2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2009. 3. 31. 주식회사 화원이 분할되어 설립된 회사이다.

나. 주식회사 화원의 소유인 부산 강서구 지사동 1352 잡종지 23,801.4m(이하 '이 사건 토지'라고 한다)에 관하여 2009. 3. 31 회사분할을 이유로 2009. 4. 30. 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 2009. 4. 28. 법인세법 제46조 제1항 각호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 이 사건 토지를 취득하였다는 이유로 지방세감면신청을 하고 청구취지 기재 각 세금을 납부하지 않았다.

라. 피고는 2010. 10. 20, 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 분할등기일에 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속하지 않았다는 이유로 2011. 4. 11. 이 사건 부동산의 취득가액 3,687,779,905원을 과세준으로 하여 취득세 103,530,710원, 농어촌특별세 10,353,050원, 등록세 77,648,020원, 지방교육세 14,423,260원 합계 205,955,040원을 부과하였다.

마. 원고는 2011. 2. 22. 과세전적부심사청구를 하였는데, 부산광역시장은 2011. 3. 22. 이를 불채택하였고, 원고의 이의신청과 조세심판청구는 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 분할등기일이 속한 사업연도의 종료일까지 주식회사 화원으로부터 승계받은 사업을 계속하였으므로, 이 사건 처분은 사실관계를 오인한 것으로서 위법하다.

2) 원고가 등록세 등을 감면받을 당시 조세제한특례법에는 추징규정이 없었음에도 불구하고 개정된 법률을 소급하여 추징한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 감면요건에 해당하는지 여부에 대한 판단

가) 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제119조 제1 항 제10호, 제120조 제1항 제9호는 '법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 동법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기의 경우 취득세와 등록세를 면제한다'고 규정하고 있고, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항은 분할의 요건으로, '분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것(제1호), 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것(제2호), 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것(제3호)'으로 규정하고 있으며, 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제82조 제4항은 '분할신설법인이 승계한 자산에 대한 분할평가차익의 손금산입 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정 등에 관하여 제80조 제3항 및 제6항을 준용한다'고 규정하고, 제80조 제3항은 '합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다'고 규정하고 있다.

위와 같이 조세특례제한법이 분할신설법인에 대하여 등록세와 취득세를 면제하는 것은 분할법인이 그의 사업에 사용하던 재산을 분할신설법인이 취득하여 승계받은 사업에 계속 사용하는 경우에 다시 취득세와 등록세를 부과하는 것은 분할법인과 분할 신설법인의 동질성, 사업의 연속성에 비추어 부당하다는 측면을 감안한 것이므로, 분할 신설법인이 취득세와 등록세를 면제받기 위하여는 분할신설법인이 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 분할법인의 사업을 승계받고 그 사업에 사용되던 재산을 분할로 인하여 취득하였을 뿐 아니라, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계한 사업에 직접 사용하여야 할 것이고, 토지를 사업에 직접 사용하였다고 하기 위하여는 사업자가 당해 토지에 그 사업을 위한 인·허가를 받고 토목공사에 착공하는 등 실제로 그 토지를 사용하는 것을 말하고, 단순히 그 토지에 사업을 하기 위한 용역계약을 체결하거나 인·허가신청만을 한 경우는 이에 포함되지 않는다고 할 것이다.

나) 이 사건에 돌아와 살피건대, 앞서 든 증거들에 갑 제6호증의 1 내지 갑 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 분할 전 회사인 주식회사 화원은 이 사건 토지를 취득한 후인 2006. 12, 29. 이 사건 토지에 폐기물처리장을 설치하기 위하여 주식회사 한가람과 사이에 매립시설 설계, 측량 및 지질조사, 협의내용 변경, 인허가에 관한 용역계약을 체결하였을 뿐 폐기물처리사업을 위하여 이 사건 토지를 직접 사용하지 아니한 사실, ② 주식회사 화원은 2009. 11. 20. 위 용역계약을 합의해지한 사실, ③ 2009. 3. 31. 주식회사 화원의 분할로 설립된 원고는 같은 해 4. 30. 이 사건 토지를 취득한 후 주식회사 삼영기술과 사이에 이 사건 토지에 관한 토목설계 및 실시계획인가에 관한 용역계약을 체결하고 2010. 3. 10. 계약금 2,750만 원을 지급하고, 2009. 12. 1. 부산진해경제자유구역청장에게 이 사건 토지에 폐기물매립장을 조성하는 내용의 도시계획시설사업(폐기물처리시설) 사업시행자지정 및 실시계획 인가신청서를 제출하였는데, 그 신청서에 첨부된 사업계획서에는 사업착수 예정일이 2010년 3월로, 처리업허가신청 예정일이 2010년 4월로 기재되어 있는 사실, 부산진해경제자유구역청장은 2010. 4. 8. 원고가 신청한 도시계획시설 사업시행자 지정 및 실시계획을 인가한 사실을 인정할 수 있다.

위와 같이 분할법인인 주식회사 화원이 이 사건 토지에 폐기물매립장을 설치하기 위하여 주식회사 한가람과 사이에 매립시설 설계, 측량 및 지질조사토목설계 등의 용역계약만을 체결하고, 이 사건 토지에 관한 인·허가신청조차 하지 아니한 이상 이 사건 토지를 자신의 사업에 사용하였다고 할 수 없고, 원고가 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일인 2009. 12. 31.까지 도시계획시설사업(폐기물처리시설) 사업시행자지정 및 실시계획인가신청서 만을 제출하고, 이 사건 토지에 폐기물매립장을 설치하기 위한 공사에 착수조차 하지 아니한 이상 이 사건 토지를 승계받은 사업에 직접 사용하였다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 토지는 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호가 정한 취득세 및 등록세의 감면요건에 해당되지 아니하므로 이 부분

원고의 주장은 이유 없다.

2) 소급추징 주장에 대한 판단

원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 시행되고 있던 조세특례제한법이 법인세법 제46조 제1항 각호의 요건을 갖춘 법인분할로 인하여 취득하는 재산에 관하여 취득세와 등록세를 면제받은 경우 면제받은 취득세와 등록세를 추징하는 규정을 두고 있지 아니 함은 원고 주장과 같다.

그러나 앞서 본 관련 법령에 의하면, 이 사건과 같이 법인분할로 인하여 취득하는 재산에 관하여 취득세와 등록세를 면제받기 위하여는 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하여야 하는바, 이와 같은 요건이 충족되었는지 여부는 재산을 취득할 당시에는 알 수 없고, 분할 등기일이 속한 사업연도의 종료일이 되어서야 비로소 확정되는 것이다.

그런데 조세특례제한법 제119조와 제120조가 규정하는 면제받은 취득세와 등록세의 추징은 재산을 취득할 당시 이미 면제요건을 충족하고 그 후 취득재산을 다른 목적에 사용하거나 처분하는 등 개별적인 사정 변경을 요건으로 하고, 이 사건과 같이 재산을 취득할 당시 면제요건을 충족하였는지 알 수 없는 경우에 있어서 과세관청으로서는 분할등기일이 속한 사업연도의 종료일이 경과한 후 면제요건의 충족 여부를 확인한 다음 면제요건이 충족되지 않았다면 납세자가 면제신청을 하고 납부하지 아니한 취득세와 등록세를 부과할 수 있다고 할 것이고, 이러한 부과처분은 애초부터 면제요건이 충족되지 아니함을 원인으로 하는 것이어서 이미 면제된 취득세와 등록세를 추징하는 것과 법령상의 요건을 달리하는 것이므로 개별적인 사정 변경을 요건으로 하는 추징규정을 필요로 하는 것은 아니다. 따라서 이 부분 원고의 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사권민오.

판사장민경

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심급 사건

참조조문