처분청은 청구인이 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 280.3㎡, 주택 228.95㎡(이하 "종전주택"이라 한다)를 1988.12.31 취득하여 1993.4.17 위 종전주택을 멸실하고 다가구주택(17가구) 638.81㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)신축하여 이를 1994.6.11 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산출한 후 1999.12.22 청구인에게 1994년 귀속 양도소득세 53,155,280원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2000.3.20 이의신청을 거쳐 2000.7.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구주장

(1) 청구인은 종전주택을 1993.4.7 양도하였으나 양수인인 청구외 OOO의 개인적 사정으로 청구인 명의로 다가구주택 건축허가를 득하기를 요구하여 부득이 다가구주택 건축준공 후 1994.6.11 소유권이전한 것으로 실제 1993.4.7 종전주택을 양도한 사실이 ① 청구외 OOO이 1993.8.28 위 주택 소재지에 전입한 사실과 ② 1993.4.7 잔금청산후 바로 소유권이전등기를 못한 것에 대한 담보로 1993.4.22 쟁점주택에 근저당을 설정한 사실

③ 매매계약서, 거래당사자 및 부동산중개인의 확인서에 의하여 그 양도일이 1993.4.7인 사실이 확인되므로 1999.12.22 이건 처분은 1999.5.31로 국세부과제척기간만료 이후의 처분이므로 취소되어야 하며,

(2) 또한, 처분청이 종전주택의 양도소득금액을 산출하면서 양도소득특별공제를 하지 아니한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 종전주택의 실제양도일을 1993.4.7이라고 하면서 국세부과제척기간이 만료되었다고 주장하나 종전주택의 양도일 및 대금을 청산한 날이 정확히 언제인지 제시된 증빙만으로는 확인되지 아니하며, 한편 구소득세법시행령 제53조에 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부상에 기재된 등기접수일을 양도시기로 본다고 되어 있으므로 등기접수일을 양도일로 하여 결정한 처분청의 부과처분은 정당하고, 국세부과제척기간은 1994년 귀속 양도소득세 확정신고 기한인 1995.5.31로부터 기산하여 5년째인 2000.5.31이 경과함으로써 만료된다고 보아야 하므로 청구주장 이유없다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택의 양도시기를 언제로 볼 것인지와 양도소득특별공제 대상에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구 소득세법 제27조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

① 매매계약서 등에 기재된 잔금지급약정일보다 앞당겨 잔금을 받거나 늦게 받는 경우에는 실지로 받은 날이 잔금청산일이 된다.(이하 생략)

구소득세법시행령 제53조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(이하 생략)

구국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 상속세·증여세는 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 소득세·법인세·토지초과이득세·재평가세·부당이득세·부가가치세·증권거래세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년간(이하 생략)

구소득세법 제23조【양도소득】② 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하“양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2항에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 2년 미만인 것과 제70조 제7항에 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 다음 각호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다.

1. 제1항 제1호에 규정하는 자산에 있어서 그 취득가액에 대통령령이 정하는 률과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한금액(이하 “양도소득특별공제액”이라 한다) 다만, 양도소득특별공제액은 당해 자산의 양도차익을 한도로 한다.

같은법 시행령 제46조【양도소득 특별별공제액의 계산】①법 제23조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 률”이라 함은 재무부령이 정하는생산자물가상승률을 말한다. 다만, 생산자물가상승률이 년 100분의 5를 초과하는 때에는 년 100분의 5로한다(93.12.31개정).

다. 사실관계 및 판단

청구인은 사실상 종전주택을 1993.4.7 양도하였으나, 양수인 청구외 OOO의 사정에 의하여 1994.6.11 소유권이전등기를 한 것이라 주장하고 그 입증자료로 종전주택의 매매계약서사본, 거래당사자 및 중개인의 확인서등을 제시하고 있는 바,

(1) 청구인이 제시한 매매계약서사본에 의하면 청구외 OOO의 중개하에 청구인과 청구외 OOO은 1993.1.25 종전주택매매대금을 620,000,000원으로 하여 매매계약을 체결하면서 계약체결일 현재 계약금 50,000,000원, 1차중도금 1993.2.15 150,000,000원, 2차중도금 1993.3.15 150,000,000원, 1993.3.30 잔금 270,000,000원, 단서조항에서 “위 잔금중 150,000,000원은 은행대출로 하되 매도인이 이를 협조한다”라고 기재된 사실이 확인된다.

(2) 종전주택대지의 등기부에 의하면 1993.4.7 청구인은 위 대지를 담보로 청구외 (주)OO은행 OOO지점(근저당권자)에 채권최고액 140,000,000원에 근저당 설정한 사실과 1993.4.22 청구인은 위 대지를 담보로 하여 양수인인 청구외 OOO(근저당설정권자)에게 채권최고액 440,000,000원에 담보제공한 사실과 1993.9.16 신축한 쟁점주택을 추가로 담보제공한 사실이 확인되는 한편, 청구주장 양도일인 1993.4.7 이전에 매매대금 620,000,000원 전액을 수수한 사실을 입증하지 못하는 점으로 미루어 보아 적어도 매매대금 620,000,000원 전액을 1993.9.16 추가근저당 설정계약일까지는 지급받지 못한 사실이 확인된다.

(3) 따라서 이 건은 대금청산한 날이 분명하지 아니한 경우로서, 구소득세법시행령 제53조에 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금약정일부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부상 기재된 등기접수일을 양도시기로 본다고 되어 있으므로 이 건 등기접수일을 양도시기로 하여 과세한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 다만, 처분청의 쟁점주택의 양도소득금액산출시 양도소득특별공제를 하지 아니하였는 바, 건물의 경우는 1993.8.20 신축하여 1994.6.11 양도하여 2년이상 보유하지 아니하여 양도소득특별공제 대상이 아니나, 토지(대지)의 경우는 1988.12.31 취득하여 1994.6.8 양도하였으므로 전시한 구소득세법 제23조 제2항 제1호 및 같은법 시행령 제46조에 의하여 양도소득특별공제 대상에 해당하는 것으로 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.