가. 청구법인은 2017.5.23. OOO 토지에 건축물(공동주택 및 근린생활시설 180,793.1758㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득(신축)하고, 2017.7.6. 이 건 건축물 중 공동주택(180,793.1758㎡, 1,510세대, 취득가액 OOO원, 이하 “이 건 공동주택”이라 한다)에 대하여는 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을, 근린생활시설에 대하여는 취득세 등 합계 OOO원을 각 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정 된 것) 제33조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)이 폐지되기 전에 이 건 공동주택에 대한 사업계획승인을 받아 건축 중이었으므로 종전 규정이 실효된 이후에 이 건 공동주택을 취득하였다 하더라도 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정 된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 2019.4.4. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.5.28. 이를 거부하는 처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 이 건 공동주택을 취득할 당시에 종전 규정은 이미 실효되었으나 일반적 경과조치에 따르면 종전 규정이 실효되기 전에 신축과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 새로운 법률 관계를 형성하거나 법적 지위를 취득하는 경우에는 종전 규정을 적용하는 것인바, 청구법인은 2014.11.26. 이 건 공동주택 신축을 위한 공사를 착공하였고, 입주자모집공고 승인을 받아 2014.12.3. 분양까지 시작한 상태였으므로 일반적 경과조치의 적용대상에 해당한다 할 것이다.

나. 처분청 의견

종전 규정에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면기한에 대한 일몰 규정을 두고 있었던바, 그렇다면 감면기한(2014.12.31.) 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었던 상황이므로, 청구법인이 종전 규정이 2014.12.31. 일몰기한 만료로 감면이 자동 종료된 후에 이 건 공동주택을 취득한다 하더라고 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것을 정당한 것으로 볼 수 없고, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 것은 아니며, 더욱이 청구법인은 2014.9.15. 행정안전부에서 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안)에 대한 입법예고를 한 이후인 2014.11.26. 이 건 공동주택의 건축공사를 착공한 것으로 확인되는바, 그렇다면 청구법인은 종전 규정이 일몰로 종료될 것이라는 것을 알 수 있는 상황에서 착공을 한 것인 점(조심 2017지806, 2017.11.6. 참조), 종전 규정에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 점, 지방세에 대한 감면규정의 신설, 유지, 종료 및 축소 여부에 대한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단사항으로, 기존에 감면되고 있던 규정의 일부가 폐지 또는 축소될 수 있음을 충분히 예측할 수 있었던 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 아파트 신축에 대해서 일반적 경과조치를 적용해 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제33조[주택 공급 확대를 위한 감면] ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

부칙 제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제15조[주택건설사업자의 범위 등] ① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택건설사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 이전에 「부가가치세법」 제8조에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자

(3) 경기도 도세감면조례(1995.1.18. 경기도조례 제2518호로 제정된 것)

제13조(공동주택에 대한 감면) ① 공공단체·주택건설사업자( 부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 건설업 또는 부동산매매업으로 사업자등록증을 당해 건축물의 사용검사일까지 교부받거나 동법시행령 제8조의 규정에 의한 고유번호를 부여받은 자를 말한다) 또는 주택건설촉진법 제44조3항의 규정에 의한 고용자가 분양할 목적으로 전용면적 60제곱미터이하인 5세대 이상의 공동주택(아파트·연립주택·다세대주택을 말하며, 그 부대복리시설을 포함한다)을 건축하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2월이내에 보존등기를 하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

② 제1항 본문의 규정에 의하여 취득세와 등록세의 과세면제대상이 되는 공동주택(그 부속토지를 포함한다)을 최초로 분양받아 1가구1주택이 되는 경우와 임대주택법에 의한 임대사업자가 임대할 목적으로 분양받는 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 감면한다. 다만, 부동산의 취득일부터 2월(공동주택을 분양하는 자가 법령의 규정이나 천재∙지변 기타 이에 준하는 불가피한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2월)이내에 이전등기를 하지 아니하거나 임대할 목적으로 취득한 후 임대이외의 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 전용면적 40제곱미터이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

2. 전용면적 40제곱미터초과 60제곱미터이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2014.3.3. 이 건 건축물에 대하여 주택건설사업계획승인을 받은 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2014.11.26. 이 건 건축물에 대한 건축공사를 착공한 후, 2017.5.23. 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

(다) 청구법인이 이 건 공동주택 신축과 관련한 일련의 사업진행 현황은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 이 건 공동주택 신축 과정

(라) 행정안전부는 2014.9.15. 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안)을 입법예고하였고, 그 개정 이유에는 2014.12.31. 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들이 일괄 종료됨에 따라, 지방세 감면 지원이 계속 필요한 분야에 대하여 감면을 재설계하기 위한 것이라고 적시되어 있고, 그 개정 내용에 종전 규정은 포함되지 않은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 건 공동주택을 취득한 것에 대해서는 일반적 경과조치를 적용할 수 없다는 의견이나, 일반적 경과조치는 특정한 경우에 대해서만 적용하는 개별 경과규정과 달리 납세자에게 불리하게 개정한 규정에 대해서 포괄적으로 적용하는 것이고, 다만 불리하게 개정했다고 해서 무조건 적용하는 것이 아니라 장래 일정한 기간 내에 과세요건을 충족하는 경우에 감면한다는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있는 규정을 납세자에게 불리하게 개정한 경우에만 적용하는 것이므로 종전 규정의 입법 취지 및 규정 내용 등을 종합하여 종전 규정에서 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있는지 여부를 판단하여야 할 것인바(대법원 2013.9.12. 선고 2012두12662 판결, 대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조), 종전 규정의 입법 취지는 주택공급 확대를 도모하는 데에 있고, 「경기도 도세감면조례」에서 1995.1.18. 같은 내용을 규정한 이래로 20년 이상 별다른 개정 없이 유지되어 온 점, 종전 규정은 소규모 공동주택의 분양·임대(공급)를 목적으로 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하고 있고, 이러한 감면목적을 달성하기 위해서는 주택법령 등에 따른 허가를 받아 그 내용에 따라 공동주택을 건축·분양하여야 하므로 종전 규정은 당초 허가된 소규모 공동주택을 공급하기까지 그 취득세를 면제하겠다는 취지로 봄이 상당한 점 등에 비추어 이 건 공동주택의 착공 당시에 시행 중이던 종전 규정에서는 주택법령 등에 따라 허가·착공된 소규모 공동주택에 대해서 그 취득세를 면제하겠다는 등 신뢰보호와 관련된 내용이 담겨 있다고 보이므로 종전 규정에 대해서 일반적 경과조치를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 종전 규정에 대해서 일반적 경과조치를 적용할 수 있다 하더라도 납세의무자가 그 시행기간 내에 취득과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 새로운 법률관계를 형성하거나 법적 지위를 취득한 경우에 대해서만 그 신뢰가 보호할 정도에 이르렀다고 보아 종전 규정을 적용할 수 있는 것인바, 청구법인의 경우 종전 규정 시행 당시에 이 건 공동주택에 대한 사업계획승인을 받아 그 착공까지 마쳤고, 일단 착공까지 이루어지면 특별한 사정이 없는 한 취득에 이를 수밖에 없는 점, 청구법인은 착공 당시 이 건 공동주택에 대하여 주택법령에 따라 사업계획승인을 받아 주택법령 상의 주택건설사업자라는 새로운 법적 지위를 갖게 되었을 뿐만 아니라 건축주로서 건축법령에서 정한 의무를 부담하여야 하는 등 새로운 법률관계도 형성되었다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 종전 규정의 시행 당시에 건축공사에 착공(원인행위)한 이상, 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 판단된다.

한편, 처분청은 2015.1.1. 이후부터 종전 규정이 실효된다는 사실을 입법예고를 통해서 착공 전에 확인할 수 있었으므로 종전 규정에 의한 조세감면을 신뢰한 것은 단순한 기대에 불과하여 일반적 경과조치를 적용할 수 없다는 의견도 제시하였으나, 입법예고는 입법 내용에 대한 문제점을 검토하여 국민의 의사를 수렴·반영하여 국민의 입법 참여기회를 확대하기 위해서 「행정절차법」에서 규정한 절차의 하나로서 해당 법률이 공포되기 전까지는 입법예고대로 개정된다고 단정할 수 없는 점, 신의성실의 원칙은 유권해석 등과 같이 납세의무자에게 공적으로 표명된 세법해석과 관련된 신뢰를 보호하는 것이라서 공적견해표명이 변경된 후에 종전 해석에 대한 신뢰를 정당한 것으로 인정할 수 없지만, 일반적 경과조치는 개정 전의 법률에 대한 납세의무자의 신뢰를 보호하는 것이라서 해당 법률이 공포되기 전까지는 종전 규정에 대한 납세의무자의 신뢰를 탓하기 어려운 점, 일반적 경과조치는 개정된 법률의 부칙에서 규정한 것이므로 그 적용 여부는 그 법률의 시행일을 기준으로 판단하여야 하는 점 등에 비추어, 입법예고일 이후에 원인행위가 이루어졌다 하더라도 그 사유만으로 일반적 경과조치의 적용대상에서 배제하기는 어렵다고 판단된다.

따라서, 청구법인이 종전 규정의 시행 당시에 이 건 공동주택에 대한 건축공사에 착공한 이상, 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.