영의 안정성을 보장하고자 일정기간 적용시한을 연기하여 기한의 이익을 주는 제도라는 점, ③ 조세특례제한법 시행 령 제2조 제2항 단서 제3호에 의하면 중소기업이 실질적 독립성이 없는 기업으로 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 경과규정은 중기법 개정령 시행 당시 중소기업에 해당 하는 기업이 다른 요건의 변동 없이 오직 개정령의 시행만으로 인하여 중소기업에 해 당하지 않게 되는 경우에만 적용되는 것이고, 원고의 경우처럼 중기법 개정령 시행 이후에 자산총액 5천억 원 이상의 외국법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하게 되어 실질적 독립성의 요건에 변동이 생김으로써 새로이 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에는 위 경과규정이 적용되지 않고, 요건 변동 당시 시행되는 중기법 개정령의 기준에 의함이 타당하므로, 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

(2) 신의성실및조세관행존중의법칙위반여부

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 중소기업청이 2008. 4. 23. 전자 질의응답 민원에서 '부칙 규정은 중기법 개정령의 시행 당시에 중소기업에 해당하는 기업이 개정령의 시행으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우뿐만 아니라 개정령 시행 이후에 설립된 법인도 동일하게 적용된다'고 답변한 사실, 재정경제부 조세특례정책과 는 2007. 4. 26.경 조세특례제한법상 중소기업범위 판단시 중기법 시행령 부칙 경과규정을 적용 하여 통 법인이 중소기업에 해당한다고 볼 것인지 여부에 대한 질의에서 '자산총액 5천억 원 이상인 비상장법인이 발행주식의 30% 이상을 소유하고 있는 기업은 중기법 개정령 시행일부터 3년간 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 해당한다'고 회신한 사실을 인정할 수 있으나, 중소기업청의 전자민원에 대한 답변을 과세관청의 공적인 견해표명이라고 볼 수는 없고, 재정경제부 조세특례정책과의 회신은 조세특례제한법상 중소 기업범위 판단시 중기법 시행령 부칙 경과규정에 의해 중소기엽으로 보는 기업은 동 기간 동안 조세특례제한법상 중소기업에 해당하는 것으로 본다고 해석할 것일 뿐, 원고의 경우처럼 중기법 개정령 시행 이후에 자산총액이 5천억 원 이상인 비상장법인이 새로이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에도 조세특례제한법상 중소기업에 해당하는 것으로 본다는 견해를 표명한 것은 아니라고 보이므로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.