피고는...

가. 원고는 지방공기업법 제49조에 따라 광주광역시가 전액 출자하여 설립한 지방공사로서 2007년부터 ‘광주전남공동혁신도시 조성사업’(이하 ‘이 사건 혁신도시 조성사업’이라 한다)을 시행하고 있다.

나. 원고는 이 사건 혁신도시 조성사업을 시행하면서 소요되는 공사비, 보상비 등의 비용에 충당하기 위하여 2007. 6. 19.경부터 농협은행 주식회사(당시 농업협동조합중앙회였으나, 2012. 3. 2. 원고에 대한 대출을 포함한 신용사업이 분할되어 농협은행 주식회사로 설립되었다) 등 금융기관으로부터 자금을 차입하거나 사채를 발행하여 매년 그 차입금이나 발행한 사채(이하 ‘이 사건 차입금 등’이라 한다)에 대한 이자를 지급하여 왔다.

다. 원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의 사업연도별 법인세 과세표준과 세액을 서광주세무서에 신고납부함에 있어 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 향후 이 사건 혁신도시 조성사업 대상 토지가 매각되어 매출이 발생하는 시점에야 비로소 매출원가에 포함되는 비용으로 처리할 수 있다고 판단하여, 이 사건 차입금 등에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 않고 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항에서 정한 사업용 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금(이하 ‘특정차입금’이라 한다)에 대한 지급이자로 이 사건 혁신도시 조성사업의 건설원가 중 자본적 지출에 가산하였다. 라.

원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 과세표준과 세액을 서광주세무서장에게 신고한 후 각 사업연도의 다음 해

3. 31. 해당 사업연도분 법인세액을 납부하여 왔는데, 원고가 이 사건...

참조조문