처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1993. 11. 4. 여성의류 제조 및 도매업을 목적으로 설립된 법인으로 2010

사업연도에는 0,000억원, 2011 사업연도에는 0,000억원, 2012 사업연도에는 0,000억원, 2013 사업연도에는 0,000억원의 매출액을 달성하였는바, 원고의 매출액이 2010 사업연도에 최초로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 '구조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제2조 제2항 본문에 따라 2010 사업연도부터 2013사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.

나. 한편, 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용

하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면

서 제3조 제2호에서 2011. 1. 1.부터 중소기업의 실질적 독립성의 요건으로 다목을 추

가하여 '관계회사'에 속하는 기업이 중소기업의 규모기준을 충족할 것을 규정하였다.

이후 구 조세특례제한법 시행령은 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서,

제2조 제1항 제3호 전단 및 제2조 제2항 단서에서 중소기업기본법 시행령 제3조 제2

호 다목의 관계회사 기준을 도입하여 관계회사의 매출액 합계 등이 중소기업 제외기준

을 충족하는 경우에는 제외기준 충족 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주던 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하고, 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단의

개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.

다. 원고의 대표이사 000은 2013. 6. 26. 원고 법인의 주식 중 00,000주(30%)를

주식회사 0000(이하 '0000'라 한다)에 양도하였다.

라. 원고는 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고하면서, 중소기업 유예기간 중에

있음을 이유로 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제7조, 제10조에 따라 특별세액감면 및 연구・인력개발비 세액공제를 적용한 세액을 신

고하였다.

마. 피고는 원고와 0000가 관계회사에 해당되고 두 법인의 매출을 합칠 경우 2013 사업연도 환산 매출액이 0,000억원으로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2014. 1. 4. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제2조 제2항 단서, 같은 조 제1항 제3호에 따라 중소기업에 해당되지 않는다는 이유로 2014. 12. 1. 원고에게 각종 세액공제율을 미적용한 후2013년도 법인세 000원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으

나, 2015. 6. 18. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 사유

가. 원고의 주장

1) 원고는 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 넘어 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 이미 발생했고, 다만 중소기업 유예기간 적용을 받아온 것일 뿐이어서 중소기업기본법 시행령 및 개정 조세특례제한법 시행령에 따른 관계회사 기준의 도입으로 비로소 중소기업에 해당하지 않게 된 것이 아니므로, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에서 유예기간 적용제외 사유로 규정한 '다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우'에 해당하지 않는다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 중소기업 유예기간을 적용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 특정사업연도의 관계회사 성립 여부는 직전 사업연도 말일의 지분관계를 기준으로 판단하여야 하는바, 원고의 대표이사 000은 2013. 6. 26.에서야 0000에 원고 법인의 주식을 양도하였고 원고의 2013 사업연도 법인세 산정과정에서는 2012 사업연도의 원고와 0000의 지분관계만을 고려하여야 하므로 원고와 0000를 관계회사에 해당한다고 볼 수 없다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 원고와 0000가 2013년도에 관계회사에 해당한다고 본 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 단서의 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있는바, 원고의 경우 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 의하여 유예기간의 적용을 받을 수 없는지 여부가 문제된다.

살피건대, 위 인정사실과 관계 법령의 내용 및 형식 등에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 중소기업기본법 시행령 및 개정 조세특례제한법 시행령에서 중소기업 요건으로 관계회사 기준을 도입함에 따라 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 '중소기업'에 해당하지 않는다 하더라도, 이미 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 원고에게 부여된 기존의 유예기간은 실효되지 않는다고 봄이 타당하다.

① 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 "제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그

사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다"라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언에 의하면, 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간 동안은 조세감면 요건인 중소기업에 해당하는지 여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 아니하고 중소기업으로 간주하는 것으로 해석함이 상당하고, 이러한 해석이 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수 없다.

② 또한 위 관계 법령의 문언 및 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호는 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간 적용 제한 사유에서 제외하고 있어, 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간을 부여할 것인지 여부는 입법 정책의 문제인 것으로 보이는 점, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목은 중소기업의 실질적 독립성 요건으로 관계회사 기준을 도입하면서 부칙 제2조에서 개정 시행령 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011. 12. 31.까지 중소기업으로 보되 다만 관계회사 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외한다고 규정하여 유예기간의 실효 여부에 대하여 규정을 두고 있으나, 개정 조세특례제한법 시행령 부칙은 중소기업기본법 시행령의 관계회사 기준을 중소기업의 요건으로 규정하면서도 종전에 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효 여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않은 점을 고려하면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 "개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문에 해당하는 중소기업이 관계회사에 속하는 기업이어서 관계회사의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함에 따라 비로소 제2조 제1항 본문의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다"는 의미로 해석함이 타당하고, 그 문언의 객관적인 의미를 벗어나서 "개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 아닌 기업으로서 같은 조제2항 본문에 따라 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이 관계회사에 속하는 기업이어서 관계회사의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하는 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다"는 의미로 해석하여 이미 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 규정으로 볼 것은 아니다.

③ 더욱이 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 "유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다"고 하여 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우만을 유예기간이 실효된다고 명시적으로 규정하고 있는바, 이러한 규정에 비추어 보더라도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단의 규정은 원고와 같이 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 부여된 유예기간을 실효시키는 규정으로 보기는 어렵다(설사 이와 달리 해석하더라도, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로, 언제부터 유예기간의 효과가 배제 되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 그 효과가 배제 된다고 해석하는 것은 무리인 것으로 보여, 이러한 점에서도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단을 유예기간 실효규정으로 해석하기는 어렵다. 실제로 유예기간 실효규정인 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 "합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다"라고 규정하여 이미 부여된 유예기간이 실효되는 시점을 분명히 하고 있다).

2) 소결론

원고의 첫 번째 주장을 받아들여 원고에게 중소기업 유예기간이 적용된다고 판단하는 이상 원고의 나머지 주장에 관하여는 더 이상 판단하지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.