가. 청구인은 1991.4.27. OOO동 56 주공아파트 302동 406호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축으로 인해 OOOOO OOO OOO OO-O OOOOO 105동 2302호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2001.12.1. 취득하였고, 다시 신축주택을 2006.5.9. 양도하고 2009.11.2.실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후「 조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하고 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은「 조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한감면대상이 아니라고 보아 2012.3.2.청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.5.27. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

종전「 조세특례제한법」제99조의3 제1항은 2001.5.23.～2003.6.30. 기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세 감면대상으로 규정하면서 같은 항 단서에서 당해 신축주택이 종전 「소득세법」제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하였으나, 개정「 조세특례제한법」제99조의3 제1항 단서는 2003.1.1. 이후 양도되는 신축주택의 경우 2002.12.18. 법률 제6871호로 개정된 「소득세법」제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하면서도 같은 법 부칙 제29조 제2항은 개정「소득세법」시행일인 2003.1.1. 전에 착공하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 자가 건설한 신축주택에 대하여는 종전「 조세특례제한법」제99조의3 제1항을 적용하도록 경과규정을 두고 있으므로 이 요건에 해당하는 신축주택을 양도하는 경우에는 종전「 조세특례제한법」제99조의3 제1항의 규정에 따라 종전 「소득세법」제89조 제3호에 규정된 고급주택 기준에 따라 과세특례 적용여부가 결정되어야 하므로 쟁점아파트는 2000.3.16. 재건축공사를 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받은 자가 건설한 신축주택에 해당하고, 종전 「소득세법」제89조 제3호 같은 법 시행령 제156조에 규정된 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정「조세특례제한법 」부칙 제29조 제2항 및 종전「 조세특례제한법」제99조의3 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면함이 타당하다.

나. 처분청 의견

「 조세특례제한법」제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를감면하도록 명확히 규정되어 있으며, 재산세과-227(2009.1.20)외 예규 등에서 재건축주택에 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석하고 있고, 재건축 사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우에는 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로 양도소득세 감면대상이 되는 소득금액은 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생한 소득을 의미한다고 봄이 타당하므로 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「 조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「 조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 1991.4.27.청구인은 종전주택을 취득하였고, 2001.12.1. 재건축으로 인해 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2006.11.30.이고, 2006.5.9. 신축주택을 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(나)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 「조세특례제한법」제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2003.4.30.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「 조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하고 있다.

(2) 살피건대,「 조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「 조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「 조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.