청구인은 2003년에 일괄양도한 자산을 2004년에 분할양도한 것으로 하여 수차례 예정신고(이하 “쟁점신고①”이라 한다)를 하였다가, 처분청의 ‘수정신고’ 권유를 받고 2005.12.9. 당초 2004년 귀속으로 예정신고하였던 양도소득을 2003년 귀속 양도소득으로 정정하여 신고(이하 “쟁점신고②”라 한다)하면서, 2004년 귀속분 양도소득세로 쟁점신고①과 함께 납부한 금액을 2003년 귀속분 양도소득세를 기한후신고에 의하여 납부한 세액으로 보아 납부불성실가산세를 2003년 귀속 양도소득세 확정신고기한 다음날인 2004.6.1.부터 쟁점신고①까지의 기간에 대해서만 적용하는 한편, 2003년 귀속으로 확정신고도 하지 아니하고 2004년 귀속으로 예정신고도 하지 아니한 신고누락분에 대해서는 납부불성실가산세를 2004.6.1.부터 쟁점신고②까지의 기간에 대해 적용하여 계산한 금액을 자진하여 신고·납부하였다.

처분청은 2006.4.1. 청구인의 2003년 귀속 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하면서, 쟁점신고①과 함께 납부한 금액은 부적법하게 납부된 금액으로서 쟁점신고②에 의해 치유된 것으로 인정되지 아니하므로 해당 금액은 기납부세액에 해당하지 아니하고 단순히 환급할 금액에 지나지 아니한다고 보아 동 세액을 환급결정하는 한편, 이를 전제로 하여 미납세액을 계산하고 동 미납세액에 대한 납부불성실가산세를 2004.6.1.부터 이 건 결정결의서 작성일인 2006.4.1.까지의 기간에 대하여 적용하여 2006.4.20. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 87,885,200원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구

쟁점신고①이 국세기본법 제45조의3이 규정하는 기한후신고에 해당하므로 이를 무신고로 보아 납부불성실가산세를 2004.6.1.부터 결정결의서 작성일인 2006.4.1.까지 계산하여 부과함은 부당하다.

(2) 예비적 청구

쟁점신고②는 처분청의 ‘수정신고’ 권유를 받고 한 것임에도 불구하고 이를 인정하지 아니하고 2004.6.1부터 2006.4.1.까지의 기간에 대해 납부불성실가산세를 적용한 이 건 처분은 부당하므로, 쟁점신고②를 ‘수정신고’ 또는 ‘기한후신고’로 보아 2004.6.1.부터 수정신고한 2005.12.9.까지의 기간에 대하여 납부불성실가산세를 부과함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 2003.8.8. 청구외 조OO 및 정OO에게 양도한 자산을 2004년 양도분으로 예정신고한 것은 단순한 착오에 의한 것이 아니고 위 양수인의 미등기전매사실을 은폐하기 위하여 의도적으로 허위신고를 한 것이므로 쟁점신고①은 2003년 귀속 양도소득세의 기한후신고로 볼 수 없으며, 이를 무신고로 보아 납부불성실가산세를 계산한 이 건 처분은 정당하다.

또한, 수정신고는 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자에게 인정되는 것이고 이 경우 과세표준신고서가 적법할 것을 전제로 하는 바, 쟁점신고①이 적법한 신고가 아니므로 쟁점신고② 또한 적법한 수정신고로 볼 수 없다고 보아 납부불성실가산세를 계산한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 주위적 청구 : 2003년 귀속분을 2004년 귀속분으로 예정신고한 쟁점신고①을 2003년 귀속분 양도소득세에 대한 기한후신고로 보아 그 납부일 전일까지의 기간에 한하여 납부불성실가산세를 부과하여야 하는지 여부

(2) 예비적 청구 : 쟁점신고①의 귀속연도를 정정하여 신고한 쟁점신고②를 기한후신고로 보아 그 신고납부일 전일까지 납부불성실가산세를 부과하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제115조【양도소득세에 대한 가산세】① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다. ② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

(2) 소득세법 제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(3) 국세기본법 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

(4) 국세기본법 제45조의3【기한후 신고】① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. ② 제1항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출한 자는 기한후 과세표준신고액에 상당하는 세액과 세법에서 정하는 가산세를 기한후 과세표준신고서의 제출과 동시에 납부하여야 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출하고 해당 세액을 납부한 경우 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.

(5) 국세기본법 제51조【국세환급금의 충당과 환급】③ 납세자가 세법에 의하여 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 이를 제2항 제1호 및 제3호의 국세에 충당하기 위하여 청구를 할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 당해 국세를 납부한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판대상은 처분청이 2006.4.20. 청구인에게 고지한 양도소득세 87,885,200원의 부과처분인 바, 과세표준 및 결정세액의 계산 및 신고불성실가산세 부과 등 다른 경정내용에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 2003년 귀속 양도소득금액으로서 확정신고도 하지 아니하고 2004년 귀속으로 예정신고를 한 사실도 없는 ‘신고누락분’을 쟁점신고②에 의하여 자진신고하고 납부한 세액의 납부불성실가산세에 대해서도 다툼이 없는 것으로 확인된다.

(2) 처분청이 2006년 4월 이 건 양도소득세 경정시 납부불성실가산세를 계산한 내역 및 그 근거를 보면 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구인이 2003년 귀속 양도소득금액을 2004년 귀속으로 잘못 신고한 쟁점신고① 뿐 아니라, 2004년 귀속으로 신고하였다가 나중에 OOOO국세청장의 ‘수정신고’ 권유를 받아 2003년 귀속으로 바로잡아 신고한 쟁점신고②의 내용까지, 이를 모두 부적법한 신고라고 보아 동 신고와 함께 납부 또는 충당청구한 금액을 모두 환급결정하였던 바, 그 결과 2006년 4월 이 건 고지일 현재 미납세액이 59,912,179원으로 계산되었다.

(나) 또한, 처분청은 2004년 귀속분으로 신고한 쟁점신고①이 2003년 귀속분에 대한 기한후신고에 해당하지 아니하고 쟁점신고②는 2003년 귀속분에 대한 적법한 수정신고에 해당하지 아니한다고 보아 위 2006.4.20. 현재 미납세액 전액에 대해 미납일수를 670일(2004.6.1～2006.4.1)로 적용하여 납부불성실가산세 12,042,347원을 부과하였다.

(다) 한편, 처분청은 청구인이 쟁점신고②와 함께 자진납부한 세액 39,706,031원 전액을 ‘신고누락분’에 대한 기한후신고·납부한 세액으로 보았으며 동 금액에 대해서는 미납일수를 557일(2004.6.1.～2005.12.9.)로 적용하여 가산세를 6,530,629원으로 계산하였음이 처분청이 제시한 관련 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 이와 같은 처분청의 납부불성실가산세 계산방법은, 소득세법 제115조 제2항이 규정하는 납부불성실가산세액을 계산함에 있어 부적법한 신고에 의해 납부한 금액은 ‘납부하지 아니한 세액’에 해당하는 것으로 본다는 것을 전제로 한 것으로서, 이 건 쟁점신고① 및 쟁점신고②가 국세기본법 제45조가 규정하는 수정신고나 제45조의3이 규정하는 기한후신고에 해당하지 아니하므로 납부불성실가산세가 적용되어야 한다는 취지인 바, 그 당부에 대하여 살펴 본다.

소득세법 제115조 제2항이 규정하는 납부불성실가산세액이라 함은 거주자가 소득세법 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대해 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액을 말하는 것으로서, 이 경우 ‘납부한 세액’에 포함되는 금액은 비단 수정신고나 기한후신고를 하면서 납부한 세액에 국한되는 것은 아니며 청구인이자진납부한 사실 자체가 있으면 족하다고 봄이 타당하다(국심2005서2974, 2006.4.18. 합동회의 같은 뜻임).

즉, 소득세법 시행령 제178조 제3항이 규정하는 ‘자진납부일’은 ‘자진납부한 사실이 있는 날’이라고 볼 것이고 반드시 수정신고나 기한후신고가 있을 것을 요하지는 않는다고 봄이 타당하다고 할 것이다.

(4) 따라서, 청구인이 2003년 귀속으로 확정신고하였어야 할 양도소득세를 2004년 귀속으로 예정신고납부한 세액을 처분청이 2006.2.1. 과오납금으로 보아 환급한 후에 2004.6.1.부터 이 건 결정결의서 작성일까지의 기간에 대해 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하므로 납부불성실가산세의 지연납부일수를 2004.6.1부터 쟁점①신고일(2004년 귀속으로 예정신고납부한 날)까지 계산하여 납부불성실가산세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(5) 예비적 청구에 대해서는 청구인에게 심리의 실익이 없으므로 이의 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 1월 17일

주심국세심판관 주 영 섭

배석국세심판관 이 광 호

남 궁 훈

김 재 구