처분청은 청구인이 85.4.22 충청남도 공주시 OO동 OOOOOOO 대지 62㎡지분 2분지1을 청구외 학교법인 OO학원으로부터 매매를 원인으로 취득하여 90.2.23 매매계약하고, 90.3.23 중도금, 90.10.8 잔금을 수령한 사실에 대하여 잔금청산일을 양도시기로 보아 양도가액을 개별공시지가로 평가하고 취득가액은 양도가액으로 환산한 가액으로 하여 93.1.18 ’90년도귀속분 양도소득세 11,187,770원 및 동 방위세 2,237,550원을 결정고지하였으나, 청구인이 이에 불복 93.2.17 이의신청을 제기하여 실제양도가액을 양도차익으로 보아 양도소득세 7,885,910원 및 동 방위세 1,577,180원으로 감액경정 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.2.17 이의신청, 93.5.24 심사청구를 거쳐 93.8.31 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 쟁점토지를 90.2.23 매매계약하고 90.3.23 중도금 90.10.8 잔금을 수령하여 공시지가 적용시점인 90.9.1 이전에 계약이 이루어졌으므로 양도시기는 중도금 수령일인 90.3.23 이며, 쟁점토지를 양도하고 양도소득세 확정신고를 하지 않았다 하더라도 취득 및 양도시 실지거래액이 확인되고 있으므로 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세하여야 하며, 처분청이 재산제세사무처리규정에 의거 양도소득세 사전안내서 및 자진납부서를 양도일로부터 2년이 지난후에 청구인에게 송달하고 이 건 처분을 하면서 재산제세사무처리규정은 내부규정에 불과하므로 사전안내서를 적기에 송달하지 아니하였다 하더라도 위법한 것은 아니라고 함은 행정편의적인 처사로서 부당하다고 주장하고 있으며,

국세청장은 청구인이 제시한 매매계약서 및 대금수령증에 의하면 쟁점토지의 대금청산일이 90.10.8로 확인되므로 이 날을 쟁점토지의 양도시기로 본 과세처분은 정당하며, 청구인은 신고와 무관하게 실지거래가액이 확인되면 실지거래가액에 의한 과세를 주장하나 청구인은 쟁점토지를 양도하고 자산양도차익예정신고 및 과세표준확정신고를 이행하지 아니하여 기준시가로 과세한 처분에는 잘못이 없다고 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은

① 쟁점토지의 양도시기를 개별공시지가가 적용시점 이후인 90.10.8로 보아 과세한 처분이 타당한지 여부

② 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산할 수 있는지 여부

③ 재산제세사무처리규정에 의한 양도소득세 사전안내서를 양도일로부터 2년이 경과한 후에 발송하였을 경우 그 양도소득세 결정고지처분이 위법한지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

나. 관계법령

소득세법 제27조 및 동법시행령 제53조 제1항 제1호의 규정에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고 있고 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하며 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있고, 동법 제23조 제4항 및 동법 제45조 제1항 제1호의 규정에는 자산의 양도 및 취득가액은 그 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한다. 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있으며, 동법시행령 제170조 제4항 제3호 규정에는 대통령령이 정하는 경우를 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우로 규정하고 있다.

다. 각 쟁점별로 검토하여 본다.

(1) 쟁점토지의 양도시기를 공시지가 적용시점 이후인 90.10.8로 보아 과세한 처분이 타당한지 여부를 살펴보면,

청구인이 청구외 OOO과 사이에 체결한 매매계약서 및 등기부등본을 보면 90.2.23 매매계약하여 90.3.23 중도금, 90.10.8 잔금을 수령하기로 약정하고 있으며 90.10.16 쟁점토지에 대한 소유권이전을 경료한 사실을 알 수 있고 이 사실은 청구인도 인정하고 있다.

처분청은 쟁점토지의 잔금청산일인 90.10.8 을 양도시기로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 청구인은 공시지가 적용시점인 90.9.1 이전에 계약이 이루어졌고 중도금을 90.3.23 수령하였으므로 중도금수령일이 양도시기라고 주장한다.

이를 검토하여 보면, 청구인이 제시한 매매계약서에 의하면 쟁점토지의 대금청산일이 90.10.8로 확인되므로 이 날을 쟁점토지의 양도시기로 본 것에 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산할 수 있는지 여부를 살펴보면,

실지거래가액을 인정받을 수 있는 경우는 소득세법시행령 제170조 제4항 제3호의 규정에 의하면 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고지 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우로 규정하고 있는 바, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 자산양도차익예전신고 및 과세표준확정신고를 이행하지 아니하였으므로 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 것이 타당하다 할 것이나 청구인의 경우 기준시가에 의하여 계산한 양도차익이 실지양도가액을 초과하므로 대법원 판례(대법원 91누360, 91.5.28)에 따라 실지양도가액 2,000만원을 한도로 하여 양도차익을 인정한 것에 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 처분청이 재산제세사무처리규정에 의하여 양도소득세 사전안내서를 2년여 경과한 후 발송하였을 경우 그 양도소득세 결정고지 처분이 위법한지 여부를 살펴보면,

청구인은 쟁점토지를 청구외 OOO에게 90.10.16 소유권이전을 하였고 처분청의 양도소득세 사전안내서는 등기이전후 2년여 경과한 92.9.29 수령하였음을 알 수 있다.

이를 검토하여 보면, 재산제세사무처리 규정은 국세청장이 훈령으로 정한 내부규정으로 일반국민에 대하여는 효력이 미치지 아니하며 따라서 처분청이 재산제세사무처리규정에 따라 안내문을 발송하지 아니하였다 할지라도 이는 양도소득세 부과처분의 영향을 미치지 아니한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.