가. 청구인은 1991.5.14. 취득한 OOO 전 1,329㎡, 같은 리 OOO 전 1,000㎡, 같은 리 OOO 전 10㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.8.29. 아들(OOO․OOO)에게 OOO원에 양도하고, 2016.10.31. 장기보유특별공제를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2016.11.30. 처분청에 쟁점토지를 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 의한 8년 이상 자경한 농지라 하여 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 신고․납부한 양도소득세 중 OOO원의 환급을 구하는 취지로 경정청구하였다.

나. 처분청은 2017.4.26.부터 2017.5.16.까지 청구인에 대한 양도소득세를 조사하여 청구인이 쟁점토지를 자경하였는지 여부가 불분명한 것으로 보아 자경감면을 부인하고, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2017.9.6. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.9.29. 이의신청을 거쳐 2018.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지 소재지에 거주하면서 1991.5.14. 쟁점토지를 취득하여 25년간 보유하였는바, 쟁점토지 취득 후 2000년까지 주택신축판매업과 쟁점토지 경작을 병행하였고, 2000년 이후부터는 영농에만 전념하였다.

(가) 청구인이 재촌한 사실은 주민등록초본으로 나타나고, 쟁점토지를 자경한 사실은 농지원부, OOO농협조합원 가입증명서, 농자재 구매내역 등과 처분청 조사시 제시된 농기계구입내역, 농산물출하 확인서, 쟁점토지 소재지인 OOO 마을이장 외 11명의 농민이 확인한 경작사실확인서, OOO시장이 선정한 2015년도 보행관리기(농기계) 공급사업 대상자 선정서류, OOO시 농업기술센터에서 발급한 농업기계은행 농업기계 임대내역 등을 보면 알 수 있는바, 청구인이 상시 농업에 종사한 농민이 아니면 제시할 수 없는 이러한 객관적인 증빙이 있음에도 처분청이 청구인의 쟁점토지 자경을 인정하지 않는 것은 부당하다.

(나) 청구인은 쟁점토지에 옥수수, 무, 배추, 들깨 등을 본인의 노동력으로 하여 직접 경작하였음에도 처분청은 청구인 및 가족이 보유한 농지가 쟁점토지 외 약 15,000평에 이르는 점을 들어 이를 혼자서 직접 경작하기는 현실적으로 어렵다는 의견이나, 그 중 청구인이 소유한 농지는 약 8,200평이고, 이 중 6,630평에 2005년 일손이 덜 가는 과수나무 및 소나무를 식재하여 관리하고 있으며 식용 농작물을 재배하는 농지는 쟁점토지 약 700평을 포함하여 약 1,570평 정도로 청구인 혼자서 충분히 자경할 수 있는 규모이며, 청구인이 실제 밭작물을 자경하였다.

(다) 또한, 청구인은 농업에 관심이 많고 성공한 영농인이 되기 위하여 공부를 계속하여 2015.12.23. OOO대학교 농학석사 학위를 취득하였고, 2015년 10월 OOO회에서 실시한 제20기 산주․임업인 교육도 수료하였으며, 2016년에는 OOO시 농업기술센타에서 실시한 GAP인증 교육을 이수하는 한편, 사단법인 OOO협회 회원으로 가입하는 등 농민으로서 새로운 농기술을 획득하기 위하여 여러 활동을 전개하였다.

(2) 처분청이 청구인의 자경에 대한 사실관계 규명노력을 기울이지 않은 채 막연한 추정으로 자경을 인정하지 않는 것은 부당하다.

(가) 처분청은 양도소득세를 실지조사를 진행하면서도 청구인을 직접 조사하지 않았으며, 정보공개청구를 통하여 제시받은 조사종결보고서를 보면 청구인에게 엄청난 재력이 있고 대규모 농지를 소유하고 있으며, 많은 임대소득이 있다는 이유를 들어 굳이 쟁점토지를 자경할 시간 및 동기가 없었던 것으로 추정한 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 군복무를 마치고 청년시절 쟁점토지 소재지에서 부친과 함께 목장을 10여 년간 운영하였고 1989년부터 주택판매신축업을 영위하였으나 IMF를 거쳐 2000년 이후부터는 건설업을 접고 농업에 종사하다가 쟁점토지를 양도한 것이다.

청구인이 당초부터 쟁점토지 양도를 자경농지의 양도로 보아 양도소득세를 감면하여 양도소득세를 신고하여야 하였음에도 세무대리인이 청구인에게 부동산임대소득이 있어 자경감면요건을 충족하지 못하는 것으로 착각하여 자경감면을 배제한 채 양도소득세를 신고․납부하였고, 곧 세법을 잘못 적용한 사실을 알고 한 달 뒤 자경감면을 적용하여 양도소득세를 경정청구하였다. 그러나 처분청이 이 경정청구를 이유로 양도소득세를 조사한 후 쟁점토지에 대한 자경감면을 부인하고 나아가 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율까지 적용하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지 이외 OOO시, OOO시, OOO시 일대 대규모(약 15,000평) 농지를 보유한 자로서 쟁점토지를 8년 이상 자경하였는지 불분명하다.

(가) 청구인이 보유한 많은 농지를 자경하였다면 경작물이 두세 가지에 지나지 않을 것이나 제시된 농작물 출하내역이 2010년 OOO원, 2013년 OOO원에 지나지 않고, 2008․2011․2015년 촬영한 항공사진에 의하면 쟁점토지가 수십 개로 나누어져 있는 것으로 나타나는바, 이는 인근 주민들이 쟁점토지를 주말농장 삼아 각양각색의 작물을 재배한 것으로 보이고, 포털사이트 OOO의 2013년 5월 및 8월의 로드뷰에 의하면 타인이 쟁점토지를 자경하는 모습이 촬영되기까지 하였다.

(나) 또한 쟁점토지에 관한 1995년 항공사진에 쟁점토지가 경작된 흔적이 없으며, 1997년 하절기 촬영한 사진은 쟁점토지의 상당부분이 형질이 훼손되어 농지인지 여부가 불분명하기까지 하다.

(2) 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 고액의 부동산 양도소득, 임대소득이 있었고, 각종 정치․사회활동을 한 것으로 나타나는 점에 비추어 농작업의 2분의 1 이상의 자기의 노동력에 의하여 쟁점토지를 직접 경작하였다고 보기는 어렵다.

(가) 청구인은 OOO동 주민자치위원장, OOO 연구회 고문, OOO문화원 이사를 역임하였고, 2014년 6.4 OOO시장시장선거시 및 2016년 OOO시장 재보궐선거시 예비후보로 등록한 사실이 나타나고, 2015년 10월에는 OOO발전전략연구소를 출범시킨 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 1990년대 초 주택신축판매업을 영위하였고, 1997년 이후 꾸준히 고액의 부동산 임대소득을 올리고 있는 것으로 나타나며, 1999년부터 2015년까지는 10차례에 걸쳐 농지를 매각하여 OOO원의 양도차익(양도가액 OOO원)을 얻은 것으로 나타나는 점에 비추어 청구인이 굳이 쟁점토지에 수익성 작물이 아닌 옥수수, 무, 배추, 들깨 등을 자경할 목적으로 재배할 동기가 없어 보이며, 또한 농작물의 출하액 역시 최근 10년간 OOO원에 지나지 않는다.

또한, 조특법 제69조 제1항의 �직접 경작’은 외지인의 농지투기를 방지하고, 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업․농촌을 활성화하려는 입법목적을 실현하기 위하여 조세정책상 특혜를 주는 규정이어서 그 특례를 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 하고, 그에 따른 입증책임은 납세의무자에게 있는바, 청구인이 제시한 농자재 구입내역, 농기계 임대내역, 농작물 출하내역, 확인서 등에 의하면 청구인이 다른 직업을 가진 상태에서 쟁점토지를 간헐적으로 경작하였다고 볼 수는 있겠으나 8년 이상 자경하였다고 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도에 대하여 자경농지에 대한 감면을 부인하고 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

(3) 소득세법

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

(4) 소득세법 시행령

제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

제168조의8[농지의 범위 등] ② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항을 준용한다.

③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.

1. 「농지법」 제6조 제2항 제2호ㆍ제3호ㆍ제9호ㆍ제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지 양도와 관련하여 청구인과 처분청 간 다툼이 없는 사실은 다음과 같다.

(가) 청구인이 쟁점토지를 양도하고 2016.10.31. 양도소득세를 신고한 내역과 2016.11.30. 쟁점토지를 자경농지로 보고 양도소득세 세액감면을 적용하여 경정청구한 내역 및 처분청이 자경감면을 부인하고 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 이 건 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 내역은 다음 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 양도소득세 신고․경정청구․경정 내역

OOO

(나) 청구인이 자녀에게 쟁점토지를 양도한 내역은 다음 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지 양도 내역

OOO

(다) 주민등록변동내역에 의하면 청구인은 OOO시 이외 4차례 다른 지역으로 전출OOO한 사실은 있었으나 그 기간이 5일 이내 단기간인 사실로 보아 청구인이 1968년부터 쟁점토지 소재지인 OOO시에 거주하였고, 1989년부터 현재까지는 29년째 현재 주소지OOO에 거주한 것으로 보인다.

(라) 청구인이 쟁점토지 보유기간(1991.5.14.～2016.10.31.) 중 주택신축판매업으로 9차례 사업자등록하였는바, 그 내역은 다음 ＜표3＞과 같으며, 부동산 임대업으로 사업자등록한 내역은 다음 ＜표4＞와 같다.

＜표3＞ 주택신축판매업으로 사업자등록한 내역

OOO

＜표4＞ 부동산 임대업으로 사업자등록한 내역

OOO

(마) 국세청 대내포털시스템에 의하면 청구인이 쟁점토지 보유기간 중 신고한 양도소득세 내역은 다음 ＜표5＞와 같고, 종합소득세를 신고한 내역은 다음 ＜표6＞과 같다.

＜표5＞ 연도별 양도소득세 신고내역

OOO

＜표6＞ 연도별 종합소득세 신고내역

OOO

(바) 국세청 대내포털시스템에 의하면 처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도하기 이전 양도한 농지를 자경한 것으로 보아 두 차례 양도소득세를 감면한 것으로 나타나며 그 내역은 다음 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 농지양도에 따른 양도소득세 감면내역

OOO

(2) 처분청이 청구인에 대한 양도소득세 조사시 쟁점토지 자경여부를 조사한 주요 내용은 다음과 같으며, 청구인을 직접 조사하지 아니한 이유는 청구인이 여러 일정으로 바빠 시간이 없다고 하여 별도의 문답서를 받지는 아니하였다는 의견이다.

OOO

(3) 청구인이 쟁점토지를 자경하였다고 제시한 주요 증빙은 다음과 같다.

(가) 1990.1.1. 최초로 작성된 농지원부를 보면 2012.12.6. 현재 청구인을 비롯한 가족(청구인, 배우자, 자녀 OOO․OOO)은 41필지 54,122.5㎡의 전, 답, 임야를 소유하고 있으면서 이들 농지 중 쟁점토지를 비롯한 32필지 49,663.5㎡를 자경하고 있는 것으로 나타나고 쟁점토지에서 ‘채소’를 재배하는 것으로 등재되어 있으며, 쟁점소재지 주민 12명OOO이 청구인의 쟁점토지 자경사실을 확인한다는 내용의 ‘경작사실확인서’(작성일자 : 2017.9.11.～2017.1.25., 일부 2017년 2월) 및 청구인이 2017년 6월 작성한 ‘영농사실 경위서’가 제시되고 있다.

(나) 청구인이 제시한 쟁점토지 보유기간(1991.5.14.～2016.10.31.) 중 농자재 구매내역 및 농산물 출하내역은 다음 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 농자재 구매내역 및 농산물 출하내역

OOO

(다) 청구인은 2016.11.21. 사단법인 OOO협회의 회원으로 가입하였고, 2015.3.3. OOO시로부터 ‘2015년도 보행관리기 공급사업 대상자로 선정OOO되었으며, 2010.6.1.～2011.11.24. 기간 동안 OOO시농업기술센터의 농기계은행으로부터 11차례 농기계를 임차한 것으로 나타는바, 자세한 내역은 다음 ＜표9＞와 같고, 청구인이 농지에서 과수 또는 수목을 재배․관리하는 여러 장의 사진과 과수사진 등을 제시하고 있다.

＜표9＞ 농기계를 임차한 내역

OOO

(라) 청구인은 다음 ＜표10＞과 같이 농협조합원에 가입한 것으로 나타나고, OOO대학교로부터 2015.12.23. 농학석사 학위를 받았으며, 농업과 관련한 여러 교육에 참여한 내역은 다음 ＜표11＞과 같다.

＜표10＞ 농협조합원 가입내역

OOO

＜표11＞ 농업관련 교육 이수내역

OOO

(마) 청구인은 대규모 농지를 소유하고 있으나 이들 다른 농지에는 감나무, 복숭아, 매실나무 등 과수목 또는 황금소나무 백두산소나무 등 조경수를 심어 많은 노동력이 필요하지 않다며 농지에 대한 항공사진 및 현장사진을 제시하고 있고, 쟁점토지가 여러 개로 단락져 있는 이유는 쟁점토지가 돌이 많은 경사지이어서 트랙터 등 대형 농기계가 들어갈 수 없어 부득이 돌들을 가까이 치우는 과정에서 돌담형태의 경계들이 많이 만들어진 것이며, 농민 입장에서 단일작물이 아닌 여러 작물을 재배하는 것이 오히려 합리적인 선택이고, 종자는 직접 야채씨를 채종하여 경작하였기 때문에 종자구매내역이 없는 것이며, 쟁점토지에서 타인이 경작하고 있다는 사진자료는 확인결과 연접한 농지에서 농작업 중인 다른 농민으로 확인되었고, OOO이나 공판장을 통하여 농작물을 출하한 내역이 있어야 농업소득이 발생하는 것이 아님에도 이를 통하여 출하한 금액이 적다고 하여 자경한 것으로 볼 수 없다는 것은 부당하다는 주장이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정은 자경농민에 대하여 정책적으로 특혜를 주는 것이라 조세형평상 엄격히 제한적으로 적용하여야 하는 것OOO이고, 조특법상 자경농지 감면대상이 되는 토지를 자경하였다는 점에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세자에게 있는바OOO, 항공사진 등에 의하면 쟁점토지가 평탄하지 아니하고 여러 개로 단락져 있어 장기간 체계적으로 쟁점토지가 영농에 사용되었는지 불분명한 점, 청구인이 여러 증빙(농지원부, 경작사실확인서, 사진, 농자재 구매내역 및 농산물 출하내역 등)을 제시하나 이러한 증빙만으로 청구인이 쟁점토지를 자경한 사실이 객관적으로 입증되었다고 보기는 어려운 점, 청구인의 여러 정치․사회활동 및 재산․소득상황에 비추어 농업을 주업으로 하였는지 불분명해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 쟁점토지 자경사실 및 그 기간이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지 양도에 대하여 자경감면을 부인하고, 비사업용 토지의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.