처분청은 청구인이 1996.10.24. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ 토지 329.3㎡, 건물 1,046.65㎡(이하 이 사건 부동산 이라고 한다)를 취득한 후, 1996.10.26. 지방세법 제131조제1항제3호2목의 규정에 의거 과세표준을 1,880,000,000원으로 하여 등록세 56,400,000원, 교육세 11,280,000원, 합계 67,680,000원을 신고납부하고 1996.10.28. 소유권이전등기를 하였으나, 서울지방검찰청에서 2003형제67405호 사건의 수사와 관련하여 등록세를 포탈한 사실을 적발하고 외사61110-2185(2003.7.19.)호에 의거 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에 포탈된 등록세를 추징토록 통보함에 따라 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것)제138조제1항의 세율을 적용하여 기납부한 세액을 차감하고 등록세 270,720,000원(가산세 포함), 지방교육세 49,632,000원(가산세 포함), 합계 320,352,000원을 2003.8.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1987.6.30. 설립되어 반도체 크린룸 내부공사업, 악세스후로아 제작설치공사업, 알루미늄제품 제조판매업, 설비공사업, 반도체 제조장비의 제작, 수출, 수입 및 관련기술의 도입, 부동산임대업 등을 사업목적으로 하는 법인으로서 1989.10.11. 한국ㅇㅇㅇㅇㅇ협회 회원으로 가입하였고, 1996.

8.29. 이 사건 부동산의 소재지에 지점을 설치하고 1996.8.30. 지점등기를 한 후 1996.10.28. 소유권이전등기를 하면서 구 지방세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것) 제101조제1항제7호의 규정에 의거 대도시내 법인중과세의 예외업종에 해당되어 일반세율을 적용하여 등록세 등을 신고납부 하였으며, 1996.10.28. 소유권이전등기가 경료된 이후 1년이내에 이 사건 부동산을 법인중과세 예외업종에 직접 사용하지 아니하여 청구인이 이에 대한 등록세 중과세 신고납부의무를 이행하지 아니하였다고 하더라도, 과세권자는 등록세 중과세 판단의 기산일을 부동산의 등기일인 1996.10.28.을 등록세 부과제척기간으로 보아야 하므로 등기일부터 1년이 경과한 1997.10월부터 부과제척기간 5년을 적용하여 2002년 10월에 부과제척기간이 만료되는 것이고, 처분청에서 청구인이 담당공무원에게 뇌물을 준 사실을 근거로 부과제척기간을 10년이라고 주장하고 있지만 조세범처벌법에서 규정한 사기 기타 부정한 행위라 함은 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것(대법원판례, 95도1301, 1996.6.14.)이므로 청구인은 의도적으로 과세관청에 허위서류를 제출하는 등 기망행위를 하지 아니하였으므로, 처분청에서 단순히 검찰에서 통보한 사실을 근거로 하여 등록세의 중과세율을 적용하여 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 반도체 크린룸 내부공사업이 대도시내 법인중과세의 예외업종에 해당되는 지 여부와 납세자의 부정한 행위로 등록세를 경감받은 경우 5년이 경과한 후에 등록세를 추징할 수 있는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것)제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다라고 하고 다만, 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다라고 하면서, 제1호에서 대통령령으로 정하는 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기라고 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(1997.10.1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것)제101조제1항에서 지방세법 제138조제1항 단서의 규정에서 대통령령으로 정하는 업종이라 함은 다음 각호와 같다라고 하고, 제7호에서 공업발전법 제3조의 규정에 의하여 상공자원부장관이 고시하는 첨단기술산업이라고 규정하고 있으며, 제2항에서는 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 지방세법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다라고 규정하고 있다. 또한, 구 지방세법(2003.12.31. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것)제30조4에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년간)부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다라고 하면서 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제14조의2제1항에서 지방세법 제30조의4제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다라고 하고, 제1호에서 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날이라고 규정하고 있다.

이에 대하여 청구인은 1996.8.30. ㅇㅇ지점을 신설하고 1996.10.24.에 이 사건 부동산을 취득한 후 1996.10.28. 소유권이전등기를 하였으므로 일단 등록세 중과세 대상이 되나, 동지점은 등록세 중과세 대상에서 제외되는 공업발전법 제3조의2 제4항의 규정에 의한 첨단기술 및 제품의 범위에 해당됨이 산업자원부 질의회신(반도체전기과-383, 2004.4.2.)에 의하여 확인되고 있으므로 등록세 중과세 대상이 되지 아니하지만 1년이내에 중과세 제외업종에 직접 사용하지 아니하면 추징대상이 됨을 알 수 있고, 청구인은 이 사건 부동산을 등기한 후 1년이 지난 1997.10.28.현재 지하1층은 유흥음식점, 지상1층은 일반음식점, 지상2층은 일반사무실로 사용하고 있었으므로 추징대상이 된다 할 것이며, 이때 부과권의 제척기간은 소유권이전등기일부터 1년이 경과한 날부터 기산하여야 할 것이므로 2002.10.28.까지 추징하면 되는 것이라 하겠다. 그런데, 처분청은 청구인이 1996.10.26. 일반세율로 등록세를 신고납부 하면서 담당공무원에게 뇌물을 준 사실이 검찰수사결과 밝혀졌으므로 뇌물로 인해 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에 해당되어 제척기간이 일반적인 경우와 달리 10년간이 된다고 하여 일반적인 제척기간인 5년이 경과한 2003.8.11.에 등록세를 추가로 부과고지 하였으나, 조세범처벌법 제9조제1항의 규정에서 사기 또는 기타 부정한 행위라는 것은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 아니하는 것(대법원판례, 95도1301, 1996.6.14.)이라 하겠으므로, 청구인의 경우와 같이 등록세 중과세 대상이 되는 지의 여부가 확정되지 아니한 1996.10.26.에 뇌물을 주었다고 하더라도 그로 인하여 처분청이 등록세를 중과세 하는 것을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다고 볼 수 없다 하겠으므로, 이 사건 등록세 부과처분은 제척기간이 경과한 후에 부과고지 한 것으로서 취소되어야 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 5. 31.

행 정 자 치 부 장 관