2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 각자 부담한다.

가. 원고는 예인선 및 부선을 이용하여 선박블럭 등의 해상운송 및 하역용역을 제공하는 법인이다.

나. 피고는 2013. 9. 2.부터 2013. 10. 11.까지 원고에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과，① 원고가 특수관계인인 조AA(원고의 사내이사)，조BB(조AA의 아들)， 조CC(조AA의 딸)，DD 유한회사，RR 유한회사에 2010년부터 2012년까지 용선료 4,784,969,469원을 과다 지급하였다는 이유로 이를 부당행위계산부인하여 손금불산입하고，② 홍콩 현지법인인 RR 유한회사의 유보소득 1，168,888，141원을 원고에 대한 배당으로 간주하여 익금산입하였다.

다. 이에 따라 피고는 2013. 12. 2. 원고에게 2010년 귀속 법인세 558,064,200원，2011년 귀속 법인세 618,442,540원，2012년 귀속 법인세 437,414,090원을 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나，2014. 12. 10. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실，갑 제1，2호증，을 제1，3, 5, 6호증(각 가지번호 포함，이하 같다)의 각 기재，변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 부당행위계산 부인 관련 주장

원고와 특수관계인 사이의 선체용선계약(나용선계약)은 경제적 합리성을 결한 비정상적인 계약이 아니고，피고가 비교대상으로 삼은 제3자와의 계약은 성질이 전혀 다른 정기용선계약이었으므로，정기용선계약의 용선료를 소득금액 계산의 기준이 되는 시가로 삼을 수 없다. 나아가 특수관계인의 용선료와 임금，보험료 등 원고가 부담한 비용을 합하여 제3자와의 용선료와 비교한 것도 위법하다.

2) 배당간주 관련 주장

구 국제조세조정에 관한 법률(2014. 12. 23. 법률 제12849호로 개정되기 전의 것，이하 '국제조세조정법'이라 한다，이하 같다) 제17조 제1항은 법인의 부담세액이 실제발생소득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역에 본점 또는 주사무소를 둔 외국법인의 유보소득에 대하여 특수관계에 있는 내국인이 배당받은 것으로 간주하는 규정인데，RR 유한회사는 홍콩에 소재한 외국법인인바，홍콩의 법인세율은 16.5%로서 위 규정의 적용을 받는 국가가 아니다. RR 유한회사가 홍콩에서 법인세를 납부하지 않았으나 이는 위 법인이 법인세를 감면받은 것이 아니고 세무신고를 하지 않은 것뿐이다.

나. 관계 법령

별지1 기재와 같다

다. 부당행위계산 부인에 대한 판단

1) 인정사실

가) 원고는 2010년부터 2012년까지 사이에 원고의 사내이사 조AA 등 특수관계인들과 사이에 선체용선계약을 체결하고, 아래 표 기재와 같이 용선료를 지급하였다.

<표> 특수관계인에 대한 용선료 지급내역(표 생략)

나) 원고가 특수관계인에게 선체용선계약에 의하여 지급한 선박별 용선료와 임 금，4대 보험료，퇴직금，부식/정수비，통신비，복리후생비，수선비，소모품비，보험료， 지급수수료，세금과 공과금，일반관리비 등을 합한 금액과 원고가 제3자와 체결한 정기 용선계약 중 건조시기，톤수 등이유사하다고 피고가 선정한 선박의 용선료를 비교하면，별지2 용선료 비교표 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 각 증거, 갑 제3호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 관련법리

법인세법 제52조 제1항에서 정한 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에만 적용되는 것이고,경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 한다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누8751 판결 등 참조).

한편 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호는 부당행위계산 부인 사유의 하나 로 '금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율，요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우'를 들고 있는데，구 법인세법 시행령 제89조 제1항에 의하면，법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 금전 기타 자산 또는 용역을 제공받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 '시가'는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 따른다.

결국 부당행위계산 부인에 있어서 과세관청이 납세의무자 행위가 부당행위계산에 해당한다는 점을 증명하여야 하고，부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가' 또는 '적정 임대료'에 대한 주장・입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 참조).

3) 판단

피고는，원고가 제3자와 체결한 용선계약 중 특수관계인과 체결한 선체용선계약 의 선박과 건조시기，선박 톤수가 유사한 선박의 용선계약을 선정하여 그 용선료를 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 정한 시가라고 판단하였다.

그런데，앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면，피고가 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따라 시가로 삼은 '용선료'는 원고와 특수관계인 사이의 거래와 '유사한 상황'에서 원고가 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격으로 보기는 어려워，그 용선료를 기준으로 원고와 특수관계인 사이의 용선료 시가를 산정한 것은 위법하다.

① 타인의 선박을 빌려 쓰는 용선계약에는 기본적으로 선체용선계약，정기용선 계약 및 항해용선계약이 있는데，이 중 정기용선계약은 선박소유자 또는 임차인(이하 통칭하여 '선주'라 한다)이 용선자에게 선원이 승무하고 항해장비를 갖준 선박을 일정한 기간 동안 항해에 사용하게 할 것을 약정하고 용선자가 이에 대하여 기간으로 정한 용선료를 지급할 것을 약정하는 계약으로서 용선자가 선주에 의해 선임된 선장 및 선원의 행위를 통하여 선주가 제공하는 서비스를 받는 것을 요소로 하는 것이고，선박 자체의 이용이 계약의 목적이 되어 선주로부터 인도받은 선박에 자기의 선장 및 선원을 탑승시켜 마치 그 선박을 자기 소유의 선박과 마찬가지로 이용할 수 있는 지배관리권을 가진 채 운항하는 선체용선계약과는 본질적으로 차이가 있다(대법원 2003. 8. 22. 선고 20이다65977 판결 참조). 따라서 단순히 선체용선계약의 용선료에 임금，4대 보험료，퇴직금，부식/정수비，통신비，복리후생비，수선비，소모품비，보험료，지급수수료， 세금과 공과금，일반관리비 등을 합한 금액이 정기용선계약의 용선료에 반드시 대응한다고 볼 수는 없다.

② 별지2 용선료 비교표에 의하면，피고는 원고와 특수관계인 사이의 각 선체 용선계약의 선박과 건조시기，톤수가 유사한 정기용선계약의 선박과 비교하여 개별 용 선료 시가를 산정하였는데，대응하는 선박의 건조일은 2년 ~ 23년，톤수는 2 ~ 1045톤 까지 차이가 날뿐만 아니라 용선료를 결정하게 되는 선원의 수，선박의 제원，엔진의 성능 등 그 밖의 여러 요인이 동일 또는 유사하다거나 그 차이가 사회통념상 이를 무시할 정도로 경미한 정도에 불과하다는 사정에 대한 피고의 주장 ・입증이 없다.

라. 배당간주에 관한 판단

원고는 홍콩법인인 RR 유한회사의 발행주식 90%를 보유하고 있는 사실，RR 유한회사의 당기순이익은 2010년 693,436，118원，2011년 656,962,755원，2012년 81,263,672원인 사실，RR 유한회사가 2010년부터 2012년까지 사업연도의 법인세를 부과받거나 납부하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제6호증의 기재에 의하여 인정된다.

원고는，'홍콩의 법인세율이 16.5%이고，RR 유한회사가 세무신고를 하지 않아 아직 법인세를 납부하지 아니하였을 뿐，법인세를 부담하지 않는 것은 아니므로 유보소득에 대한 배당간주를 하여서는 아니된다'고 주장하나, 국제조세조정법 시행령 제30조에 의하면，국제조세조정법 제17조 제1항에 따른 법인의 부담세액이 실제 발생소득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역은 ''해당 거주지국의 세법에 따라 그 법인의 해당 사업연도를 포함한 최근 3사업연도(3사업연도에 미달하는 경우에는 해당 사업연도까지의 기간)의 법인세 차감 전 당기순이익의 합계에 대한 조세의 합계가 그 법인의 최근 3사업연도의 법인세 차감 전 당기순이익 합계의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역''을 의미하는바，유보소득이 배당간주된 위 사업연도로부터 약 2년 6개월이 경과한 현재까지도 RR 유한회사가 위 사업연도의 법인세를 부과받거나 납부하지 아니한 사정을 고려하면，홍콩은 국제조세조정법 제17조 제1항의 조세피난처에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 사업연도 2010년，2011년，2012년의 RR 유한회사의 유보소득을 특수관계법인인 원고에 대한 배당으로 간주하여 한 법인세부과처분은 적법하고，이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면，이 사건 처분으로 인해 부과된 세금 중 부당행위계산 부인으로 인한 부분은 이유 없으므로 취소되어야 할 것이어서 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고，나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여，주문과 같이 판결한다.