가.청구인은 1996.12.22. 상속으로 취득한 충청남도 아산시 배방면 장재리 323 답 145㎡, 같은 곳 323-2 답 130㎡, 같은 곳 323-3 답 19㎡, 같은 곳 323-4 답 29㎡, 같은 곳 324 답 273㎡, 같은 곳 324-2 답 395㎡, 같은 곳 325-1 답 173㎡, 같은 곳 325-4 답 168㎡, 계 8필지 1,332㎡ 중 청구인 지분(각 6분의 1, 이하 “쟁점토지”라 한다)이 2004.8.20. 아산배방 신도시 택지개발사업으로 수용되어 대한주택공사에 양도하고 2004.10.30.쟁점토지가 지정지역에 소재하고 있어 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하면서 8년 자경농지로 보아 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 현지 확인한 바, 쟁점토지가 양도당시 농지가 아니라는 이유로 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 부인하고 2005.12.7. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 9,643,590원을 결정고지하였다.

다. 한편, 청구인은 이 건 과세직전인 2005.12.6. 쟁점토지의 양도소득세를 기준시가로 경정해 달라는 경정청구서를 처분청에 제출하였으나, 2006.2.1. 처분청은 청구인이 2005.5.31.까지 확정신고를 하여야 하나 기한 후 신고하였다는 이유로 경정청구의 거부처분을 하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2006.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지 외에도 같은 곳 323-1 소재 토지 등(이하 “쟁점외토지”라 한다)을 경작하다가 쟁점외토지만 장항선 철도용지로 편입되어 2002.10.25. 수용되었고, 장항선 확장공사를 하면서 인근토지(쟁점토지) 위에 각종 건설자재가 쌓이고 공사차량의 진출입로로 사용되어 농사를 지을 수 없는 상황이라 여러 번 항의를 하였으나 공사가 완료되면 농지로 환원할 것이라는 공사관계자의 말을 듣고 공사가 완료되기를 기다리던 중 쟁점토지가 신도시 택지개발사업에 편입되어 수용되었다. 따라서, 청구인이 쟁점토지 양도당시 농지로 사용하지 못한 것은 불가항력적인 것으로서 일시적인 휴경농지에 해당되므로 쟁점토지에 대해서도 8년 이상 자경농지로 인정하여야 한다.

쟁점토지는 양도당시 지정지역에 소재하고 있어 실지거래가액 신고대상이라 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하였고, 8년 이상 자경농지에 해당된다고 보았기 때문에 감면신청을 하였으며, 2004.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조에 의거 지정지역 내의 토지라 하더라도 수용되는 토지에 대하여는 기준시가로 신고할 수 있도록 개정되었으나 청구인은 기준시가로 경정청구를 할 실익이 없다고 보았기 때문에 확정신고기한까지 경정청구를 하지 아니한 것이다. 따라서, 쟁점토지를 8년 이상 자경농지로 인정할 수 없다면 청구인이 비록 확정신고기한까지 기준시가로 신고하지 아니하였다 하더라도 경정청구기한 내에 적법하게 경정청구를 하였으므로 쟁점토지의 양도에 대해서도 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

자경농지에 대한 양도소득세를 감면받기 위해서는 양도일 현재 농지를 기준으로 하되 양도일 이전에 매매계약 조건에 따라 매수자가 형질변경 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하도록 되어 있는 바, 쟁점토지는 대한주택공사에서 2002년도에 촬영한 토지현황사진에 의하면, 장항선 공사장 재적지로 활용되고 있는 것으로 확인되고, 2004년 촬영한 사진에 의하면 묵답으로 확인되는 등 양도일 현재 농지로 활용이 불가능한 상태로 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

또한, 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2에서 규정하는 지정지역에 소재한 부동산을 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세과세표준에 대한 예정신고를 2004년도에 이행한 경우 확정신고 기한 이후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지에 대하여 양도일 현재 농지가 아니라는 이유로 8년 이상 자경농지로 인정하지 아니한 처분의 당부

② 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세표준신고(8년 자경농지로 감면신청)한 후 확정신고기한 경과 후에 기준시가로 양도차익을 계산하여 경정청구할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 내용 생략] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

(2) 조세특례제한법시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호내용 생략) 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시 광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도 농복합형태의 시의 읍 면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. (단서 생략)

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

(3) 조세특례제한법시행규칙 제27조【농지의 범위 등】① 영 제66조 제3항의 규정에 의한 농지는 전 답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막 퇴비사 양수장 지소 농도 수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제3항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업 농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년) 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시 구 읍 면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사, 농업 농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 5년) 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것

(4) 국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

(5) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 실지거래가액 이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

(6) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

(7) 조세특례제한법 제85조(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것)【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

(8) 조세특례제한법 부칙(2004.12.31. 법률 제7322호) 제12조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1996.12.22. 망부로부터 쟁점토지 및 쟁점외토지를 상속으로 취득하였고, 2002.10.25. 쟁점외토지만 장항선 철도부지로 수용되어 양도하면서 8년 이상 자경농지로 인정받았다.

그 후, 쟁점토지도 2004.8.20. 아산배방 신도시택지개발 사업으로 수용되어 양도되었는 바, 쟁점토지는 쟁점외토지의 양도일인 2002.10.25. 이후로 장항선 공사현장의 공사자재 등을 적치하던 재적지 등으로 활용하다가 양도하였음이 과세관련 자료에 의하여 확인되며 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 먼저, 처분청은 쟁점토지가 양도당시 농지가 아니므로 8년 이상 자경농지로 인정할 수 없다는 의견이고, 청구인은 양도당시 농지는 아니라 하더라도 지적법상 농지이고 양도당시 농지로 사용하지 못한 이유가 불가항력적인 것이므로 이를 일시적 휴경농지로 보아 8년 이상 자경농지로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 8년 이상 자경농지로 양도소득세 감면대상 농지인지 여부를 결정함에 있어서는 공부상 지목이 농지라도 양도일 현재 실제 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 토지소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 이상 양도일 현재 농지로 볼 수 없으므로 양도소득세 감면대상인 토지에 해당하지 아니하는 것이나, 구체적 사정에 비추어 보아 다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우 일시적 휴경상태로 보아야 하고 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도에 해당된다 할 것이다(대법원 97누706, 1998.9.22. 같은 뜻임).

(나) 그러나, 쟁점토지는 양도당시 농지가 아닌 공사자재를 적치하던 재적지 등으로 활용하던 토지이고 양도당시에는 택지개발지구로 지정되어 수용된 점을 감안할 때 다시 농경지로 이용될 수 있다고 볼 수 없으므로 일시적인 휴경농지로 보여지지는 아니한다.

(다) 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 자경한 농지를 양도함에 있어서 양도일 현재 사실상 농지이어야 한다고 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 경우 일시적 휴경상태로 보기 어려우므로 8년 이상 자경하였다는 사실만으로 자경농지 감면규정을 적용하여 달라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세표준예정신고(8년 자경농지로 감면신청)한 후, 확정신고기한 경과 후에 기준시가로 양도차익을 계산하여 경정청구할 수 있는지 이에 대하여 본다.

(가) 2004.12.31. 법률제7322호로 개정된 조세특례제한법 제85조(신설)의 규정에 의하면,지정지역 내의 부동산에 대해서도 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동 법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하면서 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며,2004.12.31. 법률제7322호부칙 제12조의 규정에 의하면, 법(조세특례제한법) 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 쟁점토지는 지정지역에 소재하고 있고 2004.8.20. 수용으로 양도되었으므로 양도당시 시행되던 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의거 실지거래가액의 과세(신고)대상이나, 2005.5.31. 과세표준확정신고시까지개정된 조세특례제한법 제85조의 규정에 의거 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세표준확정신고를 할 수 있었음을 알 수 있다.

(다) 청구인은 2004.10.30. 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하면서 8년 이상 자경농지로 감면신청한 후 확정신고를 하지 아니하였고, 이 건 과세직전인 2005.12.6. 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 경정해 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 2005.5.31.까지 기준시가로 확정신고를 하여야 하나 동 기한 이후에 경정청구를 하였다는 이유로 2006.2.1. 청구인의 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다.

(라) 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 따라 실지거래가액 과세대상이나, 공익사업용으로 수용(양도)되는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준확정신고 기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되는 토지라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하겠다는 것이므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액에 따라 산정할 수밖에 없다 할 것이다.

(마) 따라서, 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해달라는 내용의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 국세심판관 합동회의 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006년 9월 8일

의 장 채 수 열

배석국세심판관 이 광 호

이 영 우

주 영 섭

임 성 균

이 도 호

김 완 석

김 재 구

서 희 열

안 경 봉

이 상 기

이 전 오

장 인 태

허 병 우