부가가치세법 제16조 (세금계산서)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 무역업을 영위하는 회사로서 아래와 같이 주식회사 ☆☆쥬얼리 등(이하 '소외 업체들'이라고 한다.)으로부터 외화획득용 원재료 구매승인서(이하 '이 사건 구매 승인서'라고 한다.)를 제시받고 금지금을 판매한 후, 그 공급가액에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 원고의 이 사건 구매승인서의 발급절차에 중대한 하자가 있다는 이유로 그에 따른 금지금 판매에 대하여 영세율 적용을 배제하였다. 피고는 또한 원고가 실제 금지금 거래일 다음 달의 10일 이전에 발행한 세금계산서 14건(2000년 1기 : 8건, 2000년 2기 : 6건)에 대하여, 부가가치세법 기본통칙 16-59-1에 의하면 실제 공급일자에 세금계산서를 교부한 후에야 다음달 10일 이전에 수정세금계산서를 발행할 수 있는 것 임에도 원고가 실제 공급일자에 세금계산서를 교부하지 않아 수정세금계산서의 교부대상이 될 수 없다는 이유로 이를 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 세금계산서 불성실 가산세(이하 '이 사건 가산세'라고 한다.)를 부과하였다. 피고는 위와 같이 영세율 적용을 배제하고 여기에 이 사건 가산세를 더하여 원고에게 2005. 6. 30.과 2005. 12. 14. 2000년 1기분 부가가치세 10,074,536,680원과 2000년 2기분 부가가치세 4,922,982,500원을 각 부과하였다(이하 합쳐서 '이 사건 처분'이라고 한다).

다. 피고는 이 사건 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 7. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의주장

(가) 원고는 부가가치세법령에 따라 소외 업체들로부터 외국환은행장이 발생한 이 사건 구매승인서를 제공받고 금지금을 공급한 것이므로 영세율의 적용대상이라고 할 것이고, 설령 소외 업체들이 원고로부터 공급받은 금지금을 수출용도에 사용하지 않고 내국에 유통하였다고 하더라도 원고가 소외 업체들의 의사를 알 수 있었던 것도 아니므로 이 경우에도 영세율이 적용되어야 한다.

(나) 원고는 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제3호에 따라 이 사건 가산세가 부과된 14건의 거래에 관하 여 실제 거래일자의 다음달 10일 이전에 발급된 구매승인서에 근거하여 적법하게 세금 계산서를 교부한 것이다 따라서 피고가 위 14건의 거래에 대하여 이 사건 가산세를 부과한 것은 위법하다.

(2) 피고의주장

이 사건 구매승인서는 외국환은행에 발급신청사 수출신용장이나 수출계약서 등이 첨부되지 않은 것으로서 발급절차에 중대한 하자가 있다. 소외 업체들은 금지금을 전량 수출하겠다고 허위 신고한 후 실제로는 도관업체와 폭탄업체를 거치며 부가가치세를 포탈하는 변칙거래를 통해 매입물량 전부를 국내에 매출하였는데, 원고는 소외 업체들과 공모하여 그와 같은 금지금의 변칙거래를 조력했거나 적어도 이를 알면서도 묵인을 하였다. 따라서 원고의 금지금 판매에 대하여 영세율을 적용할 수는 없다.

나. 관계법령

별지관계법령기재와같다.

다. 판단

(1) 첫번째주장에대한판단

이 사건 구매승인서의 발급절차상 수출계약서 등 구비서류를 첨부하지 않은 등의 하자가 있었다는 점만으로 외국환은행장이 발급한 위 구매승인서가 당연무효라고 볼 수는 없고, 위와 같은 발급절차상의 하자가 있었더라도 원고가 그러한 하자를 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 위 구매승인서에 따른 금지금의 공급이 영세율의 적용대상에서 제외될 수는 없으며, 이러한 특별한 사정은 조세부과처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임을 부담하는 피고가 입증하여야 한다(대법원 2004. 8. 30. 선고 2002두9100 판결 참조).

살피건대, 을 제2 내지 4호증, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6 내지 9호증의 각 기재만으로는 원고가 소외 업체들로부터 제출받은 이 사건 구매승인서의 발급절차에 하자가 있음을 알았다고 인정하가에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 피고는 원고가 최소한의 주의의무만 다했어도 이 사건 구매승인서의 발급하자 또는 소외 업체 들이 수출을 빙자하여 공급받은 금지금을 국내에 유통하리라는 사정을 알 수 있었을 것이라고 주장하나, 부가가치세법령에 구매승인서의 하자를 과실 또는 중과실로 알지 못한 공급자를 영세율 적용대상에서 제외한다는 규정이 없으므로 이유 없다. 따라서 이 사건 구매승인서에 따른 원고의 금지금 판매를 영세율 적용대상에서 제외한 것은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다.

(2) 두번째주장에대한판단

(가) 가산세의 부과 등 과세처분의 적법성은 과세관청에게 입증책임이 있다(대법원 2002두1588 판결 등 참조). 원고는 이 사건 처분 중 이 사건 가산세 부분의 위법을 주장하며 그 취소를 구하고 있는바, 피고는 이 사건 가산세 부분이 적법하게 부과되었다는 점을 적극 입증하여야 할 것이다. 그러나 피고는 이 사건 변론과정에서 이 사건 가산세의 적법 여부에 관한 아무런 명시적 주장도 하지 않고 있으며, 관련증거의 제출 등 묵시적인 주장으로 선해할 만한 아무런 소송행위도 하지 않았다. 결국 이 사건 가산세가 적법하게 부과되었음을 인정할 증거가 없으므로 이 사건 가산세의 부과는 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

(나) 가정적으로, 피고가 이 사건 가산세의 부과가 적법하다고 주장하였다고 보아 그 적법 여부에 관해 판단해 본다.

부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항, 같은 법 시행령 제54조 제3호의 규정에 의하면 사업자가 재화를 공급하는 때에는 원칙 적으로 재화가 인도되는 때 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하여야 하며, 예외적으로 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 되어 있다.

한편 부가가치세법 기본통칙 16-59-1은 '세금계산서를 교부한 후'에 그 기재사항에 관하여 정정사유가 발생한 경우 수정세금계산서를 교부하는 절차와 방법에 관하여 규정하고 있다. 그러나 부가가치세법 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이고, 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정할 수도 없으며(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결 참조), 부가가치 세법 기본통칙 16-59-1이 부가가치세법 시행령 제54조 제3호에 관한 규정이라고 볼 근거도 없으므로 이를 위 시행령 규정에 대한 해석기준으로 삼을 수도 없다.

따라서 부가가치세법 시행령 제54조 제3호가 재화 또는 용역의 거래시기와 다른 때에 세금계산서를 공급할 수 있는 경우로서 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되고 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우를 규정하고 있는 이상, 위 요건을 충족하는 경우 당초 공급일자에 세금계산서를 발행했는지 여부에 상관없이 실제 거래시기와 다른 때에 세금계산서를 교부할 수 있다고 봄이 옳고, 그 문언상 반드시 당초 공급일자에 세금계산서를 교부한 후 다시 수정세금계산서를 발행할 수 있다고 제한하여 해석할 수도 없다. 따라서 피고가 이 사건 가산세를 부과한 것은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.