청구법인은 의료보험법에 의하여 설립된 의료보험조합으로서 법인세법상 비영리내국법인이며 1994사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 이자소득금액을 발생주의에 의하여 443,887,193원으로 계상하고 동 금액을 지급준비금으로 설정하였으나 1994사업년도에 실현된 이자는 508,282,001원으로서 이에 대한 원천납부세액 101,655,910원을 환급 신청하여 동 금액을 환급 받았다.

처분청은 청구법인이 지급준비금을 설정하지 아니한 이자소득금액 64,394,808원(이하 “쟁점이자소득금액”이라 한다)에 대한 원천납부세액 12,878,960원은 원천징수방법에 의하여 분리 과세하여야 한다며 기 환급한 금액중 12,878,960원을 환급 부인하여 1995.12.16 청구법인에게 1994사업년도분 법인세 12,878,960원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1996.2.9 심사청구를 거쳐 1996.5.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점이자소득금액이 차이가 나는 것은 청구법인이 1977.9.1 설립된 이래 계속적·반복적으로 발생주의원칙에 의하여 금융기관으로부터 확인을 받아 이자수입을 계상한 반면 원천납부세액명세서상의 이자소득금액은 실현주의에 의하여 계상하였기 때문이며, 쟁점이자소득금액은 이미 전년도에 수입금액으로 계상하고 지급준비금을 설정하였으나 당해 년도에 지급준비금을 설정하지 아니하였다 하여 이에 대한 원천납부세액 12,878,960원을 원천징수방법에 의한 분리과세로 간주 이 건 법인세를 결정고지한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대한 원천징수세액을 환급 받기 위해서는 법인세 과세표준 및 세액신고시에 당해 사업년도에 귀속된 이자소득 합계금액을 익금산입한 사실 및 동 이자소득 합계금액을 고유목적사업에 충당하기 위해 일정 범위내의 지급준비금을 설정한 사실이 있어야 하는 것이나 익금산입되지 아니한 이자소득은 원천징수의 방법에 의하여 과세되는 것이므로 이에 대한 기 원천징수세액을 환급 받을 수 없는 것인 바,

청구법인은 익금에 산입하지 않은 쟁점이자소득금액 64,394,808원은 발생주의에 의하여 1992사업년도 및 1993사업년도에 익금에 산입하였다고 주장하나 이 부분이 실제로 1992사업년도 및 1993사업년도 익금에 산입되었다는 사실을 확인할 수 있는 증빙서류의 제출이 없어 청구주장은 이유가 없고, 설사 청구법인이 1992사업년도 및 1993사업년도 익금에 산입하였다 하더라도 이는 법령 등에 규정한 수입이자의 귀속시기와 다를 뿐만 아니라 법인세법 시행규칙 제14조의 4 제2항이 신설된 취지로 보아도 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 수익실현시기 차이로 인하여 당해 년도에 수입이자를 과소계상하고 지급준비금을 과소설정하여 청구법인이 손금에 산입하지 아니한 쟁점이자소득금액에 대한 원천납부세액을 환급부인하여 고지결정한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

1994.12.22 개정전의 법인세법(이하 같다) 제12조 제4항에서 「의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다」고 규정하고 있고,

같은 법 제17조 제1항에서 「내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속 사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다. 다만, 지급이자의 경우에는 그 지급이자가 발생한 사업연도의 손금에 산입할 수 있다」고 규정하고 있으며,

같은 법 제27조 제1항에서 「비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익( 소득세법 제17조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다」고 규정하고 있고, 제2항에서 「제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다」고 규정하고 있다.

한편, 공익법인의 설립운영에 관한 법률 시행령 제22조 제1항에서는 「공익법인에 관한 회계는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 그 사업의 경영성과와 수지상태를 정확하게 파악하기 위하여 모든 회계거래를 발생의 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 1992사업년도～1994사업년도의 과세표준 신고내용을 보면

청구법인은 비영리법인에게 지급하는 이자소득에 대하여 법인세법 제26조에서 규정한 신고납부방법에 의하여 이자소득에 대하여 일관되게 발생주의로 계상하여 이를 전액 과세표준으로 하여 신고하여 왔고, 같은 법 제12조 제4항 및 같은 법 시행령 제16조 제9항에 의하여 이자소득금액 전액을 「지급준비금」으로 설정하여 고유목적사업에 지출한 사실이 청구법인이 제출한 관련자료에 의하여 확인되고 있으므로

청구법인은 이자소득에 대한 과세표준신고를 함에 있어서 법인세법 제26조의 규정에 의한 「신고납부방법」과 같은 법 제27조의 규정에 의한 「원천분리과세방법」중에서 「신고납부방법」을 선택하여 계속적·반복적으로 과세표준을 신고한 것으로 인정된다.

(2) 청구법인이 발생주의에 의하여 계상한 수입이자액과 법인세법상 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자액에 대하여 살펴보면

발생주의에 의한 수입이자는 1992년 99,257,563원, 1993년 479,486,443원, 1994년 443,887,193원, 합계 1,022,631,199원이고, 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자는 1992년 105,483,120원, 1993년 268,372,954원, 1994년 508,282,001원, 합계 882,138,075원으로 발생주의에 의한 수입이자가 140,493,124원이 더 많은 사실을 알 수 있다.

위와 같이 사업년도에 따라 발생주의에 의하여 계상한 수입이자액과 법인세법상 수입이자가 확정되는 사업년도의 수입이자액간에 차이가 나는 이유는 수익의 인식시기가 서로 다르기 때문으로 인정된다.

(3) 청구법인이 발생주의에 의하여 회계처리한 이유 등에 대하여 살펴보면

청구법인이 이자소득을 발생주의에 의하여 계상한 것은 「공익법인의 설립운영에 관한 법률 시행령」 제22조에서 발생주의에 의하도록 하고 있어 이에 따른 것으로 보여지며, 국세기본법상의 기업회계존중의 원칙을 고려하고, 청구법인이 1977년 설립된 후부터 계속적·반복적으로 이자소득에 대하여 발생주의로 회계처리하여 과세표준신고를 해왔고 이런 부분에 대하여 수년간 과세관청에서 아무런 지적이 없었던 점은 납세관행이 성립되었다고 볼 수도 있다.

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구법인은 이자소득에 관하여 법인세법 제26조의 규정에 의한 신고납부방법에 의하여 과세표준을 신고하여 왔고 발생주의에 의하여 익금에 산입한 이자소득금액 전액을 지급준비금으로 설정하여 고유목적사업에 지출한 사실이 인정되며, 수익인식시기 차이로 인하여 1994사업년도에는 지급준비금을 설정한 금액이 실현된 이자소득금액보다 적다 하더라도 전체적으로 보면 발생주의에 의하여 익금에 산입한 이자소득금액이 실현된 이자소득금액보다 140,493,124원이 더 많으므로 쟁점이자소득금액을 전년도에 익금계상하고 지급준비금을 설정하였다는 청구주장은 신빙성이 있는 반면, 1994사업년도 지급준비금으로 설정하지 아니하였다 하여 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액을 원천징수방법에 의하여 분리 과세된 것으로 간주하여 환급을 부인하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.