2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 서울 동대문구 XX동 000-0 대지 및 그 지상 건물(이하 '이 사건 주택' 이라 한다)을 2003. 4. 28. 취득하였으나, 그 주택에 거주하지는 않았는데, 그 소재 지역에 재건축사업이 시행되고 2008. 5. 23. 관리처분계획이 인가되어 조합원입주권(이하 '이 사건 입주권'이라 한다)을 취득하였으며, 2010. 11. 26. 이 사건 입주권을 양도하였다.

나. 원고는 2011. 1.경 이 사건 입주권에 대한 양도소득세를 예정신고 ・ 납부하면서, 관리처분계획인가 후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 않고, 관리 처분계획인가 이전 기간, 즉 이 사건 주택의 보유기간(5년 이상 6년 마만)의 양도차익에 대하여는 소득세법 제95조 제2항 표2의 공제율(100분의 40)을 적용한 장기보유특별 공제액을 계산하여 2010년 귀속 양도소득세로 47,424,527원을 신고 ・ 납부하였다.

다. 원고는 2011. 2. 11. 피고에게 이 사건 입주권의 보유기간도 이 사건 주택의 보유기간에 합산해야 하고, 따라서 관리처분계획인가 전의 양도차익 및 그 후의 양도차익 모두에 대하여 이 사건 주택 및 이 사건 입주권의 보유기간을 합산한 기간(7년 이상 8년 미만)을 기준으로 소득세법 제95조 제2항 표2의 공제율(100분의 56)을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산해야 하므로, 2010년 귀속 양도소득세를 19,710,815원으로 경정해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는, 원고가 양도한 이 사건 입주권은 1세대 1주택 비과세 요건 을 갖추지 못한 것으로 장기보유특별공제액은 소득세법 제95조 제2항 표1에 규정된 공제율을 적용하므로 환급이 불가하다는 이유로, 2011. 4. 8. 원고의 경정청구를 거부 하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

소득세법 제95조 제2항 단서에서는 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다"고 규정하고 있고, 구 소득세 법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고만 한다) 제159조의2는 "법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 l주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조・제155조의2・제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다"고 규정하고 있다. 위 규정에 의할 때 장기보유특별공제의 대상인 1세대 1주택이 되기 위하여는 1세대가 국내에 1주택을 소유하고 있는 것으로 족하고, 시행령 제154조 제1항의 거주요건을 충족하여 비과세요건까지 갖출 필요는 없다. 그런데 대법원에서는 조합원 입주권을 주택으로 의제하는 규정이 없었을 때도 조합원 입주권을 주택으로 보았고, 소득세법에서도 제89조 제2항을 신설하여 조합원 입주권을 주택으로 보도록 하였다. 그리고, 피고가 이 사건 주택에 대하여 법 제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율을 적용한 것도 이 사건 입주권을 주택으로 보았기 때문이다. 이 사건 입주권을 주택으로 볼 경우 위 소득세법 제95조 제2항 단서, 시행령 제159조의2에 의하여 이 사건 입주권의 보유기간도 이 사건 주택의 보유기간과 합산하여 법 제95조 제2항 표2의 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산해야 할 것 이고, 그와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

이 사건의 쟁점은 이 사건 입주권 등의 조합원 입주권을 소득세법 제95조 제2항 단서 소정의 주택으로 볼 수 있는지 여부이므로 그 점에 대하여 살펴본다.

조합원 입주권은 주택의 변형 내지 연장물로서의 성격을 가지고 있기는 하지만, 형식상은 부동산을 취득할 수 있는 권리이므로 그 자체를 주택으로 볼 수는 없고, 소득세법 및 시행령에서도 이를 주택으로 보는 일반적인 규정을 두고 있지 않으며, 이를 주택으로 취급할 필요가 있을 경우에는 소득세법 제89조 제2항 및 시행령 제155조 제17항과 같은 개별적 인 규정을 두고 있다.

따라서 그와 같은 규정이 없는 소득세법 제95조 제2항 단서의 해석에 있어서 조합원 입주권도 당연히 1세대 1주택의 주택에 해당한다고 볼 수 없고, 위 규정 및 그 위임을 받은 시행령 제159조의2에서 정한 요건을 충족할 때에만 1세대 1주택의 주택으로 볼 수 있을 뿐이다.

그런데, 시행령 제159조의2에서 시행령 제155조 등에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다고 규정하고 있고, 시행령 제155조 제17항에서는 관리처분계획인가일 현재 시행령 제154조 제l항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대가 조합원 입주권을 양도하는 경우에 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있으므로, 이 사건 주택이 관리처 분계획인가일 당시 시행령 제154조 제1항에 해당하였던 경우는 이 사건 입주권을 1세 대 1주택의 주택으로 볼 수 있을 것이나, 원고의 경우 이 사건 주택에 거주하지 않아 시행령 제154조 제l항의 요건을 충족할 수 없다 할 것이고, 달리 이 사건 입주권을 1 세대 1주택의 주택으로 볼 근거가 없다.

따라서, 원고의 이 사건 입주권의 보유기간을 이 사건 주택의 보유기간과 합산하여 소득세법 제95조 제2항 표2의 공제율(100분의 56)을 적용해 달라는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.