청구인은 경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOO등 5필지 답 10,926㎡(이하“쟁점토지”라 한다)를 1999.5.6. 양도하고 1999.7.26. 양도소득세 예정신고를 하면서 조세특례제한법 제69조와 같은법시행령 제66조의 규정에 의하여 8년 자경농지로 양도소득세 면제신청을 하였다.

처분청은 양도당시 대리경작사실이 있다 하여 8년 자경에 의한 양도소득세 면제를 인정하지 아니하고 2001.3.16. 청구인에게 1999년 귀속 양도소득세 34,326,620원을 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지를 취득한 1989.9.15. 이후 계속하여 경작을 하였고 양도한 연도(1999년)에는 청구인이 연로하여 청구외 고OO이 대리경작을 하였으나 조세특례제한법상 8년 자경농지에 해당하므로 양도소득세를 면제하여야 한다.

나. 처분청 의견

공공사업시행지구에 편입되는 농경지는 3년간 농작물별 단위 면적당 소득에 대한 손실보상을 토지소유자와 실제경작자가 협의하는 바에 따라 그 소유자 또는 경작자에게 보상을 하고 있는바, 쟁점토지의 경우 영농보상이 청구외 고OO에게 이루어 졌고 쟁점토지를 1998년부터 청구외 고OO이 실지경작하였다는 사실확인서를 제시하고 있으나 신빙성이 없으므로 8년 자경농지로 인정하지 아니한 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지를 8년간 자경하였는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 (1999.12.31. 법률 제6073호로 개정되기 전의 것)

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자 (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

(2) 동법 시행령 (1999.12.31.대통령령 제16669호로 개정되기 전의 것)

제66조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

① 법 제69조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (1998. 12. 31 개정)

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역 상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31 개정)

② 제1항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 한다. (1998. 12. 31 개정)

④ 법 제69조 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자 라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군 구안의 지역

⑥ 법 제69조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세의 면제신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)

(3) 동법 시행규칙(1999.9.30. 재정경제부령 제132호로 개정되기 전의 것)

제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제1항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장 지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다. (1999. 4. 26 개정)

② 영 제66조 제1항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다. (1999. 4. 26 개정)

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것 (1999. 4. 26 개정)

2. 주민등록표등본, 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것 (1999. 4. 26 개정)

다. 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점토지를 취득한 1989.9.15. 이후 계속하여 경작을 하였고 양도한 연도에는 연로하여 청구외 고OO에게 대리경작을 시켰으나 8년간 자경하였으므로 양도소득세를 면제하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구인이 쟁점토지를 1989.9.15. 취득하여 1999.5.6. OO시 하수종말처리장 건설부지로 양도한후 1997.7.26. 양도소득세를 신고하면서 조세특례제한법 제69조의 8년 자경농지에 대한 양도소득세 면제 규정에 의해 양도소득세 면제신청을 한 사실과 처분청은 쟁점토지를 청구외 고OO이 대리경작하여 8년 자경농지에 해당되지 않는다 하여 2001.3.16. 양도소득세 34,326,620원을 고지한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타나 있다.

(2) 또한 청구인은 쟁점토지가 농지이며 자경하였다는 거증으로 농지증명원(1994.10.28. 작성)과 농업기반공사 수화OO지부장이 발행한 조합비납부증명원(1992년～1997년까지 납부)을 제시하고 있고, 처분청은 쟁점토지를 청구외 고OO이 1995～1996년부터 4～5년간 인건비를 받고 일을 해주고 그 중 1년은 완전히 대리경작을 하였다고 청구외 고OO과 이장 손OO이 진술하였다는 내용의 심리자료를 제출하였으며, 쟁점토지를 수용한 OO시는 수용당시 쟁점토지를 청구외 고OO이 실지경작하여 1999.5.19. 영농보상비로 22,747,910원을 지급하였다는 심리자료를 제출하였다.

(3) 위의 사실관계로 청구인의 쟁점토지 보유기간이 9년 8개월인 것은 확인되나 자경기간이 8년 이상 인지에 대하여 보면 OO시가 청구외 고OO에게 영농보상을 하여 양도 당시(벼농사 특성상 1998년도 해당)에는 고OO이 대리경작한 것이 확인되지만 그 이전 연도의 경작자가 청구인인지 청구외 고OO 인지 불분명하고, 처분청 조사내용을 보면 고OO이 4～5년간 인건비를 받고 일을 해주었고 그 중 1년은 완전 대리경작을 하였다고 진술하고 있으나 객관적인 증빙이 없고 청구인과의 임대차관계에 있었던 점을 고려해 볼 때 1년만 대리경작 하였다는 진술을 신뢰하기는 어렵다 할 것이고, 자경사실을 입증하는 서류로 농업기반공사가 발행한 조합비납부증명원을 제시하고 있으나 동 조합비는 일반적으로 토지소유주에게 부과되고 있어 조합비 납부사실로 청구인이 자경하였다고 볼 수 없고, 청구인이 달리 8년 자경사실을 구체적으로 입증을 하지 못하고 있으므로 쟁점토지를 8년 자경한 것으로 보기는 어렵다고 인정된다.

따라서 쟁점토지를 8년 자경농지로 인정하지 않고 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.